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2023 年度 実績報告書

迅速で高感度なNMR解析によるin situ構造生命科学

研究課題

研究課題/領域番号 21H02419
研究機関東京都立大学

研究代表者

伊藤 隆  東京都立大学, 理学研究科, 教授 (80261147)

研究分担者 美川 務  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 専任研究員 (20321820)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワードin-cell NMR / 蛋白質 / 立体構造 / ダイナミクス / 相互作用 / 液液相分離
研究実績の概要

細胞内の分子クラウディング環境は,蛋白質の生物活性のみならず,その立体構造やダイナミクスにも影響を与える.本研究ではin-cell NMRを用いて,細胞中蛋白質動態の詳細な理解を目指す.真核細胞内での,(1)蛋白質の立体構造・ダイナミクス,(2)マルチドメイン蛋白質のドメイン間相互作用,(3)蛋白質間相互作用,を解析するためには,in-cell NMR測定の様々な要素技術の高度化が必須である.In-cell NMRによって得られた立体構造,ダイナミクス,フォールディング安定性,蛋白質間相互作用を解析することで,細胞内分子クラウディング環境の普遍的な理解に挑戦する.
2023年の研究業績は以下の通り.
「細胞内蛋白質の立体構造・ダイナミクスの解析」については,UCH-L3(希薄溶液中で動的な構造多形が存在することが明らかになっている酵母YUH1のヒトホモログ)に注目し,希薄溶液中とヒト培養細胞中の動的性質の差異についての解析を行った.また,モデル蛋白質GB1の立体構造に対する細胞内環境の影響を詳細に解析するために,BSAとフィコールを用いた人為的クラウディング環境下で解析を行い,BSAとフィコールはGB1の同一表面と相互作用しているにも関わらず,立体構造不安定化については相反する効果を持つことを見出した.
「細胞内マルチドメイン蛋白質のドメイン間相互作用の解析」については,モデル試料としてヒトユビキチンタンデム2量体を用い,常磁性ランタノイド結合タグで標識した試料をHeLa細胞に導入し解析を行った結果,希薄溶液中とHeLa細胞中では異なるアンサンブル構造をとることが判明した.
「細胞内蛋白質間相互作用の解析」については,ヒトGRB2/SOS1の系,ショウジョウバエDrk/Sosの系の解析を継続して行い,多価相互作用と液液相分離(LLPS)形成の相関について解析を行った.

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (28件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] University of Cambridge/University of Leicester(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      University of Cambridge/University of Leicester
  • [国際共同研究] Goethe University Frankfurt(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      Goethe University Frankfurt
  • [国際共同研究] ETH Zurich(スイス)

    • 国名
      スイス
    • 外国機関名
      ETH Zurich
  • [雑誌論文] Direct Observation of Membrane-Associated H-Ras in the Native Cellular Environment by In-Cell 19F-NMR Spectroscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Masaomi Ikari,Hiromasa Yagi,Takuma Kasai,Kohsuke Inomata,Masahiro Ito,Kae Higuchi,Natsuko Matsuda,Yutaka Ito,Takanori Kigawa
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: 3 ページ: 1658-1669

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00108

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural insights into the complex of oncogenic KRas4BG12V and Rgl2, a RalA/B activator”2023

    • 著者名/発表者名
      Mishal Tariq,Teppei Ikeya,Naoyuki Togashi,Louise Fairall,Shun Kamei,Sannojah Mayooramurugan,Lauren R Abbott,Anab Hasan Carlos Bueno-Alejo,Sakura Sukegawa,Beatriz Romartinez-Alonso,Miguel Angel Muro Campillo,Andrew J. Hudson,Yutaka Ito,John W.R. Schwabe,Cyril Dominguez,Kayoko Tanaka
    • 雑誌名

      Life Sci. Alliance

      巻: 7 ページ: e202302080

    • DOI

      10.26508/lsa.202302080

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Interactions of the N- and C-Terminal SH3 Domains of Drosophila Drk with the Proline-Rich Peptides from Sos and Dos2023

    • 著者名/発表者名
      Sayeesh PM,Mayumi Iguchi,Yusuke Suemoto,Jin Inoue,Kohsuke Inomata,Teppei Ikeya,Yutaka Ito
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 24 ページ: 14135

    • DOI

      10.3390/ijms241814135

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Activation of oxidoreductases by the formation of enzyme assembly2023

    • 著者名/発表者名
      Ura Tomoto、Sakakibara Nanako、Hirano Yu、Tamada Taro、Takakusagi Yoichi、Shiraki Kentaro、Mikawa Tsutomu
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 ページ: 14381

    • DOI

      10.1038/s41598-023-41789-9

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transient formation of multi-phase droplets caused by the addition of a folded protein into complex coacervates with an oppositely charged surface relative to the protein2023

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara Nanako、Ura Tomoto、Mikawa Tsutomu、Sugai Hiroka、Shiraki Kentaro
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 19 ページ: 4642~4650

    • DOI

      10.1039/d2sm01422j

    • 査読あり
  • [学会発表] NMR studies of multi-domain adaptor proteins in signal transduction pathways2024

