研究課題
本研究の目的は、上咽頭癌組織・EBV陽性/陰性上咽頭癌細胞株のDNAメチル化状態とEBV遺伝子発現レベルの解析を行い、EBV関連胃癌のデータと比較し上咽頭癌のメチル化標的遺伝子を明らかにすることである。そして、細胞株を用いたEBV感染モデルのDNAメチル化パターンの変化と遺伝子発現への影響を評価する。次にLMP1など個々のEBV遺伝子が発現するとメチル化が誘導されるのか、どのような機序で誘導されるのか検討する。最後に新規化合物のポリアミド 薬剤を用いメチル化標的遺伝子を活性化させ腫瘍形成能を評価する。発癌に影響を与えるのは、どのメチル化標的遺伝子が重要なのか比較し、治療への応用に向け検討を重ねる。本年は、上咽頭癌組織およびEBV陽性/陰性上咽頭癌細胞株のDNAメチル化状態とEBV遺伝子発現レベルを解析した。解析結果は既に解析済みのEBV関連胃癌のデータと比較し、上咽頭癌のメチル化標的遺伝子の抽出を行った。上咽頭癌組織が51サンプル、コントロールの正常上咽頭組織52サンプルを解析した。Infinium 850Kビーズアレイ、パイロシークエンサー解析にて、標的遺伝子メチル化を検証し、宿主・EBV 遺伝子発現レベルをRNA-seqで解析した。これらのデータ取得後に、EBV感染の有無とEBV遺伝子発現レベルで層別化し、クラスター解析を行うとともに、EBV陽性胃癌８例のデータと照合し特異的標的遺伝子を抽出した。具体的にはDerlin-3(DERL3)という遺伝子が上咽頭癌のメチル化遺伝子として抽出された。
2: おおむね順調に進展している
当初の予定通り、Infiniumビーズアレイ、パイロシークエンス、RNA-seqのデータ解析が順調に終了し、有意なデータをいくつか抽出できたため。
今後は、上咽頭癌細胞株および他のEBV関連腫瘍の細胞株を用いたEBV感染モデルのDNAメチル化パターンの変化と遺伝子発現への影響を評価する。EBV陰性上咽頭癌細胞株HK-1, EBV陰性上咽頭上皮細胞株NP69、NP460、リコンビナントEBVのAkata-EBV を感染させ、経時的に核酸を抽出し評価する。更にEBV感染胃癌細胞株とのデータと比較する。
当初の予定していたInfiniumビーズアレイ、パイロシークエンス、RNA-seqのデータ解析の大部分を公共データベースのデータを利用することができたため、物品費がかからず、その分を次年度に繰越しさらなる解析を予定したため今年度は当初の予定額より低い額となった。
すべて 2021
すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)
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