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2021 年度 実績報告書

生物系アクティブマターの予測と制御を目指した移動現象論の構築

研究課題

研究課題/領域番号 21H04999
研究機関東北大学

研究代表者

石川 拓司  東北大学, 医工学研究科, 教授 (20313728)

研究分担者 菊地 謙次  東北大学, 工学研究科, 准教授 (00553801)
大森 俊宏  東北大学, 工学研究科, 助教 (10633456)
沼山 恵子  東北大学, 医工学研究科, 准教授 (30400287)
研究期間 (年度) 2021-07-05 – 2026-03-31
キーワードアクティブマター / 微生物 / 数理モデル / シミュレーション / 可視化計測
研究実績の概要

本年度は研究の立ち上げを行い、大規模な計算設備と実験設備を入札により導入した。主要な研究実績は以下の通りである。
1.テトラヒメナが背景流れに対して走流性を示すことを世界に先駆けて発見した。この成果は総合誌で世界最高峰のScience Advances誌に掲載され、プレスリリースされた(Ohmura, et al., Science Adv. 2021)。 2.クラミドモナスも走流性を示すことを発見した。実験と理論、数値シミュレーションを融合し、そのメカニズムを解明した(Omori, et al., J. Fluid Mech. 2021)。 3.さまざまな遊泳モードを持つ微生物の2体干渉の解析を行い、干渉運動の相図を作成することで、微生物干渉を体系的に理解した(Darveniza, et al., Phys. Rev. Fluids,2022)。 4.数値解析手法の高度化にも取り組み、汎用性の高い境界要素法と近接場が得意な潤滑理論を融合させたLT-BEMを開発した。(Ishikawa, J. Comp. Phys., 2022)。 5.開発した微生物解析プラットフォームをバイオフィルムの形成過程へと展開した。複雑流路内に形成されるストリーマーの形成過程を細胞スケールから調べ、マクロなレオロジー特性とストリーマー形状との関係を解明した(Kitamura, et al., J. R. Soc. Interface, 2021)。 6.開発した微生物解析プラットフォームを酵母の発酵過程へと展開した。マルチスケール解析プラットフォームを用いて培養時の輸送現象を定量的に解明した。この成果はSoft Matter誌の背表紙を飾り、プレスリリースされた(Srivastava, et al., Roy. Soc. Open Sci., 2021; Soft Matter, 2021)。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

研究開始初年度にもかかわらず、2件のプレスリリースを行った。1つ目はテトラヒメナの走流性に関するものであり、総合誌で世界最高峰のScience Advances誌に掲載された。2つ目は酵母発酵時のブラジルナッツ効果に関するものであり、アクティブマター分野で最高峰のSoft Matter誌の背表紙を飾った。
さらに、次年度以降に取り組む予定であったバイオフィルム研究が予想を上回るペースで進展し、複雑流路内に形成されるストリーマーの形成過程を解明した(Kitamura, et al., J. R. Soc. Interface, 2021)。
また、2022年度に導入予定であった実験設備「4次元ナノイメージングシステム」の入札が間に合ったため、2021年度に導入できた。
以上を鑑み、当初の計画以上に進展していると判断した。

今後の研究の推進方策

次年度は、主に以下の研究課題に取り組む。
1.ナノスケールの分子モーターの駆動力が、ミクロスケールの鞭毛運動を生み出す仕組みを数理モデル化する。そして、鞭毛運動のメカニズムを力学的に解明する。 2.ノード繊毛は、発生初期において体の左右軸を決める重要な役割を果たすが、ノード流れを感知する生物学的機序は分かっていない。ノード繊毛が作る流れと、センサー繊毛が受ける力学的刺激を数値シミュレーションによって定量化し、マウスを用いた動物実験と融合させることで、体の左右軸が決まるメカニズムを解明する。 3.カイメンの実験系を用い、水路網の構造と流れを可視化計測する。実験に対応する数値シミュレーションも行い、襟鞭毛室のポンプ機能を解明する。 4.多細胞動物の起源とされる襟べん毛虫の数理モデルを構築し、数値シミュレーションを行うことで、遊泳能と摂食能を定量的に明らかにする。そして、多細胞化がもたらす利点を、輸送現象論の立場から明らかにする。 5.微生物アクティブマターの数値シミュレーションを行い、細胞群が作り出すメゾスケールの空間構造を調べる。微生物の遊泳モードや数密度をパラメータとして変化させ、凝集や配向、渦構造など違いを体系的に整理する。 6.バイオフィルムなどの微生物が集積した構造に着目し、アクティブマター内の物質輸送現象を数値シミュレーションで調べる。物質拡散テンソルを導出することで、マクロな輸送現象を細胞スケールから理解する。 7.蛍光グルコースを線虫に摂食させる実験系を構築し、腸壁での物質吸収を可視化計測する。腸の蠕動運動に欠陥のあるミュータントと比較することにより、腸運動と物質吸収の関係を定量的に明らかにする。 8.マクロスケールの輸送現象論を気道における物質輸送に適用する。そして、高濃度麻酔ガスを使用する際の適切な換気容積について、臨床および実験で検討する。

  • 研究成果

    (23件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 12件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] University of Cambridge(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      University of Cambridge
  • [国際共同研究] University of Melbourne(オーストラリア)

    • 国名
      オーストラリア
    • 外国機関名
      University of Melbourne
  • [雑誌論文] Lubrication theory and boundary element hybrid method for calculating hydrodynamic forces between particles in near contact2022

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa Takuji
    • 雑誌名

      Journal of Computational Physics

      巻: 452 ページ: 110913~110913

    • DOI

      10.1016/j.jcp.2021.110913

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pairwise scattering and bound states of spherical microorganisms2022