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito,Teppei Ikeya,Sayeesh P.M.,Mao Oide,Yuji Sugita, Hiroshima
    • 学会等名
      TJ2024 (Taiwan-Japan NMR Symposium 2024)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] In-cell NMRを用いたKeap1-Nrf2系の解析2024

    • 著者名/発表者名
      伊藤 隆
    • 学会等名
      NMRシンポジウム―環境応答の構造生物学
    • 招待講演
  • [学会発表] In-cell NMR studies of the Keap1-Nrf2 system2023

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito,Mei Toyoda,Shiori Suehiro,Kaito Shima,Teppei Ikeya,Takafumi Suzuki,Masayuki Yamamoto,Kohsuke Inomata
    • 学会等名
      Asia-Pacific Nuclear Magnetic Resonance (APNMR) 2023
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 多次元NMRの原理2023

    • 著者名/発表者名
      伊藤 隆
    • 学会等名
      2023年度?本分光学会主催秋期セミナー「NMR分光法の基礎と応用」
    • 招待講演
  • [学会発表] Analysis of the mechanism underlying multivalent interactions between GRB2 and SOS1 and their LLPS using solution NMR2023

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya,Mao Oide,W. Ren,Keita Tateno,Takami Ando,Haruka Sugasawa,Yuji Sugita,Yutaka Ito
    • 学会等名
      日本生物物理学会第61回年会
  • [学会発表] GRB2とSOS1による多価相互作用と液液相分離の溶液NMR解析2023

    • 著者名/発表者名
      池谷鉄兵,菅澤はるか,富樫直之,林 俊文,美川 務,杉田有治,伊藤 隆
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] In-cell NMRにおける細胞試料管理2023

    • 著者名/発表者名
      猪股晃介,豊田芽生,島 海翔,長峰萌華,末広志織,池谷鉄兵,鈴木隆史,山本雅之,伊藤 隆
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] Interaction of N-and C-terminal SH3 domains of Drosophila adapter protein Drk with Sos and Dos2023

    • 著者名/発表者名
      Sayeesh PM,Mayuki Iguchi,Haruka Sugasawa,Kahsuke Inomata,Teppei Ikeya,Yutaka Ito
    • 学会等名
      The 19th European Magnetic Resonance Congress
    • 国際学会
  • [学会発表] In-cell NMRを用いたlinear diubiquitinの細胞内での立体構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      屋部祥大,田岸亮馬,鴨志田一,美川 務,猪股晃介,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] 異種核多次元NMRによる根粒菌マルチドメイン蛋白質FixJの立体構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      大久保里佳,堀川皓央,伊藤かおり,菱倉直樹,渡邉吏輝,三島正規,猪股晃介,小手石泰康,澤井仁美,城 宣嗣,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] Structural and dynamic studies on the Drosophila adapter Protein Drk” NMR討論会,横須賀,2023年11月7日2023

    • 著者名/発表者名
      Sayeesh PM,Mayumi Iguchi,Teppei Ikeya,Yutaka Ito
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] ストレス応答型の転写制御に関与するKeap1-Nrf2複合体のIn-cell NMR解析2023

    • 著者名/発表者名
      豊田芽生,猪股晃介,末広志織,島 海翔,長峰萌華,池谷鉄兵,鈴木隆史,山本雅之,伊藤 隆
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] 溶液NMRによるKRASとRGL2の相互作用の解析2023

    • 著者名/発表者名
      助川咲良,富樫直之,P.M. Sayeesh,菅澤はるか,猪股晃介,田仲加代子,伊藤 隆,池谷鉄兵
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] NMRピークの線形解析を用いたKRAS/RGL2RBD滴定データの定量化2023

    • 著者名/発表者名
      富樫直之,助川咲良,菅澤はるか,美川 務,猪股晃介,田仲加代子,伊藤 隆,池谷鉄兵
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] Drk蛋白質のN末端およびC末端SH3ドメインとSos/Dos由来ペプチドとの相互作用解析2023

    • 著者名/発表者名
      井口真由美,P.M. Sayeesh,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] 溶液NMRによるUbiquitin C-terminal Hydrolase L3 (UCHL3)の構造・ダイナミクス解析2023

    • 著者名/発表者名
      宮田裕貴,菅澤はるか,猪股晃介,伊藤 隆,池谷鉄兵
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] GRB2とSOS1による多価相互作用の溶液NMR解析2023

    • 著者名/発表者名
      林 俊文,館野桂太,菅澤はるか,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] 蛋白質の立体構造に対する分子クラウディングの影響の解析2023

    • 著者名/発表者名
      加藤聖人,Sayeesh PM,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [学会発表] NMRによるFixL-FixJ二成分シグナル伝達系の機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      菱倉直樹,渡邉吏輝,大久保里佳,堀川皓央,伊藤かおり,三島正規,猪股晃介,小手石泰康,澤井仁美,城 宣嗣,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
  • [図書] Integrated Structural Biology - Chapter 5: In-cell Structural Biology Through the Integration of Solution NMR Spectroscopy and Computational Science2023

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, T. Ikeya, K. Inomata
    • 総ページ数
      404
    • 出版者
      Royal Society of Chemistry
    • ISBN
      978-1-83916-183-4

URL: 

公開日: 2024-12-25  

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