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2022 年度 実施状況報告書

ゲノミクス系統地理情報を基にした淡水魚類の保全戦略マップの作成

研究課題

研究課題/領域番号 21K14869
研究機関滋賀県立琵琶湖博物館

研究代表者

田畑 諒一  滋賀県立琵琶湖博物館, 研究部, 学芸員 (00793308)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワード淡水魚 / MIG-seq / mtDNA / 系統地理 / 遺伝的集団構造 / 日本 / 東アジア
研究実績の概要

本研究では、ゲノムワイドな核DNA情報を用いて、日本を中心とした東アジア地域の淡水魚類の多数種を対象にした遺伝的集団構造の把握と保全戦略の策定を検討する。種内における遺伝的に固有な地域集団(遺伝的集団)を把握することは、生物多様性の保全や生物資源の管理には必要不可欠である。申請者はこれまでミトコンドリアDNA (mtDNA)を用いた琵琶湖産魚類を中心とした淡水魚の系統解析や遺伝的集団構造把握、進化生物学的研究を行い、その中で比較のために用いた核ゲノム解析から複数の種における核ゲノムとmtDNAによる遺伝的集団構造での不一致を見出してきた。これまで多くの生物でmtDNAによる分析が行われてきた。そのため、現在、各地で行われている生息域外保全、系統保存がそのデータに基づいており、申請者が見出してきたmtDNAと核ゲノムの不一致から考えれば、地域集団の、ひいては種の絶滅を防ぐためには、核ゲノムデータを用いた真の遺伝的集団構造も加味した保全戦略を策定することが緊急の課題となっている。
本年度は、昨年度実施した種の補完的な実験に加えて、新たに複数の種類についてMIG-seq法を用いた系統地理解析および集団遺伝分析を行った。その中には水族館等で継代飼育している個体群の素性が本当に正しいのか、また今後個体群の入れ替えを行う際に元の個体群がきちんと管理されていた個体群(交雑個体が入っていない個体群)かを確かめたものもある。一部種群では、解析が概ね終了したため、順次成果公表に向けての準備に入っている。また、イワナについては、国際学術誌に論文が公表された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

本年度も順次実験を進めてきたが、新型コロナウイルス感染症の保健所応援に派遣されたり、所属の博物館の水族展示室の大型水槽破損事故が起き、その対応にあたっている等、当初計画の目標よりも実験種数が少なくなっている。

今後の研究の推進方策

引き続き分析予定の種群について、分析を進めていく。分析に着手していない種についても、分析試料やDNA試料は概ね揃っているものが多いため、分析に着手していく時間さえ確保できれば、挽回は可能と思われる。また実験補助員の確保により、実験を進めていく。

次年度使用額が生じた理由

新型コロナウイルス感染症による移動制限のため、旅費の使用がほとんどなかった。また、コロナウイルス対策のため保健所への応援業務に派遣されたり、所属の博物館の水族展示室の大型水槽破損対応の陣頭指揮に当たっていたため、研究計画が予定通り進まなかった。さらに、分析の委託回数をできるだけまとめるため、次年度に計画を先送りした。次年度は順次分析委託するため、サンプル準備のための消耗品購入、委託費が増えると予想される。また、実験補助員に実験や解析の依頼をするため、人件費・謝金も増加する。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (1件) 学会発表 (4件)

  • [国際共同研究] 韓国国立洛東江生物資源館(韓国)

    • 国名
      韓国
    • 外国機関名
      韓国国立洛東江生物資源館
  • [雑誌論文] Phylogeography of a salmonid fish, white-spotted charr (<i>Salvelinus leucomaenis</i>), in a historically non-glaciated region in the northwestern North Pacific2023

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Shoichiro、Morita Kentaro、Kitano Satoshi、Tabata Ryoichi、Watanabe Katsutoshi、Maekawa Koji
    • 雑誌名

      Biological Journal of the Linnean Society

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1093/biolinnean/blad002

  • [学会発表] 分布重複域におけるニゴイとコウライニゴイの遺伝的隔離と遺伝子流動2022

    • 著者名/発表者名
      田畑諒一・福家悠介・川瀬成吾・KIMSang-Ki・佐々木 剛・富永浩史・中島 淳・半澤直人・日比野友亮・渡辺勝敏
    • 学会等名
      日本魚類学会
  • [学会発表] MIG-seq 法を用いた琵琶湖周辺のシマドジョウ属の遺伝的特性および集団構造の解析2022

    • 著者名/発表者名
      三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・北川忠生・渡辺勝敏
    • 学会等名
      日本魚類学会
  • [学会発表] 日本に広域分布するコイ科魚類3種の比較系統地理と遺伝子流動パターン2022

    • 著者名/発表者名
      アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏
    • 学会等名
      日本魚類学会
  • [学会発表] オウミヨシノボリは交雑起源2022

    • 著者名/発表者名
      国松翔太・山﨑 曜・田畑諒一・渡辺勝敏
    • 学会等名
      日本魚類学会

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公開日: 2023-12-25  

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