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2021 年度 実績報告書

初期分泌経路における亜鉛恒常性維持とタンパク質恒常性維持の相関と分子構造基盤

研究課題

研究課題/領域番号 21H04758
研究機関東北大学

研究代表者

稲葉 謙次  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (10423039)

研究期間 (年度) 2021-04-05 – 2024-03-31
キーワード亜鉛 / クライオ電子顕微鏡 / 細胞イメージング / タンパク質品質管理 / ケミカルバイオロジー
研究実績の概要

ゴルジ体の亜鉛恒常性維持機構の詳細を解析するため、ゴルジ体に存在する亜鉛輸送体ZnT4, 5/6, 7をそれぞれノックダウンした条件で、我々が新規に開発したサブオルガネラターゲット型亜鉛蛍光プローブを利用し、シス、メディアル、トランスゴルジ槽それぞれの亜鉛濃度を定量解析した。さらにそれぞれの亜鉛輸送体のゴルジ体内での局在を解析するため、超解像顕微鏡による観察を行った。以上の結果、ZnT4, 5/6, 7によるゴルジ体の亜鉛恒常性維持機構に関する重要な知見を得た。本結果をまとめ論文投稿を行い、現在は論文リバイス中である。さらに、ZnT4, 5/6, 7ノックダウン時の分泌タンパク質の生合成量の網羅的定量解析を行うことでゴルジ体内亜鉛依存的に生合成量が有意に変化する重要タンパク質を幾つか同定しており、現在そのメカニズム解明を進めている。

さらにシスゴルジ槽への亜鉛取り込み、および亜鉛依存シャペロンERp44の機能制御に関わるZnT7について、クライオ電子顕微鏡による構造解析を進め、inward facing form, outward facing form共に2.8Å分解能で構造決定した。これによりZnT7による亜鉛輸送メカニズムの理解が大きく進み、現在論文投稿に向け、構造情報に基づく機能データを取得中である。特に、ZnT7に特徴的な長いヒスチジンリッチループの機能的役割に着目し、そのループ領域欠失変異体の構造と活性を解析中である。以上のデータを統合し、2022年度前半に論文を投稿予定である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

2021年度の主要課題として挙げていた、ゴルジ体に存在する亜鉛輸送体による亜鉛恒常性維持機構の系統的解析を一通り終え、予定通り論文投稿を行った。さらに、各亜鉛輸送体ノックダウン時のプロテオーム解析も当初計画した通りに進んでいる。

亜鉛輸送体の構造解析についても、ZnT7の種々の反応中間状態についてクライオ電顕による解析が進み、その亜鉛輸送メカニズムの詳細が明らかとなった。ZnT7のクライオ電顕構造に関する論文についても、2022年度前半には投稿できる見込みであり、進捗状況に問題はない。

今後の研究の推進方策

ゴルジ体には亜鉛イオンを取り込むZnT4,5/6,7に加え、亜鉛イオンを排出するZIP9/11/13が存在する。ZnT4,5/6,7の機能解析については、2021年度におよそ完了したため、今後はZIP9/11/13の機能的役割を系統的かつ定量的に解析する必要がある。これにより、ゴルジ体における亜鉛恒常性維持機構の全容解明を目指す。

さらに、ZnT7の高分解能構造解析を達成したため、次は構造情報に基づく生化学機能解析ならびに阻害剤の開発を行う。ZnT7のクライオ電顕による構造解析に関する論文を一日も早く完成させ、2022年度中の論文受理を目指す。さらにZnT7の阻害剤開発を進め、これにより、ゴルジ体内の亜鉛濃度を低下させた条件でプロテオーム解析を行い、亜鉛恒常性維持とタンパク質恒常性維持の相関に関する重要な知見を集める予定である。

  • 研究成果

    (35件)

すべて 2021 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 5件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (24件) (うち国際学会 2件、 招待講演 5件) 備考 (2件) 産業財産権 (1件)

  • [国際共同研究] San Raffaele Scientific Institute(イタリア)

    • 国名
      イタリア
    • 外国機関名
      San Raffaele Scientific Institute
  • [国際共同研究] KBSI(韓国)

    • 国名
      韓国
    • 外国機関名
      KBSI
  • [雑誌論文] Functional Interplay between P5 and PDI/ERp72 to Drive Protein Folding2021

    • 著者名/発表者名
      Matsusaki Motonori、Okada Rina、Tanikawa Yuya、Kanemura Shingo、Ito Dai、Lin Yuxi、Watabe Mai、Yamaguchi Hiroshi、Saio Tomohide、Lee Young-Ho、Inaba Kenji、Okumura Masaki
    • 雑誌名

