2010 年度研究成果報告書

ゲノム多型検出法の開発:可変部位・多型部位の検出からゲノム構築論理の理解へ

研究課題

研究課題/領域番号	21710209
研究種目	若手研究(B)
配分区分	補助金
研究分野	ゲノム情報科学
研究機関	独立行政法人海洋研究開発機構 (2010) 基礎生物学研究所 (2009)
研究代表者	河合幹彦独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, ポストドクトラル研究員 (80451904)
研究期間 (年度)	2009 – 2010
キーワード	機能予測 / ゲノム多型 / ゲノム進化 / ゲノム比較 / 系統プロファイル
研究概要	相同性検索結果から挿入欠失・置換といった多型を選び出す、データベース検索対応型のゲノム多型検索手法を作成した。相同領域をブロックとして検出し、そのブロック同士の位置関係の組み合わせで、多型のパターンを判定した。多型領域に機能既知遺伝子と対をなしている機能未知遺伝子を探索した。この検索手法により、完全ゲノム配列以外の配列情報に加えメタゲノム配列データも対象とした多型検索や、特定の近縁ゲノムの組み合わせ(多対多)にとどまらない多対配列データベースレベルの比較ができるようになった。