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2023 年度 実績報告書

局所刺激の選択的な応答により不均一運動や形状を遷移させる分子の数理機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K03411
研究機関大阪電気通信大学

研究代表者

柳田 達雄  大阪電気通信大学, 工学部, 教授 (80242262)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワードハミルトンダイナミクス / ホロノミック束縛 / ビーズスプリングモデル / 準平衡状態 / 多時間摂動論 / 遅い緩和 / 動的形態形成 / 分子モデル
研究実績の概要

共有結合・分子結合,分岐やループなどの非一様な結合構造による局所運動が生体高分子の機能に関与している.本研究は,生体高分子を粗視化した力学モデルである質点がバネでつながった系(ビーズスプリングモデル)が創出するダイナミクスを数値および理論的に解明し,機能生成に重要と考えられる不均一運動状態や分子形態形成機構を明らかにすることを目的とした.
(1)ビーズスプリング分子の伸縮振動を与えると,励起モードに応じて分子形態が変化することを数値的に示しDynamical Induced Conformation(動的形態形成)として国際会議等において研究報告をした.特に,同位相で鎖状の分子間の振動を励起すると直線上の形態を保持し,反位相で振動を励起すると屈曲した分子形態が保持されることを分子の屈曲角の対する有効ポテンシャルの変化として理論的に捉え学術雑誌(Physical Review E, 105 (2022))に掲載された.
(2)ビーズスプリング分子の結合バネを剛体棒に置換したモデルは運動にHolonomicな拘束があるため,分子の運動エネルギーが非一様となる.3粒子系の場合にビーズ粒子の運動エネルギーの統計平均を厳密に求め,外側にある粒子と内側にある粒子の運動エネルギーの温度依存性を解析的に示して学術雑誌(Journal of Statistical Physics volume, 190(2023))に掲載された.
(3)多重振り子はHolonomicな拘束をもつ代表的な力学モデルであるとともにそのダイナミクスはカオスを示す典型例でもある.この系でも固定端の振り子よりも末端の振り子の運動エネルギーが過大となるエネルギーの非一様運動を熱平衡における統計平均として解析的に近似解を求め学術雑誌(Physical Review E, 108(2023)に掲載された.

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2023

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Multiple pendulum and nonuniform distribution of average kinetic energy2023

    • 著者名/発表者名
      Konishi Tetsuro、Yanagita Tatsuo
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 108 ページ: 014204--014220

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.108.014204

    • 査読あり
  • [学会発表] Bead-Springモデルにおける動的に誘導された構造の拡散過程への影響2023

    • 著者名/発表者名
      柳田達雄, 小西哲郎,山口義幸, 戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会 第78回年次大会
  • [学会発表] Dynamically induced conformation in beads-spring Hamiltonian system2023

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Yanagita
    • 学会等名
      Dynamics Days Europa 2023
    • 国際学会

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公開日: 2024-12-25  

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