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2023 年度 実績報告書

非平衡下での生体膜の構造形成

研究課題

研究課題/領域番号 21K03481
研究機関東京大学

研究代表者

野口 博司  東京大学, 物性研究所, 准教授 (00514564)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワード曲率誘導タンパク質 / 反応拡散波 / シミュレーション
研究実績の概要

最終年度では、これまでに本研究において構築した理論と実験データを比較することにより、曲率誘導タンパク質ドメイン、N-BAR、I-BARの異方的な曲げ弾性定数、自発曲率を決定した。また、対称性の低い曲率誘導タンパク質の曲げ弾性について、定式化を行い、非対称性の影響を理論的に調べた。また、ポッツ模型を非平衡に拡張し、サイクリックに一様相が入れ変わるモードと螺旋波が起こる条件があることを明らかにした。
研究期間全体を通じて、非平衡下で生体膜がとる形状変化、パターン形成を研究してきた。まず、曲率誘導タンパク質および、その制御因子の膜への吸着、膜上の拡散が引き起こす現象について反応拡散方程式と膜変形をカップルさせた計算を行った。自発的に反応波が生じる条件や刺激を与えた時だけ生じる興奮波の両方について、研究を行い、波によるくびれ形成などの膜変形、逆に、膜変形による波の速度変化や不安定化、分裂など、様々な現象を明らかにした。次に、膜チューブ形成にお
ける曲率誘導タンパク質の天然変性領域の影響を調べた。天然変性領域は、膜に自発曲率を与えるとともに、タンパク質間、および、タンパク質集合体間に斥力を与え、膜チューブ形成を促進するだけでなく、条件によっては抑制することを明らかにした。また、平衡系での曲率誘導タンパク質の吸着と膜変形についての平均場理論の構築も行なった。側方方向に等方的なタンパク質から、BARドメインのように2回回転対称なタンパク質、対称性の低い異方的なタンパク質まで、様々なタイプについて理論を構築し、実験、シミュレーションと良い一致をすることを確認した。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] BarcelonaTech(スペイン)

    • 国名
      スペイン
    • 外国機関名
      BarcelonaTech
  • [国際共同研究] Univ. Paris City(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      Univ. Paris City
  • [雑誌論文] Curvature sensing of curvature-inducing proteins with internal structure2024

    • 著者名/発表者名
      Noguchi Hiroshi
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 109 ページ: 024403/1-10

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.109.024403

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimation of anisotropic bending rigidities and spontaneous curvatures of crescent curvature-inducing proteins from tethered-vesicle experimental data2023

    • 著者名/発表者名
      Noguchi Hiroshi、Walani Nikhil、Arroyo Marino
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 19 ページ: 5300~5310

    • DOI

      10.1039/D3SM00340J

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] サイクリックポッツ模型における時空間パターン2024

    • 著者名/発表者名
      野口博司
    • 学会等名
      日本物理学会 2024 年春季大会
  • [学会発表] Reaction-diffusion dynamics coupled with membrane deformation2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      Mini symposium for self-organization of fluidic systems
    • 国際学会
  • [学会発表] Reaction-Diffusion Dynamics Coupled with Membrane Deformation2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      34th IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2023)
    • 国際学会
  • [学会発表] Reaction-diffusion dynamics in deformable membrane2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      The 7th International Soft Matter Conference (ISMC2023)
    • 国際学会
  • [学会発表] 膜両面への曲率誘導分子の吸着による膜ドメイン形成2023

    • 著者名/発表者名
      野口博司
    • 学会等名
      日本物理学会 第78 回年次大会
  • [学会発表] 曲率誘導タンパク質の吸着による生体膜のパターン形成2023

    • 著者名/発表者名
      野口博司
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 16.0
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子シミュレーションにおける自由エネル ギー計算手法の再重プロセスの高次内挿による改良2023

    • 著者名/発表者名
      冨山翔平, 樋口祐次, 野口博司
    • 学会等名
      第37回分子シミュレーション討論会
  • [備考]

    • URL

      https://noguchi.issp.u-tokyo.ac.jp

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公開日: 2024-12-25  

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