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通常のゲノム多型の表示・検索方法では、特定の配列を多くの場合ペアで指定して、その組み合わせの間で行う。それに対し、本研究では、配列データベースに相同性検索を行って、そこから挿入欠失・置換といった多型を選び出すというデータベース検索対応型のゲノム多型検索手法を開発している。平成21年度は、ゲノム比較ソフトCGATのデータ構築プログラムを元に、多型検索プログラムの概要を作成した。塩基配列レベルのオーソログ判定を行い、相同領域をブロックとして検出し、そのブロック同士の位置関係の組み合わせで、多型のパターンを判定するようにし、拾うべき多型を絞り込む条件検討を行った。配列データベースには、通常の塩基配列データベースに加えメタゲノム配列データベースなど利用できるデータベースをあわせたデータベースを使用することとした。このデータベース検索対応型のゲノム多型検索プログラムを使い、修飾酵素遺伝子を足場に、通常それと対をなす制限酵素遺伝子がどの程度検出できるか検討した。本研究のデータベース検索対応型のゲノム多型検索手法の特徴として、完全ゲノム配列以外の配列情報に加えメタゲノム配列データ対象とした型が可能になる、特定の近縁ゲノムの組み合わせ(多対多)にとどまらず、多対配列データベースレベルの比較ができる、種レベルの近縁性からは予期しない発見が可能になる、といった点が挙げられ、ゲノム比較全般に大きく貢献すると考えている。
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