| 研究概要 |
核マトリックスに結合するDNA配列に内在すると考えられるコード(MARcode)は、核マトリックス画分に含まれる複数の蛋白質の協同的DNA結合活性によって規定される。本研究は、核マトリックスタンパク質の1つであるSP120/hnRNP U/SAF-Aに着目し、そのDNA結合様式を調べることにより、MARcode解明の手がかりを得ることを目的とする。SP120は、N末端にSAF-boxとよばれるAT-richな核マトリックス付着領域(MAR) DNAに結合する領域、C末端にRGG-boxとよばれるRNAや一本鎖DNAに結合する領域を有することが報告されている。SP120のDNA結合様式を調べるため、DNA-タンパク質の結合を試験管内反応系とラット小脳神経細胞の初代培養系を用いて解析を行った。試験管内反応系としては、pull-down assayおよびEMSAを用いた。SP120変異体を組換え体タンパク質として調製し、モデルMARとしてショウジョウバエのMARであるFtzを用いた。MAR特異的結合には、SAF-boxだけでなくRGG-boxも必要なこと、これらの領域を含む、全体の1/3の領域で十分なことを示した。次に、細胞内で実際にSP120と相互作用するDNAを同定するため、SP120特異的抗体を用いたChIPを行った。精製されたDNA断片の網羅的配列決定を行い,現在その配列解析を行っている。我々は、SP120と相互作用するタンパク質としてDNAトポイソメラーゼII(topo II)βを同定した。topo IIβの標的配列ライブラリーを作成し、ライブラリーに含まれるDNAとSP120との試験管内相互作用を調べた結果、topo IIの標的配列として同定されたほぼすべてのDNAとSP120は特異的に結合した。以上の結果から、SP120は、topo IIβと複合体を形成することにより、topo IIβを標的DNA上にtargetさせる可能性が示唆された。今後、得られたSP120結合配列の検証と解析を行い、SP120によって規定されるMAR DNAに共通する要素の抽出を行う予定である。
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