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親がいとこ婚である3人の兄弟(侵襲性歯周炎2名と健常者1名)から約7mlの採血を行い、ゲノムDNAを抽出した。Affymetrix SNP Chip ver.6.0を用いて約90万箇所のSNPタイピングを行った。SNPタイピングはAROS Applied Biotechnologyに依頼した。得られたデータをHomozygote Fingerprinting法を用いることによってホモ接合領域を同定した。なお2cM以上ホモ接合SNPが連続した領域を有意とした。侵襲性歯周炎2名で各ホモ接合領域が重なる約5Mbp部分を本実験のターゲット領域とした。シークエンスキャプチャー技術によってNimbleGen Sequence Capture 385Kアレイを用いてハイブリダイゼーション、洗浄、溶出、増幅を行い、ターゲット領域を選択的に抽出し、次世代シークエンサーによって遺伝子配列を解析した。シークエンスおよびデータ解析はAmbrygenetics社に依頼した。アミノ酸変異を伴う遺伝子変異部8箇所に着目し、Applied Biosystems 3130 sequencerを用いて遺伝子変異の検証を行ったところ、5箇所の遺伝子変異が検証された。5箇所の遺伝子変異が健常者96名において認められるかを調べたところ、2箇所の遺伝子変異は健常者において認められなかったことから、本侵襲性歯周炎の疾患関連遺伝子の可能性があることが示唆された。
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