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2009 年度 実績報告書

microRNAの多様性と脊椎動物の系統進化

研究課題

研究課題/領域番号 21770257
研究機関神戸大学

研究代表者

日下部 りえ  神戸大学, 大学院・理学研究科, プロジェクト奨励研究員 (70373298)

キーワード機能性RNA / microRNA / ヤツメウナギ / メダカ / 形態進化 / 脊椎動物 / 脊索動物
研究概要

本研究では脊椎動物の各系統での小分子機能性RNAの重複の度合いや機能の変遷を解明するため、複数の動物でのmicroRNAの同定と機能解析を行っている。平成21年度はまず、microRNAの網羅的な探索とゲノム上の位置の同定を、メダカについておこなった。メダカ胚の小分子RNAライブラリーを次世代シークエンサー(454Life Sciences/Roche GS FLX)を用い、17,414配列解読した。得られたmicroRNA配列をメダカゲノムデータベースと照合し、各microRNAの名称を確認した。その結果、約560種類のメダカmicroRNAを同定できた。次に、整列したメダカmicroRNAの配列をもとにマイクロアレイを作製した。このアレイを用いた発現パターン解析を現在進めている。また、より処理能力の大きいシークエンサー(IlluminaGA)を用いて、メダカの小分子RNAライブラリーを800万配列以上解読した。得られた配列をもとに新規microRNAの探索と他の魚種との比較を行っている。
また脊椎動物microRNAの進化に関する知見を得るため、尾索動物ホヤのゲノム中で非常に近傍に存在するmiR-1およびmiR-133に対し、in situハイブリダイゼーションを行って発現領域を同定した。その結果、この2つのmicroRNAは単一の一次産物として胚の筋肉に特異的に転写され、その後成熟型microRNAへのプロセシングを受けることが明らかになった。現在、このようなmicroRNAの成体筋肉での異なる発現がどのように制御されるかを調べる目的で、各発生段階におけるより詳細な発現様式を調べ、その調節領域を同定する実験を行っている。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (6件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Genomic organization and embryonic expression of miR-430 in medaka (Oryzias latipes) : insights into the post-transcriptional gene regulation in early development.2010

    • 著者名/発表者名
      Tani, S.
    • 雑誌名

      Gene 第449巻第1号

      ページ: 41-49

    • 査読あり
  • [学会発表] 脊索動物microRNAの発生過程における発現と進化2010

    • 著者名/発表者名
      日下部りえ
    • 学会等名
      第1回甲南大学 モレキュラーサイエンスワークショップ
    • 発表場所
      甲南大学(兵庫県)
    • 年月日
      2010-03-04
  • [学会発表] microRNAの多様性と脊椎動物の進化2010

    • 著者名/発表者名
      日下部りえ
    • 学会等名
      第3回甲南大学生物学科シンポジウム
    • 発表場所
      甲南大学(兵庫県)
    • 年月日
      2010-01-13
  • [学会発表] Embryonic expression and function of miR-430 in medakaメダカ初期胚におけるmiR-430の発現と機能2009

    • 著者名/発表者名
      谷沙織
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      2009-12-09
  • [学会発表] 筋肉ではたらくmicroRNAの機能と進化2009

    • 著者名/発表者名
      日下部りえ
    • 学会等名
      第15回小型魚類研究会
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知県)
    • 年月日
      2009-09-13
  • [学会発表] Evolution of vertebrate myogenesis, with special reference to the morphological variety of skeletal muscles2009

    • 著者名/発表者名
      Kusakabe, R.
    • 学会等名
      International Society for Developmental Biology
    • 発表場所
      エジンバラ(英国)
    • 年月日
      2009-09-06
  • [学会発表] Evolution and developmental expression of chordate microRNAs2009

    • 著者名/発表者名
      Kusakabe, R.
    • 学会等名
      日本発生生物学会第42回大会
    • 発表場所
      新潟コンベンションセンター朱鷺メッセ(新潟県)
    • 年月日
      2009-05-30
  • [図書] Medaka-Biology, Management, and Experimental Protocols2009

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita, M.
    • 総ページ数
      419
    • 出版者
      Wiley-Blackwell
  • [備考]

    • URL

      http://www.research.kobe-u.ac.jp/fsci-rna/

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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