シロイヌナズナの遺伝子共発現データベースATTED-IIIの構築

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21770035
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 植物分子生物・生理学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 大林 武 東北大学, 大学院・情報科学研究科, 助教 (50397048)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• キーワード: 環境応答 / バイオインフォマティクス

研究概要

シロイヌナズナの共発現データベースATTED-II は、未知の機能グループを推察する手段として広く利用されてきた。しかしこの遺伝子共発現情報は遺伝子間の機能的関係の存在を支持するものの、それが具体的にどのような関係なのかについての情報をもたらさない。本研究では、共発現データの具体的な関係を明らかにするために、条件特異的共発現データを作成し、これらの共発現データの値と構造を調べるために2つのタイプのビューアと共にATTED-II 上で公開した。

研究成果

• [雑誌論文] Kinoshita K ATTED-II updates : condition-specific gene coexpression to extend coexpression analyses and applications to a broad range of flowering plants. (2011)
  • 著者名/発表者名: Obayashi T, Nishida K, Kasahara K
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol 52 ページ: 213-219
  • 査読あり
• [雑誌論文] COXPRESdb : a database to compare gene coexpression in seven model animals. (2011)
  • 著者名/発表者名: Obayashi T, Kinoshita K
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 39 ページ: D1016-1022
  • 査読あり
• [雑誌論文] 共発現情報から見る遺伝子機能ネットワーク (2011)
  • 著者名/発表者名: 大林武、木下賢吾
  • 雑誌名: 化学と生物[KASEAA] 49 ページ: 48-56
• [雑誌論文] Coexpression landscape in ATTED-II : usage of gene list and gene network for various types of pathways. (2010)
  • 著者名/発表者名: Obayashi T, Kinoshita K
  • 雑誌名: J. Plant Research 123 ページ: 311-319
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi-dimensional correlations for gene coexpression and application to the large-scale data of Arabidopsis. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita K, Obayashi T
  • 雑誌名: Bioinformatics 25 ページ: 2677-2684
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rank of correlation coefficient as a comparable measure for biological significance of gene coexpression. (2009)
  • 著者名/発表者名: Obayashi T, Kinoshita K
  • 雑誌名: DNA Research 16 ページ: 249-260
  • 査読あり
• [学会発表] How to measure the similarity of gene expression patterns to identify gene function (2011)
  • 著者名/発表者名: Obayashi T
  • 学会等名: QBIC2011 Bio-Informatics Workshop
  • 発表場所: 東京理科大学
  • 年月日: 2011-03-11
• [学会発表] Rank of Correlation Coefficient Is a Comparable Measure of Gene Coexpression (2010)
  • 著者名/発表者名: Obayashi T, Kinoshita K
  • 学会等名: The 2010 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: 九州大学
  • 年月日: 2010-12-13
• [学会発表] COXPRESdb : a gene coexpression database for 7 animal species (2010)
  • 著者名/発表者名: Obayashi T, Kinoshita K
  • 学会等名: 4th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology
  • 発表場所: シンガポール、シンガポール共和国
  • 年月日: 2010-12-01
• [学会発表] Number of microarray samples to construct effective gene coexpression data (2010)
  • 著者名/発表者名: Obayashi T, Kinoshita K
  • 学会等名: 第51回日本植物生理学会年会
  • 発表場所: 熊本大学
  • 年月日: 2010-03-20
• [学会発表] Rank of Correlation Coefficient as a Comparable Measure for Biological Significance of Gene Coexpression (2010)
  • 著者名/発表者名: Obayashi T, Kinoshita K
  • 学会等名: Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology 2010
  • 発表場所: 台南、台湾
  • 年月日: 2010-03-10
• [学会発表] COXPRESdb : A database of coexpressed gene networks for human, mouse and rat (2009)
  • 著者名/発表者名: Obayashi T, Kinoshita K
  • 学会等名: International congress of physiological sciences
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2009-07-27