| 研究課題/領域番号 |
21K15106
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| 研究機関 | 島根大学 |
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研究代表者 |
小野 廣記 島根大学, 学術研究院農生命科学系, 助教 (40867602)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2026-03-31
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| キーワード | オナガナメクジウオ / 種間比較 / トランスクリプトーム |
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| 研究実績の概要 |
ハイブリッド個体の中での親2種類の遺伝子発現の状態を比較することを目的として、前年に採集されたオナガナメクジウオより得られたRNA-seqのデータとフロリダナメクジウオのRNA-seqのデータを1つのサンプルとして（つまり、2種類の遺伝子が併存するハイブリッドの状態を疑似的に作成したデータ）をアセンブルし、1種類ずつアセンブルを行った状態と比べてコンティグ数が倍加する遺伝子がどの程度存在するかを調べた。
コンティグ数の増加は2種類の遺伝子がある程度区別されてアセンブルされることを示した。フロリダナメクジウオのゲノムへのマッピングを行い、マッピングされたリードとマッピングされなかったリードをそれぞれアセンブルして、マップされなかった遺伝子がすべてオナガナメクジウオに由来するものかどうかを調べた。一部のオナガナメクジウオのリードはフロリダナメクジウオのゲノムにマッピングされたものの、ほとんどのオナガナメクジウオリーはフロリダナメクジウオゲノムにはマッピングされなかった。このように区別されるリードのリード長やクオリティ、塩基配列の違いについて調べたものの、2種それぞれを区別する決定的な要素までは明らかにできなかった。
また、本年度はオナガナメクジウオの採卵・胚の入手を目的として12月16日～12月21日に沖縄県八重山郡竹富町黒島にてオナガナメクジウオ採集を行った。9個体を採集することができたものの、悪天候による輸送の遅延があり臨海実験所まで状態良く個体を持ち込むことができなかった。回復を試みたものの、摂餌がみられないことからゲノムDNA用のサンプルとして固定を行った。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
ハイブリッド個体内における親個体それぞれに由来する遺伝子をアセンブルの後に区別するシステムを構築することはできた。しかしながら、本年度はオナガナメクジウオとナメクジウオのハイブリッド作成を目指したものの、親個体を状態良く輸送することができず、繁殖には至らなかった。時期を変えて親個体を輸送し、個体を繁殖させること目指す。
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| 今後の研究の推進方策 |
オナガナメクジウオ成体の採集が年末にずれ込むことが個体輸送に関するネックになっている。そのため、採集の予定を前倒しして秋までに採集することによって輸送時のトラブルを減らすことが可能であると思われる。また、ナメクジウオの成体を入手してラボ内で安定的に育てる状況を構築する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
オナガナメクジウオから得られた胚についてトランスクリプトーム解析を行う予定ではあったが、親個体の状態にから胚を得ることができず、解析に回せなかったため。その解析費用が使用額の差として生じたものである。
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