B型肝細胞癌ドライバー変異の高感度検出系の開発およびPRSモデルの構築

2023 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 21K07997
• 研究機関: 東京医科歯科大学
• 研究代表者: 西田 奈央 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授 (50456109)
• 研究分担者: 大橋 順 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80301141) ; 吉住 朋晴 九州大学, 医学研究院, 教授 (80363373)
• 研究期間 (年度): 2021-04-01 – 2024-03-31
• キーワード: ターゲットキャプチャーシークエンス / hepatocellular carcinoma / hepatitis B virus

研究実績の概要

ターゲットキャプチャーシークエンスによりホストやウイルスの変異を高感度に検出する実験プロトコルおよび解析パイプラインを構築した。肝がん組織からQualityの高いDNAおよびRNAを抽出するための凍結組織試料の作成方法を確立し、研究期間中に200症例を超える肝がん患者の肝がん組織を収集した。また、がんの変異検出を目的とした解析パイプラインの感度と特異度を評価し、適切なパラメータを決定した。
200症例を超える肝がん組織由来DNAを対象としてターゲットキャプチャーシークエンスを実施し、がん変異を検出する解析パイプラインのデバック作業を進め、がん変異解析を実施した。これまでのWGS研究ではHBVのTERT遺伝子への挿入は15.9%のサンプルで検出されたという報告があったが、この研究では46.2%のサンプルで検出されることを明らかとした。
さらに本研究では、従来の解析では見逃されている低頻度変異を検出することを目的として、解析パイプラインの改良を行った。同一の症例由来のがん部DNAと非がん部DNAを混合比を変えて希釈することで低頻度の変異を有する肝がん組織サンプルを人工的に作成した。これらのサンプルを対象としたターゲットキャプチャーシークエンスデータを用いて、低頻度の体細胞変異の検出に適したパラメータを有する解析パイプラインへの改良を行った。200症例を超える肝がん患者のがん組織のターゲットキャプチャーシークエンスデータを用いて、低頻度変異と通常の解析で検出される変異の比較を現在実施中である。

研究成果

• [雑誌論文] Prediction Model with HLA-A*33:03 Reveals Number of Days to Develop Liver Cancer from Blood Test (2023)
  • 著者名/発表者名: Nishida N, Ohashi J, Suda G, Chiyoda T, Tamaki N, Tomiyama T, Ogasawara S, Sugiyama M, Kawai Y, Khor SS, Nagasaki M, Fujimoto A, Tsuchiura T, Ishikawa M, Matsuda K, Yano H, Yoshizumi T, Izumi N, Hasegawa K, Sakamoto N, Mizokami M, Tokunaga K.
  • 雑誌名: Int J Mol Sci 巻: 24 ページ: 4761
  • DOI: 10.3390/ijms24054761
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] ゲノム解析が明らかにするB型肝炎由来肝がんのメカニズム (2023)
  • 著者名/発表者名: 西田奈央
  • 学会等名: 『第21回 ゲノム医科学とバイオインフォマティクスの接点と集学研究』 “21st Front edge and fusion of genomic medicine and bioinformatics”
  • 招待講演
• [学会発表] Prediction model with HLA-A*33:03 reveals number of days for liver carcinogenesis (2023)
  • 著者名/発表者名: Nao Nishida, Jun Ohashi, Yosuke Kawai, Takayo Tsuchiura, Miyuki Ishikawa, Katsushi Tokunaga
  • 学会等名: 68th Annual Meeting of the Japan Society of Human Genetics (JSHG)
  • 国際学会