| 研究課題/領域番号 |
21K10523
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| 研究機関 | 鳥取大学 |
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研究代表者 |
中川 真由美 鳥取大学, 医学部, 准教授 (00243410)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| キーワード | HRM法 / トリアレルSNP |
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| 研究実績の概要 |
法医学分野でしばしば行われるDNA鑑定は、変性した微量の試料を対象とすることがある。DNA鑑定で用いられるSTR（Short Tandem Repeat）は100-450bpくらいの長さで、VNTR（Variable number of tandem repeat）に比べると、短く断片化された試料でも解析に適している。しかし、変性がひどいDNAでは再現性のある結果が得られにくい。これに対しSNP（Single Nucleotide Polymorphism：一塩基多型）は多型性は低いもののゲノム上に非常に多く存在し、短い断片でも解析が可能で変性試料にも有用性が高い。SNPはほとんどがバイアレルであるが、本研究では識別能がより高いトリアレルSNPを対象として、HRM法を用いた簡便で迅速な解析システムの確立を目指している。
令和3年度には、本研究で解析対象とするトリアレルSNP多型部位として、データベースなどから日本人を中心とした東アジア集団においてマイナーアレルの頻度が高い部位10か所程度を選択した。その後それらの多型部位についてAPLP法やシークエンス法など他法を用いた日本人DNAのタイピングを進めた。タイピング結果やデータベースの結果などからマイナーアレルの頻度が10％を超えると思われるSNPについて、HRM法による解析の条件を整え適用を進めている。しかし、令和4年度から、HRM解析に用いるリアルタイムPCR装置の作動に問題があり、確認に時間を要し作業が遅れている。令和4年度末から5年度始めにかけてPCR装置の修理で研究が進まず、自身の健康上の問題もあり、研究が全般的に遅れている。令和6年度にその後れを取り戻すよう研究を進めたいと考えている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
4: 遅れている
理由
令和3年度は新型コロナウイルス感染症流行により教育やその他のことに時間を要し、研究時間の確保が難しかった。令和4年度から5年度はHRM解析に用いるリアルタイムPCR装置の故障、研究者自身の健康問題などもあり研究が進めにくい時期があった。以上のような要因で研究当初から全般的に遅れている。
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| 今後の研究の推進方策 |
新型コロナウイルス感染症も5類に移行され、対応に追われる可能性も低くなった。自身の健康問題なども落ち着いてきた。今までの研究に引き続き、解析候補のトリアレルSNP部位について、APLP法やシークエンス解析など他法での確認と、HRM解析への適用を試み、また日本人サンプルやアジア人サンプルの解析を行いたいと思う。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
本研究の開始時期には新型コロナウイルス感染症が流行しそれに関連して研究時間の確保が難しく研究が遅れていたところに、HRM解析に用いるリアルタイムPCR装置の故障、自身の健康上の問題が重なり、実験が思うように進まず、当初の予定期間には研究が終わらなかった。令和6年度は、解析部位として選択したトリアレルSNP部位のHRM解析への適用をすすめていきたいと思う。
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