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2022 年度 実績報告書

機械刺激を加えた単一タンパク質の構造および力学特性応答の高速AFM解析

研究課題

研究課題/領域番号 21H01772
研究機関名古屋大学

研究代表者

内橋 貴之  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (30326300)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワード高速原子間力顕微鏡 / 一分子計測 / 脂質膜 / 応力印加 / BIN1
研究実績の概要

前年度に開発した一軸伸張機構付き探針走査型高速AFMを用いて、脂質膜の曲率を感知して膜に結合する分子であるBIN1の曲率依存的な膜への結合を観察した。PDMS基板に応力を加えると、基板表面に応力印加方向とは垂直方向に沿って表面リップル構造を曲率を制御して作ることができた。次にBIN1の脂質膜への結合ダイナミクスを観察したところ、平坦な脂質膜へは明らかな結合は確認できなかった。親和性の高いCNM関連変異体K436Xであっても観察できず、BIN1と平板脂質との相互作用はAFM探針からの外乱で容易に解離するほど弱いか、少なくとも結合時間は最速0.1秒/フレームのイメージング速度を用いた高速FMの時間分解能よりはるかに短いことを示している。一方、曲率を持つ脂質膜表面では0.5秒/フレームのイメージング速度でも、BIN1の脂質膜への結合が明確に観察された。ほとんどのBIN1分子は、脂質で覆われたリップル構造の頂上付近で安定に結合し、側面や底面ではあまり結合しておらず、正の曲率領域への優先的な結合が示唆された。異なる曲率での単分子の脂質膜上での滞留時間のヒストグラムを作り、単指数減衰関数でフィッティングしたところ、脂質膜の曲率が5.59μm-1での時定数は1.83±0.09秒、414.27μm-1での時定数は3.77±0.06秒となった。これは、脂質曲率の違いにより親和性に2倍近い差が生じることを示している。これまでの研究では、BIN1と脂質の相互作用は、脂質の曲率の違いによるBIN1の結合による蛍光強度の変化としてしか解析できなかったが、今回開発した一軸伸張機構付き探針走査型高速AFMにより、脂質の曲率に依存した結合・解離のダイナミクスを1分子レベルで直接測定することができるようになった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

一軸伸張機構付き探針走査型高速AFMの開発がほぼ終了し、微小管の屈曲、アクチニンのアクチンへの結合やBIN1の脂質膜への結合など、当初予定したサンプルに対する実験を行えることを確認でき、これらの成果をReview Scientific Instrumentsに論文として発表することができたため。

今後の研究の推進方策

当初2022年度に予定していた、アクチン線維と結合タンパク質のアクチン繊維の屈曲による親和性変化についての実験が、脂質膜とBIN1の測定で予定よりも時間がかかったためにあまり進めることができなかった。最終年度はこの実験を集中して行う。弾性シート基板表面にビオチン化脂質を含んだ平面脂質二重膜を展開し、一部ビオチン化したアクチン線維をストレプトアビジン分子を介して脂質膜に固定する。アクチンストレスファイバーを模すために、α-アクチニンによるアクチン線維の架橋とバンドル化を行い基板に固定する。溶液中にはコフィリンあるいはミオシンIIのアクチン結合部位であるS1部を入れておく。弾性基板の引張でアクチンネットワークに力学負荷をかけながら、アクチン線維の構造変化(らせんピッチとG-アクチンの間隔)とコフィリンおよびS1の結合・解離を観察し、アクチン線維の局所構造の張力依存的変化と結合タンパク質の親和性変化の相関を明らかにする。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 5件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [雑誌論文] 3D Structure of Ring-shaped Microtubule Swarms Revealed by High-speed Atomic Force Microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Rashid Mst. Rubaya、Ganser Christian、Akter Mousumi、Nasrin Syeda Rubaiya、Kabir Arif Md. Rashedul、Sada Kazuki、Uchihashi Takayuki、Kakugo Akira
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 52 ページ: 100~104

    • DOI

      10.1246/cl.220491

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Decoding of the ubiquitin code for clearance of colliding ribosomes by the RQT complex2023

    • 著者名/発表者名
      Matsuo Yoshitaka、Uchihashi Takayuki、Inada Toshifumi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 ページ: 79

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35608-4

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Disulfide Bond-mediated Oligomerization of a Green Fluorescent Protein in Solution2023

    • 著者名/発表者名
      Soon Julian Wong、Oohora Koji、Uchihashi Takayuki、Hayashi Takashi
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 52 ページ: 105~109

    • DOI

      10.1246/cl.220495

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multiple dimeric structures and strand-swap dimerization of E-cadherin in solution visualized by high-speed atomic force microscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Nishiguchi Shigetaka、Furuta Tadaomi、Uchihashi Takayuki
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 ページ: e2208067119

    • DOI

      10.1073/pnas.2208067119

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tip-scan high-speed atomic force microscopy with a uniaxial substrate stretching device for studying dynamics of biomolecules under mechanical stress2022

    • 著者名/発表者名
      Chan Feng-Yueh、Kurosaki Ryo、Ganser Christian、Takeda Tetsuya、Uchihashi Takayuki
    • 雑誌名

      Review of Scientific Instruments

      巻: 93 ページ: 113703~113703

    • DOI

      10.1063/5.0111017

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Clarification of Surface Deswelling of Thermoresponsive Microgels by Electrophoresis2022

    • 著者名/発表者名
      Nishizawa Yuichiro、Inui Takumi、Namioka Ryuji、Uchihashi Takayuki、Watanabe Takumi、Suzuki Daisuke
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: 38 ページ: 16084~16093

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.2c02742

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Lytic polysaccharide monooxygenase increases cellobiohydrolases activity by promoting decrystallization of cellulose surface2022

    • 著者名/発表者名
      Uchiyama Taku、Uchihashi Takayuki、Ishida Takuya、Nakamura Akihiko、Vermaas Josh V.、Crowley Michael F.、Samejima Masahiro、Beckham Gregg T.、Igarashi Kiyohiko
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 ページ: eade5155

    • DOI

      10.1126/sciadv.ade5155

    • オープンアクセス
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡の最近の応用展開と機能拡張2023

    • 著者名/発表者名
      内橋 貴之
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会バイオSPM研究会2022 -最新SPM計測技術とその応用展開:生体分子・細胞・組織-
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡の分子ダイナミクス計測への応用と機能拡張2023

    • 著者名/発表者名
      内橋 貴之
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会 第47回関東支部講演会「尖った顕微鏡計測の最前線」
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡を用いた生体/人工高分子のダイナミクス解析2023

    • 著者名/発表者名
      内橋 貴之
    • 学会等名
      高分子のためのキャラクタリゼーションセミナー2022
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡による生体高分子の動的挙動観察2022

    • 著者名/発表者名
      内橋 貴之
    • 学会等名
      第71回高分子討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] How to interpret movies of protein dynamics captured by high-speed AFM? ~ Significance of bridging experimental data and computational/mathematical simulations ~2022

    • 著者名/発表者名
      T. Uchihashi
    • 学会等名
      蛋白研セミナー:Frontier of Dynamic Structural Biology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会・シンポジウム開催] AFM Biomed Conference 20222022

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公開日: 2023-12-25  

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