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2023 年度 実績報告書

重水素化支援中性子小角散乱と超遠心分析の複合解析による時計蛋白質複合体の構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 21K15051
研究機関京都大学

研究代表者

守島 健  京都大学, 複合原子力科学研究所, 助教 (40812087)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワード時計タンパク質 / X線小角散乱 / 中性子小角散乱 / 超遠心分析 / AUC-SAS
研究実績の概要

シアノバクテリアの時計蛋白質(KaiA, KaiB, KaiC)による概日振動の制御機構を理解するためには、これらの蛋白質が形成する複合体の構造と動態を明らかにする必要である。本研究では特にKaiCのリン酸化を促すKaiA-KaiC複合体(AC複合体)の形成挙動とその構造を解明することを目的とした。初年度(R3年度)には、超遠心分析(AUC)によって溶液中のKaiA-KaiC解離会合挙動を詳細に調べることで、KaiCのリン酸化状態に依存した結合挙動を解明した。溶液中では遊離KaiA、遊離KaiC、AC複合体、凝集体が共存する多成分系であることが判明した。そこで、AUCによって得られる各成分の存在比率を用いてX線及び中性子小角散乱(SAXS及びSANS、総称してSAS)の実験データを成分分離し、AC複合体の散乱プロファイルのみを抽出する戦略をとった。R4年度終了時点までに、AUC-SAXSによってAC複合体の全体構造に相当する散乱プロファイルを得ることに成功した。さらに詳細な溶液構造解析に向けて、重水素化ラベル試料を用いたコントラスト同調(CM)及びコントラスト変調(CV)-SANS実験の予備検討に着手していた。最終年度(R5年度)にはこの検討結果をもとに、東海村のJRR-3に設置のSANS-U, SANS-J及びフランスのラウエランジュバン研究所 (ILL)に設置のD22を用いてCM-SANS及びCV-SANSを行い、AC複合体中のKaiA及びKaiC部分構造に相当する散乱プロファイルを得た。得られた散乱プロファイルと計算機シミュレーションを組み合わせることで、溶液中のAC複合体におけるKaiAとKaiCの相対配置とそのゆらぎを評価することができた。

  • 研究成果

    (33件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (28件) (うち国際学会 4件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] ラウエ-ランジュバン研究所(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      ラウエ-ランジュバン研究所
  • [雑誌論文] Structural and Dynamic Changes of Nucleosome upon GATA3 Binding2023

    • 著者名/発表者名
      Ishida Hisashi、Matsumoto Atsushi、Tanaka Hiroki、Okuda Aya、Morishima Ken、Wade Paul A.、Kurumizaka Hitoshi、Sugiyama Masaaki、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 435 ページ: 168308~168308

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2023.168308

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Characterization of K-binding factor involved in water-soluble complex of menaquinone-7 produced by <i>Bacillus subtilis natto</i>2023

    • 著者名/発表者名
      Chatake Toshiyuki、Yanagisawa Yasuhide、Murakami Risa、Ohsugi Tadanori、Sumi Hiroyuki、Takata Takumi、Okuda Aya、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 174 ページ: 383~389

    • DOI

      10.1093/jb/mvad051

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Derivation of the small-angle scattering profile of a target biomacromolecule from a profile deteriorated by aggregates. AUC?SAS2023

    • 著者名/発表者名
      Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki
    • 雑誌名

      Journal of Applied Crystallography

      巻: 56 ページ: 624~632

    • DOI

      10.1107/S1600576723002406

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] X線/中性子散乱によるマルチドメインタンパク質Hefの構造/ダイナミクス研究2024

    • 著者名/発表者名
      小田隆、井上倫太郎、守島健、會澤直樹、富永大輝、中川洋、大井里香、石野園子、石野良純、奥 隆之、佐藤 衛、杉山正明
    • 学会等名
      2023年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] 統合解析によるシアノバクテリア概日時計の振動システムの研究2024

