| 研究課題/領域番号 |
21K15073
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| 研究機関 | 国立研究開発法人国立成育医療研究センター |
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研究代表者 |
青砥 早希 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, バイオバンク, (非)研究員 (60775972)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| キーワード | レトロトランスポジション / レトロコピー / エクソームデータ |
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| 研究実績の概要 |
本申請では新規遺伝子の獲得機構の一つと考えられているレトロトランスポジションを、ショートリードシーケンスデータおよび、iPS細胞を用いて今現在起きている現象として効率的に検出する手法の開発を行った。これにより、獲得してから間のないレトロコピーが、どのように集団に定着しているのか、疾患や集団 を規定する要因としてどの程度重要視すべき現象なのかという問いの解明を目指す。獲得してから間のないレトロコピーが、どのように集団に定着しているのか、 疾患や集団を規定する要因としてどの程度重要視すべき現象なのかという問いの解明を目指した。これまで約1000検体のエクソームデータよりレトロコピー配列を検出し多型と頻度の算出方法を確立し、日本人集団に多いレトロコピー配列を特定し、リスト化することができた。前年度はレトロトランスポジションを高頻度で起こしていることがわかっているiPS細胞のエクソームデータ、全ゲノムデータの比較によりレトロトランスポジションにより挿入されたレトロコピー配列の挿入先ゲノム領域の検出を行い、その結果、レトロコピー配列のリード断端を調べることにより、全ゲノム配列での解析では偽陽性のレトロコピーを排除できることがわかった。またレトロコピー挿入先ゲノム領域の特徴解析を行なったところ、G-rich配列や反復配列など参照配列の決定が難しい配列の特徴が見られたため、参照配列をT2T-CHM13に変更して再度、挿入先配列の特徴抽出を行なっている。並行してエピゲノミックな特徴抽出を行なっており、ナノポアシーケンスによるDNAメチル化データの取得を行い、解析を進めている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
本年度は研究計画に基づき、レトロコピー挿入先ゲノム領域のエピゲノミックな特徴抽出を行なった。ナノポアシーケンスデータを取得し、同一検体からゲノムデータとDNAメチル化データの取得も行い、DNAメチル化状態の解析を進めている。
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| 今後の研究の推進方策 |
昨年度はサル目が新型コロナ等感染症を有する可能性が高いことで輸入が制限されていたことでエピゲノム特性解析に予定していたアカゲザルの血液検体入手できず、予定していた解析が実施できなかったが、ウサギ目のプロモータ配列を転用する手法を開発したため、サル目からウサギ目に変更して解析を進めている。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
対象とするiPS細胞の特性上、細胞培養が困難でRNA-seqをはじめとしたシーケンスデータの実施に十分な細胞を取得でき図、実施予定のシーケンスが十分に実施できなかった。また計画初年度に予定していたアカゲザル血液を対象とした研究が、サル検体の輸入制限により実施できなかった点が費用の計画的使用に影響を与えている。
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