      Biology

      巻: 10 ページ: 1112~1112

    • DOI

      10.3390/biology10111112

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Ca2+ Regulates ERp57-Calnexin Complex Formation2021

    • 著者名/発表者名
      Tanikawa Yuya、Kanemura Shingo、Ito Dai、Lin Yuxi、Matsusaki Motonori、Kuroki Kimiko、Yamaguchi Hiroshi、Maenaka Katsumi、Lee Young-Ho、Inaba Kenji、Okumura Masaki
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 26 ページ: 2853~2853

    • DOI

      10.3390/molecules26102853

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A unique leucine-valine adhesive motif supports structure and function of protein disulfide isomerase P5 via dimerization2021

    • 著者名/発表者名
      Okumura Masaki、Kanemura Shingo、Matsusaki Motonori、Kinoshita Misaki、Saio Tomohide、Ito Dai、Hirayama Chihiro、Kumeta Hiroyuki、Watabe Mai、Amagai Yuta、Lee Young-Ho、Akiyama Shuji、Inaba Kenji
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 29 ページ: 1357~1370.e6

    • DOI

      10.1016/j.str.2021.03.016

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Distinct roles and actions of protein disulfide isomerase family enzymes in catalysis of nascent-chain disulfide bond formation2021

    • 著者名/発表者名
      Hirayama Chihiro、Machida Kodai、Noi Kentaro、Murakawa Tadayoshi、Okumura Masaki、Ogura Teru、Imataka Hiroaki、Inaba Kenji
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 24 ページ: 102296~102296

    • DOI

      10.1016/j.isci.2021.102296

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryo‐EM analysis provides new mechanistic insight into ATP binding to Ca <sup>2+</sup> ‐ATPase SERCA2b2021

    • 著者名/発表者名
      Zhang Yuxia、Watanabe Satoshi、Tsutsumi Akihisa、Kadokura Hiroshi、Kikkawa Masahide、Inaba Kenji
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 40 ページ: e108482

    • DOI

      10.15252/embj.2021108482

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Visualization of structural dynamics of protein disulfide isomerase enzymes in catalysis of oxidative folding and reductive unfolding2021

    • 著者名/発表者名
      Okumura Masaki、Noi Kentaro、Inaba Kenji
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 66 ページ: 49~57

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2020.10.004

    • 査読あり
  • [学会発表] Structural and mechanistic basis of protein quality control systems in the endoplasmic reticulum and Golgi apparatus of human cells2021

    • 著者名/発表者名
      Inaba, K.
    • 学会等名
      UST Global mentoring program meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Observing the cotranslational disulfide rearrangement in a cell surface multidomain protein, LDL receptor, in the ER of mammalian cells2021

    • 著者名/発表者名
      Kadokura, H., Dazai, Y., Fukuda, Y., Hirai, N., Nakamura, O., and Inaba, K.
    • 学会等名
      Functional Disulfides in Health & Disease
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 初期分泌経路における亜鉛イオンに依存したタンパク質品質管理機構の分子構造基盤2021

    • 著者名/発表者名
      稲葉 謙次
    • 学会等名
      第58回日本生化学会北海道支部会
    • 招待講演
  • [学会発表] X線結晶構造解析とクライオ電子顕微鏡単粒子解析がもたらす知見の対比:小胞体カルシウムポンプSERCA2bを例に2021

    • 著者名/発表者名
      稲葉 謙次
    • 学会等名
      第一回生命金属科学地方巡業
    • 招待講演
  • [学会発表] 初期分泌経路における亜鉛イオンに依存したタンパク質品質管理機構の分子構造基盤2021

    • 著者名/発表者名
      稲葉 謙次
    • 学会等名
      学術変革領域B「遅延制御超分子化学」 キックオフシンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 哺乳動物細胞分泌経路における亜鉛調節とタンパク質品質管理2021

    • 著者名/発表者名
      天貝佑太、山田桃、渡邊朝美、小和田俊行、楢本悟史、渡部聡、経塚淳子、Roberto Sitia、水上進、稲葉謙次
    • 学会等名
      第62回 日本植物生理学会年会
  • [学会発表] 亜鉛に依存したERp44-クライアント複合体の解離機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      渡部 聡 三宅杏美子 天貝佑太 稲葉謙次
    • 学会等名
      第21回蛋白質科学会年会
  • [学会発表] 初期分泌経路における亜鉛濃度制御が小胞体―ゴルジ体シャペロンERp44の機能をコントロールする2021

    • 著者名/発表者名
      天貝佑太、山田桃、渡邊朝美、小和田俊行、楢本悟史、渡部聡、経塚淳子、Roberto Sitia、水上進、稲葉謙次
    • 学会等名
      第21回 日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] Mechanisms of ER-associated degradation pathway mediated by the cooperation of ERdj5 and BiP2021