    • 著者名/発表者名
      杉山正明、守島健、柚木康弘、佐藤信浩、井上倫太郎
    • 学会等名
      2023年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] 小角散乱測定と分子動力学計算による天然変性タンパク質の局所構造解析2024

    • 著者名/発表者名
      清水将裕、守島健、井上倫太郎、西山晃史、松本壮吉、杉山正明
    • 学会等名
      2023年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] 超遠心分析と小角散乱を用いた時計タンパク質複合体の溶液構造解析2024

    • 著者名/発表者名
      守島健、清水将裕、柚木康弘、坂本璃月、井上倫太郎、杉山正明
    • 学会等名
      2023年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] 超遠心分析と小角散乱を用いた時計タンパク質複合体の溶液構造解析2024

    • 著者名/発表者名
      守島健、清水将裕、柚木康弘、Lionel Porcar、Anne Martel、井上倫太郎、杉山正明
    • 学会等名
      第58回京都大学複合原子力科学研究所学術講演会
  • [学会発表] 超好熱性古細菌由来天然変性タンパク質の高温下でのコンパクト化2024

    • 著者名/発表者名
      小田隆、井上倫太郎、富永大輝、中川洋、守島健、岩瀬裕希、小沼剛、池上貴久、石野園子、石野良純、奥隆之、佐藤衛、杉山正明
    • 学会等名
      第58回京都大学複合原子力科学研究所学術講演会
  • [学会発表] 統合的溶液散乱測定によるマルチドメインタンパク質の溶液構造及びダイナミクス解析2024

    • 著者名/発表者名
      會澤直樹、小田隆、守島健、清水将裕、奥田綾、井上倫太郎、杉山正明
    • 学会等名
      第58回京都大学複合原子力科学研究所学術講演会
  • [学会発表] 納豆菌由来水溶性ビタミンK2の研究2024

    • 著者名/発表者名
      茶竹俊行、柳澤泰任、髙田匠、奥田綾、守島健、井上倫太郎、杉山正明
    • 学会等名
      第58回京都大学複合原子力科学研究所学術講演会
  • [学会発表] Analysis of flexible structure of multi-domain protein by SANS using segment deuteration technique.2023

    • 著者名/発表者名
      T. Oda, R. Inoue, K. Morishima, R. Oi, Y. Ishino, M. Sato, M. Sugiyama
    • 学会等名
      26th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography - IUCr 2023
    • 国際学会
  • [学会発表] Oscillation system of cyanobacterial circadian clock system revealed by an integral approach with SAXS, SANS and AUC.2023

    • 著者名/発表者名
      M. Sugiyama, K. Morishima, Y. Yunoki, R. Inoue, N. Sato, H. Yagi, K. Kato
    • 学会等名
      26th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography - IUCr 2023
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural analysis of clock protein complex in solution by the integrated approach with analytical ultracentrifugation and small-angle scattering2023

    • 著者名/発表者名
      K. Morishima, Y. Yunoki, M. Shimizu, N. Sato, R. Inoue, H. Yagi, K. Kato, M. Sugiyama
    • 学会等名
      26th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography - IUCr 2023
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamics of multi-domain protein2023

    • 著者名/発表者名
      R. Inoue, T. Oda, K. Morishima, T. Tominaga, H. Nakagawa, N. Aizawa, Y. Kawakita, M. Sato, M. Sugiyama
    • 学会等名
      8th International Symposium of Quantum Beam Science (ISQBS2023)
    • 国際学会
  • [学会発表] ラボ光源を用いたSAXSとAUC-SAXSについて2023

    • 著者名/発表者名
      守島健、井上倫太郎、杉山正明
    • 学会等名
      SPring-8研修会 タンパク質溶液散乱研修会
    • 招待講演
  • [学会発表] SANSによるタンパク質溶液構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      井上倫太郎、守島健、杉山正明
    • 学会等名
      SPring-8研修会 タンパク質溶液散乱研修会
    • 招待講演
  • [学会発表] 天然変性タンパク質における“変性状態”の理解を目指した溶液散乱研究2023

