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舞鶴湾に400 m間隔に設置された100定点それぞれの表層・中層・底層からの環境DNAサンプルを用いて、マアジとカタクチイワシのミトコンドリアの短鎖、長鎖、核領域（ITS1）の3つのマーカーそれぞれに関して、リアルタイム定量PCRを行った。
マアジの短鎖eDNA濃度は、西湾では表層、東湾では底層が高く、カタクチイワシでは、全湾において表層が多かった。これらの特徴的な鉛直分布は、魚群探知機で推定される両種のそれとよく一致した。また、東湾のみのデータとを比較すると魚群探知機と正の相関を示した。さらに、eDNAを検出するマーカーの違いによって、分布や濃度の違いが全く異なることが示された。
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