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2022 年度 実施状況報告書

統計学的解析によるXFELバイオナノイメージングの深化

研究課題

研究課題/領域番号 21K03497
研究機関公益財団法人高輝度光科学研究センター

研究代表者

城地 保昌  公益財団法人高輝度光科学研究センター, XFEL利用研究推進室, 主幹研究員 (30360415)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワードコヒーレント回折イメージング / X線レーザー / 生物物理 / 位相回復 / 実験データ解析 / ノイズ除去
研究実績の概要

生命現象を理解するには、構成要素である生体ナノ粒子が機能を発現している状態の過渡的な瞬間構造を捉えることが不可欠であり、超短パルスのXFELを利用したコヒーレント回折イメージング(CDI)は、そのポテンシャルをもつ。その実現のためには、試料以外からの背景散乱、ノイズ、検出器の不感領域等が含まれる実験データから確からしい試料の電子密度を再生する位相回復法の開発と、その信頼度の定量化が希求される。本研究では、これまで培ってきたCDIデータ解析技術を発展させ、統計学的観点の工夫を取り入れることで、次の2つのデータ解析手法開発を行う。
(A) ベイズ推定に基づく背景散乱除去付位相回復法
(B) イメージ画素毎に解析結果の信頼度を定量化する確率的電子密度解析法
令和4年度は、令和3年度に開発した(A)の手法を、検出ノイズおよび背景散乱レベルを変えて計算した70Sリボソームの回折パターンに対して実行し、その適用範囲を調べた。現状のX線自由電子イレーザー施設SACLAで研究代表者等が行っている利用実験のS/N比が当初想定よりかなり低く、(A)の手法の適用範囲外であった。現状のSACLAの測定条件に対応する非常にS/N比の低い回折パターンから確度の高い位相回復を行うための手法を検討中である。
並行して、(A)の手法の適用範囲内である回折パターンについて、(B)の解析法開発を開始した。具体的には初期乱数を変えて(A)の手法を適用した結果を統計的に解析し、画素毎の信頼度を定量化する検討を行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初計画通りの手法開発が進んでいる。一方で、ターゲットにしていた実験の測定条件が、開発した手法の適用範囲外であることが判明したため、新たな手法開発の検討を行っている。

今後の研究の推進方策

当初計画通りの手法開発を進めるとともに、実際の実験条件に対応するための検討を行う。

次年度使用額が生じた理由

当初予定の旅費を使用しなかったため、次年度使用額が生じた。
次年度使用額は、成果発表を効果的に行うために使用する。その他は当初計画通りに使用する。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2022

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (1件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Femtosecond X-ray Laser Reveals Intact Sea-Island Structures of Metastable Solid-State Electrolytes for Batteries2022

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Akihiro、Tanaka Hiromochi、Yamashige Hisao、Orikasa Yuki、Niida Yoshiya、Kimura Takashi、Tono Kensuke、Yabashi Makina、Ishikawa Tetsuya、Bessho Yoshitaka、Joti Yasumasa、Nishino Yoshinori
    • 雑誌名

      Nano Letters

      巻: 22 ページ: 4603~4607

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.1c04392

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Three-dimensional structure determination of gold nanotriangles in solution using X-ray free-electron laser single-particle analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Nakano Miki、Miyashita Osamu、Joti Yasumasa、Suzuki Akihiro、Mitomo Hideyuki、Niida Yoshiya、Yang Ying、Yumoto Hirokatsu、Koyama Takahisa、Tono Kensuke、Ohashi Haruhiko、Yabashi Makina、Ishikawa Tetsuya、Bessho Yoshitaka、Ijiro Kuniharu、Nishino Yoshinori、Tama Florence
    • 雑誌名

      Optica

      巻: 9 ページ: 776~784

    • DOI

      10.1364/OPTICA.457352

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] High-fluence and high-gain multilayer focusing optics to enhance spatial resolution in femtosecond X-ray laser imaging2022

    • 著者名/発表者名
      Yumoto Hirokatsu、Koyama Takahisa、Suzuki Akihiro、Joti Yasumasa、Niida Yoshiya、Tono Kensuke、Bessho Yoshitaka、Yabashi Makina、Nishino Yoshinori、Ohashi Haruhiko
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 5300

    • DOI

      10.1038/s41467-022-33014-4

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] X線自由電子レーザーによる分子レベルイメージングの実現に向けて2022

    • 著者名/発表者名
      城地保昌
    • 学会等名
      第36回分子シミュレーション討論会
    • 招待講演

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公開日: 2023-12-25  

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