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2023 年度 実績報告書

機械刺激を加えた単一タンパク質の構造および力学特性応答の高速AFM解析

研究課題

研究課題/領域番号 21H01772
研究機関名古屋大学

研究代表者

内橋 貴之  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (30326300)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワード高速原子間力顕微鏡 / 動態解析 / 機械ストレス / 一軸伸長機構
研究実績の概要

近年のメカノバイオロジー研究の進展により、多様なタンパク質が機械的刺激を感知し、その機能を変化させる現象が次第に明らかにされている。特に、メカノセンサータンパク質はその構造と力学的性質が外部の力に応じてどのように変化するかについて、詳細な解析が求められているが、これまでの技術では単分子レベルでの直接的な観察が困難であった。本研究はこの技術的障壁を克服するため、高速原子間力顕微鏡(AFM)を基盤として新たな観測手法を開発し、タンパク質の構造と力学特性の動的変化を実時間で解析することを目指した。

昨年度までに、一軸伸張機能を備えた探針走査型高速AFMの開発し、これによりタンパク質単分子に対して力学負荷を印加しながら、その構造変化を高解像度で観察することが可能となった。具体的には、微小管の屈曲挙動やBIN1タンパク質の曲率を持つ脂質膜への結合過程について解析した。
本年度は、さらに技術の向上を目指し、基板に引張応力を印加することによる弾性基板のひずみを定量化するための装置改良を行った。このプロセスにおいて、伸長装置にホイートストンブリッジを利用したひずみゲージを組み込み、標準ゴムを使用してひずみゲージの校正を行うことで、基板への応力印加とひずみの関係を計測できるようになった。また、引張限界が150%であった伸長装置の性能を改良し、300%までの引張に耐えられる設計へと改良した。
この技術の応用範囲を拡大し、生体分子だけでなく高分子ゴムやその他の材料への適用も試みた。特に、高分子ゴムから成る微粒子を含んだフィルムにおいて、引張時における微粒子の変形と配列の変化を高速AFMで詳細に観察することに成功した。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (26件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (16件) (うち査読あり 16件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 4件、 招待講演 10件)

  • [雑誌論文] In-Situ Real-Time Observation of Photoinduced Nanoscale Azo-Polymer Motions Using High-Speed Atomic Force Microscopy Combined with an Inverted Optical Microscope2024

    • 著者名/発表者名
      Yang Keishi、Chan Feng-Yueh、Watanabe Hiroki、Yoshioka Shingo、Inouye Yasushi、Uchihashi Takayuki、Ishitobi Hidekazu、Verma Prabhat、Umakoshi Takayuki
    • 雑誌名

      Nano Letters

      巻: 24 ページ: 2805~2811

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.3c04877

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 3D Structure of Ring-shaped Microtubule Swarms Revealed by High-speed Atomic Force Microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Rashid Mst. Rubaya、Ganser Christian、Akter Mousumi、Nasrin Syeda Rubaiya、Kabir Arif Md. Rashedul、Sada Kazuki、Uchihashi Takayuki、Kakugo Akira
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 52 ページ: 100~104

    • DOI

      10.1246/cl.220491

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Decoding of the ubiquitin code for clearance of colliding ribosomes by the RQT complex2023

    • 著者名/発表者名
      Matsuo Yoshitaka、Uchihashi Takayuki、Inada Toshifumi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 ページ: 79

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35608-4

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Disulfide Bond-mediated Oligomerization of a Green Fluorescent Protein in Solution2023

    • 著者名/発表者名
      Soon Julian Wong、Oohora Koji、Uchihashi Takayuki、Hayashi Takashi
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 52 ページ: 105~109

    • DOI

      10.1246/cl.220495

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Closed-loop recycling of microparticle-based polymers2023

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Takumi、Minato Haruka、Sasaki Yuma、Hiroshige Seina、Suzuki Hayato、Matsuki Nahomi、Sano Koki、Wakiya Takeshi、Nishizawa Yuichiro、Uchihashi Takayuki、Kureha Takuma、Shibayama Mitsuhiro、Takata Toshikazu、Suzuki Daisuke
    • 雑誌名

      Green Chemistry

      巻: 25 ページ: 3418~3424

    • DOI

      10.1039/D3GC00090G

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Creation of single molecular conjugates of metal-organic cages and DNA2023

    • 著者名/発表者名
      Nakajo Toshinobu、Kusaka Shinpei、Hiraoka Haruka、Nomura Kohei、Matsubara Noriaki、Baba Rintaro、Yoshida Yuki、Nakamoto Kosuke、Honma Masakazu、Iguchi Hiroaki、Uchihashi Takayuki、Abe Hiroshi、Matsuda Ryotaro
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 59 ページ: 4974~4977

    • DOI

      10.1039/D3CC00460K

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Antiparallel dimer structure of CELSR cadherin in solution revealed by high-speed atomic force microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Nishiguchi Shigetaka、Kasai Rinshi S.、Uchihashi Takayuki
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 120 ページ: e2302047120

    • DOI

      10.1073/pnas.2302047120

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single microgel degradation governed by heterogeneous nanostructures2023