    • 著者名/発表者名
      清水将裕、守島健、奥田綾、井上倫太郎、西山晃史、松本壮吉、杉山正明
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] αBクリスタリンによる早期アミロイド形成阻害の分子機構2023

    • 著者名/発表者名
      國尾祐貴、柚佳祐、山本直樹、守島健、奥田綾、井上倫太郎、杉山正明、茶谷絵理
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Orchestration of proteins in a Kai clock system 22023

    • 著者名/発表者名
      杉山正明、守島健、柚木康弘、井上倫太郎、佐藤信浩、矢木宏和、加藤晃一
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Structural analysis of clock protein KaiA-KaiC complex in solution2023

    • 著者名/発表者名
      守島健、清水将裕、柚木康弘、Lionel Porcar、Anne Martel、井上倫太郎、杉山正明
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] ウシ由来インスリンのアミロイドオリゴマーおよびプロトフィブリル形成のモデリング2023

    • 著者名/発表者名
      柚佳祐、今村比呂志、野崎拓郎、藤井悠生、守島健、奥田綾、井上倫太郎、杉山正明、茶谷絵理
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] 小角中性子散乱装置SANS-Uの現状2023

    • 著者名/発表者名
      眞弓皓一、小田達郎、Li Xiang、橋本慧、土肥侑也、守島健、井上倫太郎、杉山正明
    • 学会等名
      日本中性子科学会第23回年会
  • [学会発表] 時計タンパク質複合体の溶液構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      守島健、清水将裕、柚木康弘、Lionel Porcar、Anne Martel、井上倫太郎、杉山正明
    • 学会等名
      日本中性子科学会第23回年会
  • [学会発表] 区分重水素化タンパク質を用いた中性子小角散乱解析2023

    • 著者名/発表者名
      小田隆、井上倫太郎、守島健、會澤直樹、大井里香、石野良純、奥隆之、佐藤衛、杉山正明
    • 学会等名
      日本中性子科学会第23回年会
  • [学会発表] 小角散乱と全原子分子動力学シミュレーションによるα-glucosidaseの溶液構造研究2023

    • 著者名/発表者名
      會澤直樹、清水将裕、横田幸紀、守島健、奥田綾、佐藤信浩、井上倫太郎、裏出令子、大田ゆかり、杉山正明
    • 学会等名
      日本中性子科学会第23回年会
  • [学会発表] 中性子ビーム実験装置の現状と展開:小角散乱2023

    • 著者名/発表者名
      佐藤信浩、守島健、大場洋次郎
    • 学会等名
      次世代中性子ビーム実験装置の連携と展開(日本中性子科学会第23回年会サテライトミーティング)
  • [学会発表] 小角散乱と超遠心分析による多分散溶液中の目的蛋白質の散乱プロファイルの選択的導出2023

    • 著者名/発表者名
      守島健、井上倫太郎、杉山正明
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] Kai時計タンパク質の概日振動のシステム解析2023

    • 著者名/発表者名
      杉山正明、守島健、柚木康弘、井上倫太郎、佐藤信浩、矢木宏和、加藤晃一
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] ウシ由来インスリンのアミロイド核形成に見られるオリゴマーおよびプロトフィブリル形2023

    • 著者名/発表者名
      柚佳祐、今村比呂志、野崎拓郎、藤井悠生、守島健、奥田綾、井上倫太郎、杉山正明、茶谷絵理
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] Synechoccus sp. NKBG15041c由来のMoxR family ATPaseの機能と構造2023

    • 著者名/発表者名
      真野広大、野井健太郎、守島健、井上倫太郎、杉山正明、山田晃世、養王田正文
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
  • [備考] AUC-SAS法による小角散乱プロファイル上での凝集除去解析プログラム

    • URL

      http://www.rri.kyoto-u.ac.jp/NSBNG/activity.html

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公開日: 2024-12-25  

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