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2023 年度 実績報告書

Transposable elements shape the evolution of mammalian innate immunity against pathogens

研究課題

研究課題/領域番号 21K15066
研究機関京都大学

研究代表者

CHEN Xun  京都大学, 高等研究院, 特定助教 (30885158)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワードTransposable element / Classification / Annotation / Epigenetics
研究実績の概要

We look at the annotation of endogenous retrovirus (ERV) subfamilies we previously identified, and found that many sequences of them were mis-annotated. We then aim to develop a new approach to re-annoate ERV sequences based on the phylogenetic analaysis.

We then picked MER11 subfamilies as examples and found that our new annotation could better re-arrange the epigenetic variability of each subfamily originally annotated.

We further used the multiple parallel reporter assay to confirm that our new approach is better. We also looked at the evolution of regulatory activity at single-base resolution.

  • 研究成果

    (1件)

すべて 2023

すべて 雑誌論文 (1件)

  • [雑誌論文] Cryptic endogenous retrovirus subfamilies in the primate lineage2023

    • 著者名/発表者名
      Chen Xun、Zhang Zicong、Yan Yizhi、Goubert Clement、Bourque Guillaume、Inoue Fumitaka
    • 雑誌名

      BioRxiv

      巻: 0 ページ: 0

    • DOI

      10.1101/2023.12.07.570592

URL: 

公開日: 2024-12-25  

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