    • 著者名/発表者名
      Nishizawa Yuichiro、Yokoi Hiroki、Uchihashi Takayuki、Suzuki Daisuke
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 19 ページ: 5068~5075

    • DOI

      10.1039/D3SM00216K

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multistep, site-selective noncovalent synthesis of two-dimensional block supramolecular polymers2023

    • 著者名/発表者名
      Sasaki Norihiko、Kikkawa Jun、Ishii Yoshiki、Uchihashi Takayuki、Imamura Hitomi、Takeuchi Masayuki、Sugiyasu Kazunori
    • 雑誌名

      Nature Chemistry

      巻: 15 ページ: 922~929

    • DOI

      10.1038/s41557-023-01216-y

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The two‐step cargo recognition mechanism of heterotrimeric kinesin2023

    • 著者名/発表者名
      Jiang Xuguang、Ogawa Tadayuki、Yonezawa Kento、Shimizu Nobutaka、Ichinose Sotaro、Uchihashi Takayuki、Nagaike Wataru、Moriya Toshio、Adachi Naruhiko、Kawasaki Masato、Dohmae Naoshi、Senda Toshiya、Hirokawa Nobutaka
    • 雑誌名

      EMBO reports

      巻: 24 ページ: e56864

    • DOI

      10.15252/embr.202356864

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ring formation by Vibrio fusion protein composed of FliF and FliG, MS-ring and C-ring component of bacterial flagellar motor in membrane2023

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Kanji、Nishikino Tatsuro、Kajino Hiroki、Kojima Seiji、Uchihashi Takayuki、Homma Michio
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 20 ページ: e200028-1~10

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0028

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] High Density of N- and O-Glycosylation Shields and Defines the Structural Dynamics of the Intrinsically Disordered Ectodomain of Receptor-type Protein Tyrosine Phosphatase Alpha2023

    • 著者名/発表者名
      Chien Yu-Chun、Wang Yong-Sheng、Sridharan Deepa、Kuo Chu-Wei、Chien Chih-Ta、Uchihashi Takayuki、Kato Koichi、Angata Takashi、Meng Tzu-Ching、Hsu Shang-Te Danny、Khoo Kay-Hooi
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: 3 ページ: 1864~1875

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00124

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular Design of FRET Probes Based on Domain Rearrangement of Protein Disulfide Isomerase for Monitoring Intracellular Redox Status2023

    • 著者名/発表者名
      Yagi-Utsumi Maho、Miura Haruko、Ganser Christian、Watanabe Hiroki、Hiranyakorn Methanee、Satoh Tadashi、Uchihashi Takayuki、Kato Koichi、Okazaki Kei-ichi、Aoki Kazuhiro
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 ページ: 12865~12865

    • DOI

      10.3390/ijms241612865

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Visualizing the membrane disruption action of antimicrobial peptides by cryo-electron tomography2023

    • 著者名/発表者名
      Chen Eric H.-L.、Wang Chun-Hsiung、Liao Yi-Ting、Chan Feng-Yueh、Kanaoka Yui、Uchihashi Takayuki、Kato Koichi、Lai Longsheng、Chang Yi-Wei、Ho Meng-Chiao、Chen Rita P.-Y.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 ページ: 5464

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41156-2

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure of the human ATAD2 AAA+ histone chaperone reveals mechanism of regulation and inter-subunit communication2023

    • 著者名/発表者名
      Cho Carol, Ganser Christian, Uchihashi Takayuki, Kato Koichi, Song Ji-Joon
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 6 ページ: 993

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05373-1

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Measuring mechanical properties with high-speed atomic force microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Ganser Christian、Uchihashi Takayuki
    • 雑誌名

      Microscopy

      巻: 73 ページ: 14~21

    • DOI

      10.1093/jmicro/dfad051

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡を用いた生体/人工高分子のダイナミクス解析2023

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      高分子のためのキャラクタリゼーションセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 動態イメージングで探る生体分子材料と人工分子材料の境界2023

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      分子研研究会「生体分子材料を探る:発動分子のさらなる理解と設計に向けて」
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡による生体分子のダイナミクス計測2023

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      第49回 生体分子科学討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] AFMのソフトマテリアルイメージング応用:タンパク質からゲルまで2023

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会ソフトマテリアル分科会「色んな装置でソフトマテリアルを観る」
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡技術で明らかにする生体・人工高分子のナノスケールダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      第25回高分子ゲル研究会講座
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡で可視化する生体/人工材料の構造物性ダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      第30回 発動分子科学セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic Structural Biology Driven by High-Speed Atomic Force Microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      IEEE International Conference on Manipulation, Manufacturing and Measurement (3M-NANO) on the Nanoscale
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revealing conformational dynamics and molecular interaction of ring-shaped ATPase2023

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      Protein Society Webinar
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule dynamic visualized by high-speed atomic force microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      ExCELLS and KAIST Symposium on Complex Biological Systems
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Application of high-speed AFM to synthetic polymers and supramolecules2023

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      The 31st International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM31)
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2024-12-25  

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