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2022 年度 実施状況報告書

細胞診アーカイブスのゲノム情報;最難治癌に対する精密医療を目指して

研究課題

研究課題/領域番号 21K15963
研究機関千葉大学

研究代表者

大山 広  千葉大学, 医学部附属病院, 講師 (10814600)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
キーワード胆道癌 / 膵癌 / 次世代シークエンサー / 遺伝子変異 / がん遺伝子
研究実績の概要

胆膵癌34例、良性疾患10例から取得したFFPE組織19検体、細胞診検体61検体の両者より抽出されたDNAをTaqMan RNase P Detection Reagents KitとFFPE DNA QC Assay v2を用いて質的・量的検討を実施し、DNA収量(P = 0.792)、断片化程度(P = 0.800)が同等であることを確認している。Ion AmpliSeq library kit plusを用いライブラリ作製を行い、Ion ChefにてEmulsion PCR、Chipローディングを実施、Ion Protonにてシークエンスを実施した。シークエンスメトリクスは両者同等で解析に足るデータ量が得られた。アノテーションにはOncoKBを用いた。
組織検体のある悪性19例について、FFPE組織と細胞診検体の両者より計105個(oncogenic66個、Variant of uncertain significance39個)の遺伝子変異が検出され、50個(47%)が両者で共有されていた。Oncogenic mutationはVUSよりも高度に共有されており(P = 0.024)、共有されているoncogenic mutationの変異アレル頻度はFFPE単独(P = 0.001)、細胞診検体単独(P = 0.004)よりも有意に高値であった。FFPE組織で同定されたoncogenic mutationの73%は細胞診検体でも同定された。
組織検体のない25例(悪性15例、良性10例)では、悪性15例の細胞診検体からはoncogenic mutationが29個、VUSが21個検出されたが、良性例はVUS3個のみであった(P < 0.001)。細胞診検体におけるoncogenic mutation検出の感度、特異度、正診率は、それぞれ91%、100%、93%であった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

全80検体について、DNA抽出、ライブラリ作製、テンプレート調整、シークエンス、アノテーションは完了しており、一部では統計解析済みである。このような経過からおおむね順調に進展していると判断した。

今後の研究の推進方策

研究計画通り、令和5年度は次世代シークエンサーを用いたゲノム解析結果を精査し、得られた成果を学会発表や論文報告する予定である。今後も継続して症例集積と検体収集を行っていく予定である。また、今回の手法について他検体への活用を検討していく。

次年度使用額が生じた理由

本年度は追加検体の収集を中心に業務を施行し、特に病理組織標本の作成を実行した。シークエンスに要するライブラリ作製、半導体チップ、シークエンスに要するキットの消費の割合が低かったため次年度使用額が生じた。次年度以降はより費用のかかるキットの使用や成果報告のための旅費、論文作成費用、雑誌掲載費用が生じるものと推測される。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2022

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Genomic profiling amplifies the utility of endoscopic ultrasound-guided fine needle biopsy by identifying clinically applicable druggable mutations in pancreatic cancer2022

    • 著者名/発表者名
      Ohyama H, Mikata R, Hirotsu Y, Amemiya K, Miura Y, Hirose S, Oyama T, Takano A, Iimuro Y, Kojima Y, Mochizuki H, Ikeda J, Kato N, Omata M
    • 雑誌名

      Annals of Diagnostic Pathology

      巻: 60 ページ: 152016

    • DOI

      10.1016/j.anndiagpath.2022.152016

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detection of actionable mutations in cytological specimens obtained by endoscopic ultrasound-guided fine needle aspiration with rapid onsite evaluation in pancreatic cancer2022

    • 著者名/発表者名
      Ohyama H, Hirotsu Y, Amemiya K, Amano H, Hirose S, Hosoda K, Oyama T, Iimuro Y, Kojima Y, Mikata R, Mochizuki H, Kato N, Omata M
    • 雑誌名

      Annals of Diagnostic Pathology

      巻: 60 ページ: 152008

    • DOI

      10.1016/j.anndiagpath.2022.152008

    • 査読あり
  • [学会発表] EUS-FNAにより得られた膵癌FFPE検体を活用した個別化医療の実現2022

    • 著者名/発表者名
      大山広、加藤直也、小俣政男
    • 学会等名
      第108回日本消化器病学会総会
  • [学会発表] 膵癌EUS-FNA検体を用いたクリニカルシークエンスとリキッドバイオプシーによる治療薬探索2022

    • 著者名/発表者名
      大山広、加藤直也、小俣政男
    • 学会等名
      第103回日本消化器内視鏡学会総会
  • [学会発表] GENOMIC PROFILE OF ENDOSCOPIC ULTRASOUND-GUIDED FINE NEEDLE ASPIRATION IDENTIFIES CLINICALLY APPLICABLE DRUGGABLE MUTATIONS IN PANCREATIC CANCER2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ohyama, Naoya Kato, Masao Omata
    • 学会等名
      DDW 2022
    • 国際学会
  • [学会発表] Actionable mutations of malignant biliary tumors can be detected in archived biliary cytology specimens2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ohyama, Naoya Kato, Masao Omata
    • 学会等名
      APASL Oncology 2022
    • 国際学会
  • [学会発表] 胆膵悪性腫瘍における胆汁を用いたリキッドバイオプシー;血液との比較2022

    • 著者名/発表者名
      大山広、弘津陽介、雨宮健司、三浦義史、菅元泰、小山敏雄、飯室勇二、小嶋裕一郎、三方林太郎、千葉哲博、望月仁、加藤直也、小俣政男
    • 学会等名
      第42回日本分子腫瘍マーカー研究会
  • [学会発表] 胆道狭窄における胆汁リキッドバイオプシーの可能性2022

    • 著者名/発表者名
      大山広、加藤直也、小俣政男
    • 学会等名
      第58回日本胆道学会学術集会
  • [学会発表] 治療標的遺伝子変異探索を目指した胆汁リキッドバイオプシー2022

    • 著者名/発表者名
      大山広、弘津陽介、雨宮健司、杉原地平、大内麻愉、菅元泰、永嶌裕樹、飯野陽太郎、高橋幸治、日下部裕子、沖津恒一郎、大野泉、望月仁、加藤直也、小俣政男
    • 学会等名
      第60回日本癌治療学会学術集会
  • [学会発表] リキッドバイオプシーとしての胆汁ゲノム解析の可能性―血液との比較―2022

    • 著者名/発表者名
      大山広、加藤直也、小俣政男
    • 学会等名
      第30回日本消化器関連学会週間

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公開日: 2023-12-25  

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