    • 著者名/発表者名
      Cai, X., Ito, S., Noi, K., Inoue, M., Ushioda, R., Nagata, K., and Inaba, K.
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] Elucidating the in vivo oxidative folding mechanism2021

    • 著者名/発表者名
      金村進吾, 奥村正樹, 稲葉謙次
    • 学会等名
      第21回 日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] 細胞内で翻訳合成途上のLDL受容体にジスルフィド結合が形成される仕組み2021

    • 著者名/発表者名
      門倉 広,平井直也,福田 洋,太宰 結,稲葉謙次
    • 学会等名
      第94回日本生化学大会
  • [学会発表] Correlative structural analysis of a full-length cargo receptor ERGIC-53 in complex with its partner MCFD22021

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, S., Kise, Y., Yonezawa, K., Shimizu, N., Nureki, O. and Inaba, K.
    • 学会等名
      第59回生物物理学会年会
  • [学会発表] Cryo-EM analysis provides new mechanistic insight into ATP binding to Ca2+-ATPase SERCA2b2021

    • 著者名/発表者名
      Zhang, Y., Watanabe, S., Tsutsumi, A., Kadokura, H., Kikkawa, M., and Inaba, K.
    • 学会等名
      第59回日本生物物理年会
  • [学会発表] Cryo-EM structure analysis of Secretory Pathway Calcium/Manganese ATPase 1 (SPCA1)2021

    • 著者名/発表者名
      Chen, Z., Watanabe, S., Hashida, H., Inoue, M., Tsutsumi, A., Kikkawa, M. and Inaba, K.
    • 学会等名
      第59回日本生物物理年会
  • [学会発表] ZIP7 regulates the physiological function of ERp442021

    • 著者名/発表者名
      Arai, C., Amagai, Y., Inaba, K.
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 全長カーゴ受容体ERGIC-53と補助因子MCFD2との複合体のクライオ電顕構造2021

    • 著者名/発表者名
      渡部 聡、木瀬孔明、米澤健人、清水伸隆、濡木理、稲葉謙次
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Cryo-EM analysis provides new mechanistic insight into ATP binding to Ca2+-ATPase SERCA2b2021

    • 著者名/発表者名
      Zhang, Y., Watanabe, S., Tsutsumi, A., Kadokura, H., Kikkawa, M., and Inaba, K.
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Mechanisms of ER-associated degradation pathway mediated by the cooperation of ERdj5 and BiP2021

    • 著者名/発表者名
      Cai, X., Ito, S., Noi, K., Inoue, M., Ushioda, R., Nagata, K., and Inaba, K.
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 亜鉛輸送体によって制御されるERp44の小胞体―ゴルジ体輸送2021

    • 著者名/発表者名
      天貝佑太、稲葉謙次
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Cryo-EM structures of human zinc transporter ZNT7 reveal the mechanism of Zn2+ uptake from the cytosol into the Golgi apparatus2021

    • 著者名/発表者名
      Bui, B. H., Watanabe, S., Nomura, N., Iwata, S., Tsutsumi, A., Kikkawa, M., and Inaba K.
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 亜鉛結合性シャペロンERp44-基質複合体の形成・解離機構の解明とクライオ電顕構造2021

    • 著者名/発表者名
      木谷美思、渡部聡、天貝佑太、稲葉謙次
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [学会発表] ヒト細胞小胞体関連機能の変化を検出するための鋭敏で簡便なレポーターの開発と機能評価2021

    • 著者名/発表者名
      原田楠子, 八巻 聡, 平井直也, 中村大祐, 河野憲二, 稲葉謙次, 門倉 広
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Structural analysis of Secretory Pathway Calcium/Manganese ATPase 1 (SPCA1)2021

    • 著者名/発表者名
      Chen, Z., Watanabe, S., Hashida, H., Inoue, M., Tsutsumi, A., Kikkawa, M., and Inaba, K.
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [学会発表] PDIファミリータンパク質PDIRの構造機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      東晃太、松崎元紀、渡部聡、稲葉謙次
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
  • [備考] 稲葉研究室ホームページ

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/inaba/html/

  • [備考] 東北大学生命科学研究科生体分子構造分野

    • URL

      https://www.lifesci.tohoku.ac.jp/research/fields/laboratory.html?id=2524

  • [産業財産権] タンパク質のフォールディング剤2021

    • 発明者名
      奥村 正樹、村岡 貴博、岡田 隼輔、稲葉 謙次、松﨑 元紀
    • 権利者名
      奥村 正樹、村岡 貴博、岡田 隼輔、稲葉 謙次、松﨑 元紀
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2021-033583

URL: 

公開日: 2022-12-28  

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