| 研究課題/領域番号 |
21K07747
|
|---|
| 研究機関 | 岐阜大学 |
|---|
研究代表者 |
寺田 知新 岐阜大学, 医学部, 教授 (30345780)
|
|---|
| 研究分担者 |
富田 美穂子 日本体育大学, 保健医療学部, 期限付一般研究員 (00366329)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
|
| キーワード | マスト細胞 / 加重遺伝子共発現ネットワーク分析 / GO解析 / pathway解析 / hub genes |
|---|
| 研究実績の概要 |
本年度は、前年度に加重遺伝子共発現ネットワーク分析（WGCNA）を用いて得られたマスト細胞の
1. 無刺激群とDNA-IgE感作群において上位のMS（module significance）値を持つyellow、brown、magenta、redの4つのモジュールおよび
2. DNA-IgE感作群とDNA-IgE感作+DNA-BSA刺激群において上位のMS値を持つturquoise、yellow、blue moduleの3つのモジュールについてさらに解析を行った。まず、BIND、BioGRID、CORUM、DIP、HPRD、InnateDB、IntAct、MatrixDB、MINT、MPact、MPIDB、MPPIなどの主要なPPIデータベースを集約したiRefIndexデータとBioPlex2.0データなどを統合して、合計で22,616のノードと515,015のエッジで構成されるヒト全PPI（protein-protein interaction）ネットワークを構築した。これに各モジュールの遺伝子をマッピングして、各々のモジュールのPPIネットワークを構築した。また、PPIネットワークとして各々のモジュールの最大連結成分を抽出した。さらに密に接続されたPPIクラスターを同定するためにCytoscapeのアプリであるMCODEを使用して解析し、1. yellow、brown、magenta、red モジュールについて各々15、21、1、3つのPPIクラスターを検出し、2. turquoise、yellow、blue モジュールについては各々38、34、15のPPIクラスターを同定した。また、これらのクラスターについてReactome pathway解析を行った。高いスコアを持つクラスターについては、細胞周期やミトコンドリアの翻訳、mRNAのスプライシングなどに関与するパスウェイをいくつか同定した。さらにCytoHubbaを用いて、他の遺伝子と高度に連結したハブ遺伝子の同定を行い、接続数の多いハブ遺伝子の候補となる複数の遺伝子を同定した。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
前年度の遅れを取り戻し、概ね計画通りに研究が進展している。
|
| 今後の研究の推進方策 |
GWASのアレルギー疾患に関与する遺伝子や進化に関与する遺伝子（positive selection, gene HAR）などが、我々が同定したどのPPIクラスターに濃縮されているかを検討し、重要なpathwayやハブ遺伝子を絞り込み、確定する。
|
| 次年度使用額が生じた理由 |
理由：購入を予定していた試薬や物品について、こちらが予定していたよりも安く買えたため。
使用計画：次年度の物品や試薬の購入に支出する。
|
