| 研究課題/領域番号 |
21K05634
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| 研究機関 | 山梨大学 |
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研究代表者 |
角田 恒雄 山梨大学, 大学院総合研究部, 特任助教 (80446575)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| キーワード | 古代DNA / 生物多様性保全 / 海生哺乳類 |
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| 研究実績の概要 |
本研究では沖縄県の各遺跡から出土する古代骨試料ならびに、県下の博物館・資料館に保管されている近現代の骨標本から遺伝情報を獲得して現生ジュゴンの全ゲノム配列をリファレンスデータとして活用し、本種の遺伝的変遷の解析を進めることを目的としている。昨年度はこれまでに入手し抽出済みであった遺跡ジュゴンの全DNAとともに、新規のジュゴン遺跡骨を入手し、実験に加える予定であったが、続くコロナ禍の影響から現地にサンプリング出向くことが叶わず、手持ちのDNA試料を対象に研究を進めた。これまでの実験から、ショットガン・シークエンスでは対象とするミトコンドリアDNA由来の配列は得られるものの、先の分析を進めるほどの情報量が得られないことが判明していたため、Maricic et al.（2010）の手法等に従い、調整後のDNAライブラリの濃縮を２度行いNGS分析を行ったが、ライブラリの再度の濃縮でも回収されたDNA量は極めて少なかったことにより、詳細な分析まで行えていない。DNAライブラリの濃縮には、上述の自作のベイト（DNAライブラリを回収・濃縮するプローブ）を使用する以外に、すでに発表された動物種のDNA情報をベイトに使用するキットがarbor bioscienes社で開発されているため、選択できる動物種の中ではジュゴンと近縁であるアフリカゾウのベイトを使用し、現在、対象DNAの濃縮と分析を進めている。
また、リファレンスデータに用いるジュゴン全ゲノム決定に関しては、2022年度の文科省科研費助成事業・先進ゲノム支援へ新規ゲノムの配列の決定、解析結果のアセンブルに関する情報解析の申請を行なったが当該年度も不採択であったため、現在、北海道システム・サイエンス社等に受託解析の依頼のため、ライブラリ試料の作成を進めており、本年度内での研究の推進を図る。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
4: 遅れている
理由
これまでの実験から、入手しているDNA試料中に対象動物の古代DNAが存在はしているが極めて微量ということが判明しており、現在の試料の分析とともに、より良好な古代DNAの抽出が可能と思われる試料の採取を行う予定であったが、続くコロナ禍の影響で現地に新規試料入手のため伺えなかったことが一つの大きな原因と考える。またこれまで行ってきたDNAの濃縮方法が効率的でなかった可能性もあり、現在arbor bioscienes社のキットを用いた手法を実践して作業を進めている。また全ゲノム解析では、2022年度の先進ゲノム支援に申請を行なったが不採択の結果となり、現在、北海道システム・サイエンス社などへのシーケンス受託解析を進めるため、ライブラリの作成を進めている。
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| 今後の研究の推進方策 |
まずは現在入手しているDNA試料の再分析に加え、より古代DNAの残存している可能性が高い遺跡試料へのアクセスを行う。具体的には沖縄本島中部西海岸の遺跡から見つかった骨資料の状態が良いことが判っており、現地の研究協力者とサンプリングに関する交渉を行っているため、綿密な相談を行い、可能な限り迅速に多くの分析試料数の確保を行う。加えて現在入手している試料の再解析にはarbor bioscienes社のDNA濃縮キットを活用し、効率が上がらない際には、国内でキットの販売・サポートを行なっているプライムテック社に効率化アップの支援を依頼する。
全ゲノム分析に関しては、令和４年度に予定していた出張や分析ができなかった際に生じた予算の多くを民間の受託解析に回し、得られるゲノムデータの分析に関しては、研究協力者の神澤秀明氏（国立科学博物館）とともに相談・分析を進める。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
本研究を進める上で最も重要である保存状態が良好なDNA試料の確保が、令和３年度に続き数年に渡って落ち着かないコロナ禍のため一度も現地へのサンプリングが行えず、出張費は全て繰越となった。また新たな試料の入手も叶わなかったため、結果的に新規試料を分析するための実験が進められなかったことにより、試薬の購入費用などが大幅に抑えられた結果である。一方で全ゲノム分析において、科学研究費最終年度での先進ゲノム支援への申請は行うことができないが、民間企業による受託解析の資金が得られた結果となったため、次年度費用の大部分を全ゲノム分析に当てることを予定している。
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