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2011 年度 実績報告書

物性理論的方法による古典確率過程の解析手法の開発と応用

研究課題

研究課題/領域番号 21740283
研究機関京都大学

研究代表者

大久保 潤  京都大学, 情報学研究科, 講師 (70451888)

キーワード遺伝子発現制御系 / 揺らぎ / 計数統計
研究概要

最終年度である本年度は主に,遺伝子発現制御系の確率モデルの動的な性質に関する研究を実施した.遺伝子発現制御系については実験的研究がかなり進められており,その機能の発現の際に,サイズの小ささに起因する揺らぎの影響を無視することはできないという知見が得られている.理論的には確率モデルを厳密に解くのが困難であることもあり,主に数値計算によって揺らぎに関する研究が実施されている.しかし,数値計算では複雑な遺伝子発現制御系を扱うのが難しくなるため,近似を導入した解析的な扱いについての研究も必要とされている.昨年度までの研究では,確率モデルの状態の時間発展を記述するマスター方程式と,遷移の回数の時間発展を記述する時間発展方程式の間をつなぐ計数統計の枠組みを発展させた.状態の時間発展を記述するマスター方程式において,回数をカウントしたい遷移に対応する遷移確率行列の要素を修正することで,遷移の回数の時間発展を記述するための母関数を計算することが可能となる.また,遺伝子発現制御系の確率モデルに対する近似法の提案をおこなった.遺伝子制御に関わる相互作用の部分を有効相互作用に置き換えることで,近似的な解析解を得ることができる.以上の2つの研究をつなぐことにより,自己制御系の確率モデルにおける不活性・活性状態間の遷移の回数という動的な情報に関する近似的な解析解を導出することができた.具体的には,不活性状態から活性状態への遷移の回数は第一種変形ベッセル関数を用いて近似的に表現することができる(この成果は現在,論文にまとめて投稿中である).関数の形が明示されたことにより,今後,実験データをパラメトリック解析する際に役立つと期待される.

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Approximation scheme based on effective interactions for stochastic gene regulation2011

    • 著者名/発表者名
      Jun Ohkubo
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 83 ページ: 041915-1-041915-9

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.83.041915

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nonparametric model reconstruction for stochastic differential equations from discretely observed time-series data2011

    • 著者名/発表者名
      Jun Ohkubo
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 84 ページ: 066702-1-066702-9

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.84.066702

    • 査読あり
  • [学会発表] Doi-Peliti法と直交多項式について2012

    • 著者名/発表者名
      大久保潤
    • 学会等名
      日本物理学会第67回年次大会
    • 発表場所
      関西学院大学西宮上ヶ原キャンパス(兵庫県)
    • 年月日
      2012-03-25
  • [学会発表] 非平衡系,生命,情報の関係:計数統計の視点から2012

    • 著者名/発表者名
      大久保潤
    • 学会等名
      (京都大学基礎物理学研究所研究会)情報統計力学の最前線-情報と揺らぎの制御の物理学を目指して-
    • 発表場所
      京都大学(京都府)(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-22
  • [学会発表] 計数統計とその周辺2011

    • 著者名/発表者名
      大久保潤
    • 学会等名
      第21回日本数理生物学会年会企画シンポジウム「New theoretical approaches for stochastic phenomena in biology」
    • 発表場所
      明治大学駿河台キャンパス(東京都)(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-14

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公開日: 2013-06-26  

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