| 研究課題/領域番号 |
21K07017
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| 研究機関 | 国立感染症研究所 |
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研究代表者 |
李 謙一 国立感染症研究所, 細菌第一部, 主任研究官 (80721711)
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| 研究分担者 |
伊豫田 淳 国立感染症研究所, 細菌第一部, 室長 (70300928)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| キーワード | 腸管出血性大腸菌 / メタゲノム解析 / 志賀毒素 |
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| 研究実績の概要 |
腸管出血性大腸菌（EHEC）の集団感染例から得られた検体について、QIAseq FX DNA Library Preparation Kitを用いたライブラリー調整後、ショットガンメタゲノム解析を行い、菌属レベルで菌叢の比較を行った。その結果、EHECが分離されたサンプルで有意に存在比が低い属は存在しなかったが、有意に存在比が高い属が存在することが明らかとなった。今後、解析事例数を増やすとともに、種レベルで解析を行い、EHEC感染者または重症者に特徴的に存在する、あるいは存在しない菌種を同定する予定である。また、16S rRNA遺伝子の全長をPCR増幅後、Oxford Nanoporeシークエンサーを用いロングシークエンスによって全長メタ16S解析を行う体制をセットアップし、ショットガンメタゲノム解析を行ったサンプルの解析を行った。今後、両者の結果を比較解析し、解析プログラムの最適化を行う予定である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
重症例サンプルについては継続的に収集されている。集団感染サンプルについても新たに入手したため、より体系的な解析が可能となった。
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| 今後の研究の推進方策 |
ショットガンメタゲノム解析についてはプログラムの自動化を進める。迅速・簡易な検査法として全長メタ16S解析を行う体制を確立する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
他サンプルと合同でシークエンスを行うことで、費用を圧縮することが可能であった。
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