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2023 年度 実績報告書

植物の有用物質生産に関与する膜酵素複合体のコア構造と膜上ダイナミクスの解明

研究課題

研究課題/領域番号 21H02115
研究機関金沢大学

研究代表者

山下 哲  金沢大学, 物質化学系, 准教授 (70361186)

研究分担者 戸澤 譲  埼玉大学, 理工学研究科, 教授 (90363267)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワード脂溶性有用物質 / メタボロン / X線結晶構造解析 / イソプレノイド / 天然ゴム / フラボノイド
研究実績の概要

植物が生産する有用な二次代謝産物は、小胞体膜上で酵素複合体メタボロンの形成により効率的に合成されることが明らかになってきた。他の宿主での代替生産系を構築する上でも、メタボロンの構造と機能を理解することが不可欠である。メタボロンの構成因子同士の相互作用は一般的に弱く、膜上で一過性に形成される複合体の単離も困難である。そのため、複合体の量論比、相互作用、ダイナミクスに関する知見は少ない。本研究ではフラボノイドおよび天然ゴム生合成系を対象として、代謝酵素複合体の酵素学的解析、質量分析とX線結晶構造解析により、相互作用様式を解明する。さらに高速原子間力顕微鏡を用いて脂質膜上での複 合体の動態を観察し、種々の溶液条件における複合体形成および解離のダイナミクスを明らかにすることを目的とする。 本年度の実績として、植物のイソフラボノイドメタボロンを構成する縮合酵素と,その活性を調節するパートナータンパク質の複合体の精製をおこない,X線結晶構造解析の結果、世界で初めて複合体構造を決定することに成功した。また,同様な組み合わせで多次元NMRを行い、両者の相互作用界面について、上記のX線構造と整合性を確認した。さらに、高速原子間力顕微鏡の測定では、縮合酵素を基板上に固定することに成功し、パートナータンパク質の結合と解離のダイナミクスをとらえることに成功した。 イソプレノイド生合成経路については、ナノディスク系(脂質二重膜)での観察を発展させるため、関連酵素群の導入と解析をより詳細に行うことができる脂質一重膜粒子を開発し、その系における各酵素および膜安定化タンパク質の性質を決定することができた。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 4件)

  • [国際共同研究] University of Tennessee, Knoxville(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      University of Tennessee, Knoxville
  • [雑誌論文] Cell-free translation system with artificial lipid-monolayer particles as a unique tool for characterizing lipid-monolayer binding proteins2024

    • 著者名/発表者名
      Kuroiwa Fu、Suda Hiraku、Yabuki Maho、Atsuzawa Kimie、Yamaguchi Haruhiko、Toyota Masatsugu、Kaneko Yasuko、Yamashita Satoshi、Takahashi Seiji、Tozawa Yuzuru
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 88 ページ: 555~560

    • DOI

      10.1093/bbb/zbae026

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural‐Functional Correlations between Unique N‐terminal Region and C‐terminal Conserved Motif in Short‐chain <i>cis</i>‐Prenyltransferase from Tomato (ChemBioChem 7/2024)2024

    • 著者名/発表者名
      Imaizumi Riki、Matsuura Hiroaki、Yanai Taro、Takeshita Kohei、Misawa Shuto、Yamaguchi Haruhiko、Sakai Naoki、Miyagi‐Inoue Yukino、Suenaga‐Hiromori Miki、Waki Toshiyuki、Kataoka Kunishige、Nakayama Toru、Yamamoto Masaki、Takahashi Seiji、Yamashita Satoshi
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 25 ページ: e202300796

    • DOI

      10.1002/cbic.202400160

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural insights into a bacterial β-glucosidase capable of degrading sesaminol triglucoside to produce sesaminol: toward the understanding of the aglycone recognition mechanism by the C-terminal lid domain2023

    • 著者名/発表者名
      Yanai Taro、Takahashi Yukino、Katsumura Eri、Sakai Naoki、Takeshita Kohei、Imaizumi Riki、Matsuura Hiroaki、Hongo Shuntaro、Waki Toshiyuki、Takahashi Seiji、Yamamoto Masaki、Kataoka Kunishige、Nakayama Toru、Yamashita Satoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 174 ページ: 335~344

    • DOI

      10.1093/jb/mvad048

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Influence of distal glycan mimics on direct electron transfer performance for bilirubin oxidase bioelectrocatalysts2023

    • 著者名/発表者名
      Nishida Sayaka、Sumi Hinata、Noji Haruna、Itoh Akira、Kataoka Kunishige、Yamashita Satoshi、Kano Kenji、Sowa Keisei、Kitazumi Yuki、Shirai Osamu
    • 雑誌名

      Bioelectrochemistry

      巻: 152 ページ: 108413~108413

    • DOI

      10.1016/j.bioelechem.2023.108413

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 酵素の機能改変で自然界に存在しないポリイソプレノイドを合成2023

    • 著者名/発表者名
      高橋 征司, 竹下 浩平, 山口 晴彦, 山下 哲
    • 雑誌名

      JETI = ジェティ : Japan energy & technology intelligence

      巻: 70 ページ: 91~94

  • [学会発表] Structural basis of short-chain cis-prenyltransferase from plants.2023

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yamashita
    • 学会等名
      TERPNET 2023
    • 国際学会
  • [学会発表] Protein engineering, purification and characterization of a regulatory protein for cis-prenyltransferase from plant2023

    • 著者名/発表者名
      Taro YANAI, Kohei TAKESHITA, Riki IMAIZUMI, Natsumi TAMURA, Haruhiko YAMAGUCHI, Yukino MIYAGI-INOUE, Kunishige KATAOKA, Masaki YAMAMOTO, Toru Nakayama, Seiji TAKAHASHI, Satoshi YAMASHITA
    • 学会等名
      TERPNET 2023
    • 国際学会
  • [学会発表] n vitro reconstitution of core components of the rubber synthesis machinery based on a cell-free translation system.2023

    • 著者名/発表者名
      Fu Kuroiwa, Haruhiko Yamaguchi, Yukino Miyagi, Satoshi Yamashita, Seiji Takahashi, and Yuzuru Tozawa
    • 学会等名
      TERPNET 2023
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural and functional importance of the C-terminal conserved region of neryl diphosphate synthase from tomato2023

    • 著者名/発表者名
      Riki Imaizumi, Shuto Misawa, Taro Yanai, Kohei Takeshita, Hiroaki Matsuura, Haruhiko Yamaguchi, Yukino Miyagi-Inoue, Naoki Sakai, Kunishige Kataoka, Masaki Yamamoto, Toru Nakayama, Seiji Takahashi, Satoshi Yamashita
    • 学会等名
      TERPNET 2023
    • 国際学会
  • [学会発表] 両親媒性コポリマーによる可溶化技術を用いたパラゴムノキ(Hevea brasiliensis)の天然ゴム生合成複合体単離2023

    • 著者名/発表者名
      KHAN Nadia Nur Shazana Binti Abu Talib, 小島幸治, 山口晴彦, 三上智世, 廣森美樹, 和氣駿之, 宮城ゆき乃, 山下哲, 戸澤譲, 中山亨、高橋征司
    • 学会等名
      日本植物生理学会年会

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公開日: 2024-12-25  

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