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2010 年度 実績報告書

タンパク質と水の動的相互作用を通した機能の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21740307
研究機関北海道大学

研究代表者

寺本 央  北海道大学, 電子科学研究所, 助教 (90463728)

キーワードLagrange協同構造 / タンパク質 / 水 / 協同運動 / エネルギー論
研究概要

当該年度は、タンパク質の機能発現に際する水の役割を解明するために、以下の事を行った。まず、タンパク質の機能は、タンパク質が外的刺激に対しておこなう一連の構造転移と化学反応によって理解できると考えられるので、タンパク質の構造転移とそれに際する水の役割を理解するための理論を構築した。具体的には、タンパク質が構造転移を起こす際に、タンパク質と周辺の水とのエネルギー収支を用いて、タンパク質の構造変化を、水が助けるもの、と、水が妨げるもの、の二種類に分類した。次に、その二種類の構造変化の分子論的な違いを考察するために、二種類の構造転移反応に際して、水がタンパク質の周辺にどのような集団的な場を作り出しているのかを、昨年度開発した水の集団的な流れの場を素視化するための手法およびLagrange協同構造を適用することにより解析するための理論を作成し、タンパク質と類似のペプチドに応用した。その結果、それら二種類の構造転移反応に対して、水が周辺に作り出す特徴的なパターンがあることが示唆された。具体的には、Lagrange協同構造の法線方向には反発的な力が働くのだが、水が助けている場合には、水はペプチドの構造変化を助けるように、ペプチドの構造変化の方向に法線方向を持つようなLagrange協同構造を作り出しているということをいくつかの例で確認した。また、水が妨げている場合には、ペプチドの構造変化の方向がLagrange協同構造の接線方向に向くように、Lagrange協同構造を作り出すということを確認した。これらの発見は、水がペプチドひいてはタンパク質の構造変化をどのように助けたり、妨げたりしているかに関する分子論的な理解を与えているものと考えられる。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (12件)

  • [雑誌論文] A Dynamical Switching of a Reaction Coordinate to Carry the System Through to a Different Product State at High Energies2011

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Teramoto, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Physical Review Letters

      巻: 134 ページ: 054101-054104

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 多自由度Hamilton系における安定/不安定多様体の可能な折り畳みパターンとそれらの力学系の性質との関係2011

    • 著者名/発表者名
      寺本央、小松崎民樹
    • 雑誌名

      数理解析研究所講究録

      巻: 1,688 ページ: 26-38

  • [雑誌論文] How does a choice of Markov partition affect the resultant symbolic dynamics?2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Teramoto, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Chaos

      巻: 20 ページ: 037113-037119

    • 査読あり
  • [学会発表] 多変数確率過程の大域的パターンと高次相関情報量(Connected Information)2011

    • 著者名/発表者名
      宮川尚紀、寺本央、李振風、小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会第66回年次大会
    • 発表場所
      新潟大学(新潟)
    • 年月日
      2011-03-27
  • [学会発表] ランク2サドルとその近傍における遷移ダイナミクス2011

    • 著者名/発表者名
      永幡裕、河合信之輔、寺本央、李振風、小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会第66回年次大会
    • 発表場所
      新潟大学(新潟)
    • 年月日
      2011-03-27
  • [学会発表] 法双曲不変多様体の崩壊と生成、局所から大域へ2011

    • 著者名/発表者名
      寺本央, 戸田幹人, 小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会第66回年次大会
    • 発表場所
      新潟大学(新潟)
    • 年月日
      2011-03-24
  • [学会発表] Extracting the Reaction Network Buried in Single Molecule Time Series of Epidermal Growth Factor Receptor and Gr22011

    • 著者名/発表者名
      H.Sultana, H.Teramoto, C.Li, T.Komatsuzaki
    • 学会等名
      Fusion Bioscience International Symposium
    • 発表場所
      北海道大学(札幌)
    • 年月日
      2011-03-04
  • [学会発表] Extracting Protein Dynamics from Single Molecular Time Series2011

    • 著者名/発表者名
      Z.Liu, H.Teramoto, C.Li, T.Komatsuzaki
    • 学会等名
      Fusion Bioscience International Symposium
    • 発表場所
      北海道大学(札幌)
    • 年月日
      2011-03-04
  • [学会発表] 法双曲不変多様体崩壊と生成のメカニズム2011

    • 著者名/発表者名
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • 学会等名
      2010年冬の力学系研究集会
    • 発表場所
      東京工業大学(大岡山)
    • 年月日
      2011-01-08
  • [学会発表] ペプチドと水の動力学的相互作用の解明2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Teramoto and T. Komatsuzaki
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      東北大学(仙台)
    • 年月日
      2010-09-27
  • [学会発表] 法双曲不変多様体崩壊のシナリオ2010

    • 著者名/発表者名
      寺本央
    • 学会等名
      力学系研究集会-理論から応用へ、応用から理論へ
    • 発表場所
      京都大学(京都)
    • 年月日
      2010-09-23
  • [学会発表] 階層性、適応性、因果性を内包する生命システムの動態解析基盤2010

    • 著者名/発表者名
      小松崎民樹、李振風、寺本央、馬場昭典、河合信之輔
    • 学会等名
      アライアンス「医療材料・デバイス」G3グループ
    • 発表場所
      北海道大学(札幌)
    • 年月日
      2010-07-17
  • [学会発表] 法双曲不変多様体の崩壊のシナリヲ2010

    • 著者名/発表者名
      寺本央、小松崎民樹
    • 学会等名
      第13回理論化学討論会
    • 発表場所
      北海道大学(札幌)
    • 年月日
      2010-05-24
  • [学会発表] ランク2サドルにおける遷移ダイナミックスの集団挙動とカオス2010

    • 著者名/発表者名
      永幡裕、河合信之輔、寺本央、李振風、小松崎民樹
    • 学会等名
      第13回理論化学討論会
    • 発表場所
      北海道大学(札幌市)
    • 年月日
      2010-05-24
  • [学会発表] 熱揺らぎ環境下における生体分子の構造転移に対する次元縮約と真の反応自由度2010

    • 著者名/発表者名
      河合信之輔、寺本央、小松崎民樹
    • 学会等名
      第13回理論化学討論会
    • 発表場所
      北海道大学(札幌市)
    • 年月日
      2010-05-24

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公開日: 2013-06-26  

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