研究課題
若手研究(B)
研究者らは、オリゴキャッピング法によって作られたcDNAに基づき転写開始点が決められている転写開始点データベースDBTSSを構築してきた。本研究では、まず大規模シークエンサーによって配列決定されたデータを約3億配列追加することにより、DBTSSの拡充を試みた。また、これらの転写開始点とRNA polymerase・ヒストン修飾のChIP-seq情報、MNasaeIによるヌクレオソーム情報、ポリソーム分画によるRNA-seq情報などと比較を行った。この結果、転写開始点付近には特徴的なヌクレオソーム構造、ヒストンのH3K4me3修飾、RNA polmeraseの集積が観察され、その傾向は発現量の多いものほど強かった。以上のことから、本研究で作成したデータベースDBTSSが転写制御解析に非常に有用であることが示唆された。
すべて 2011 2010 2009 その他
すべて 雑誌論文 (6件) 学会発表 (13件) 備考 (1件)
Nucleic Acids Res.
Genome Res.
BMC Genomics. 11
ページ: 309
DNA Res.
BBRC. in press.
http://dbtss.hgc.jp