    • 著者名/発表者名
      Darveniza C.、Ishikawa T.、Pedley T. J.、Brumley D. R.
    • 雑誌名

      Physical Review Fluids

      巻: 7 ページ: 013104

    • DOI

      10.1103/PhysRevFluids.7.013104

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Non-biodegradable objects may boost microbial growth in water bodies by harnessing bubbles2021

    • 著者名/発表者名
      Srivastava Atul、Kikuchi Kenji、Ishikawa Takuji
    • 雑誌名

      Royal Society Open Science

      巻: 8 ページ: 210646~210646

    • DOI

      10.1098/rsos.210646

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Near-wall rheotaxis of the ciliate Tetrahymena induced by the kinesthetic sensing of cilia2021

    • 著者名/発表者名
      Ohmura Takuya、Nishigami Yukinori、Taniguchi Atsushi、Nonaka Shigenori、Ishikawa Takuji、Ichikawa Masatoshi
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 ページ: eabi5878

    • DOI

      10.1126/sciadv.abi5878

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Impact of rheological properties on bacterial streamer formation2021

    • 著者名/発表者名
      Kitamura Hiroki、Omori Toshihiro、Ishikawa Takuji
    • 雑誌名

      Journal of The Royal Society Interface

      巻: 18 ページ: 20210546

    • DOI

      10.1098/rsif.2021.0546

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rheotaxis and migration of an unsteady microswimmer2021

    • 著者名/発表者名
      Omori T.、Kikuchi K.、Schmitz M.、Pavlovic M.、Chuang C.-H.、Ishikawa T.
    • 雑誌名

      Journal of Fluid Mechanics

      巻: 930 ページ: A30

    • DOI

      10.1017/jfm.2021.921

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Microbial Brazil nut effect2021

    • 著者名/発表者名
      Srivastava Atul、Kikuchi Kenji、Ishikawa Takuji
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 17 ページ: 10428~10436

    • DOI

      10.1039/d1sm01327k

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 微生物の走性・行動の力学モデル2022

    • 著者名/発表者名
      石川拓司
    • 学会等名
      「ジオラマ環境で覚醒する原生知能を定式化する細胞行動力学」シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Motion of a Soft Dumbbell Microswimmer in Oscillating Shear Flow and Random Linear Flow2021

    • 著者名/発表者名
      A. Doi, T. Omori, T. Ishikawa
    • 学会等名
      18th International Conference on Flow Dynamics
    • 国際学会
  • [学会発表] Mass Transport in a Packed Suspension of Swimming Microorganisms2021

    • 著者名/発表者名
      Y. Kogure, T. Omori, T. Ishikawa
    • 学会等名
      18th International Conference on Flow Dynamics
    • 国際学会
  • [学会発表] Bubble induced Puffing Process of Fermenting Bread Dough2021

    • 著者名/発表者名
      K. Kimura, K. Kikuchi, A. Srivastava, K. Numayama-Tsuruta, T. Ishikawa
    • 学会等名
      18th International Conference on Flow Dynamics
    • 国際学会
  • [学会発表] Sustainable Particle Capture Ability on a Fresh-water Sponge2021

    • 著者名/発表者名
      K. Kawashima, K. Kikuchi, T. Ishikawa
    • 学会等名
      18th International Conference on Flow Dynamics
    • 国際学会
  • [学会発表] Hydrodynamic Interaction of Deformable Micro Swimmers2021

    • 著者名/発表者名
      K. Kubo, T. Omori, T. Ishikawa
    • 学会等名
      18th International Conference on Flow Dynamics
    • 国際学会
  • [学会発表] Computational Biomechanical Model of the Sponge’s Choanocyte Chamber2021

    • 著者名/発表者名
      T. Ogawa, T. Omori, T. Ishikawa
    • 学会等名
      18th International Conference on Flow Dynamics
    • 国際学会
  • [学会発表] Liposomal Drug Carriers through an Extended Skin2021

    • 著者名/発表者名
      J. Huang, K. Kikuchi, K. Numayama-Tsuruta, T. Ishikawa
    • 学会等名
      18th International Conference on Flow Dynamics
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamics of a swimming microorganism suspension2021

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kubo, Toshihiro Omori, Takuji Ishikawa
    • 学会等名
      The 11th Asian-Pacific Conference on Biomechanics
    • 国際学会
  • [学会発表] Numerical simulation of the sponge's choanocyte chamber2021

    • 著者名/発表者名
      Takumi Ogawa, Toshihiro Omori, Takuji Ishikawa
    • 学会等名
      The 11th Asian-Pacific Conference on Biomechanics
    • 国際学会
  • [学会発表] Instantaneous puncture for accurate needle insertion in percutaneous intervention2021

    • 著者名/発表者名
      Kojiro Sugiyama, Kenji Kikuchi, Tomomi Sato, Sota Oguro, Satoru Yanagaki, Kei Takase, Takuji Ishikawa
    • 学会等名
      The 11th Asian-Pacific Conference on Biomechanics
    • 国際学会
  • [学会発表] Numerical analysis of collective swimming of sperm in three dimensions2021

    • 著者名/発表者名
      Nanami TAKETOSHI, Toshihiro OMORI, Takuji ISHIKAWA
    • 学会等名
      The 11th Asian-Pacific Conference on Biomechanics
    • 国際学会
  • [学会発表] Mass transport in an aggregation of swimming microorganisms2021

    • 著者名/発表者名
      Yu Kogure, Toshihiro Omori, Takuji Ishikawa
    • 学会等名
      The 11th Asian-Pacific Conference on Biomechanics
    • 国際学会
  • [備考] Biological Flow Studies Laboratory

    • URL

      http://www.bfsl.mech.tohoku.ac.jp/index_jp.html

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公開日: 2022-12-28  

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