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2022 年度 実績報告書

新規迅速高感度遺伝子変異検出法による遺伝子変異微量含有検体の有用性の確立

研究課題

研究課題/領域番号 21K16121
研究機関自治医科大学

研究代表者

藤田 一喬  自治医科大学, 医学部, 講師 (20887848)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2023-03-31
キーワード迅速高感度PCR法 / NGS法 / 血漿cfDNA / 肺癌
研究実績の概要

2022年4月以降,PNA-LNA dual PCR法(PLDP法)でのDriver mutationの確認依頼があり,14症例より細胞検体/血漿cfDNAを用いて検索を行った。4症例よりEGFR Exon19 deletion (Ex19_del),1例よりEGFR Exon21 L858R (L858R)の検出があった。血漿cfDNAからは,4症例中2症例からEx19_delの検出を認めた(L858Rは,cfDNAからは検出なし)。
血漿cfDNAを用いたPLDP法とMINtS法(Mutation Investigator using the Next-era Sequencer: MINtS)の比較では,Ex19_delでは,PLDP法での検出のあった8症例中8症例においてMINtS法で検出され,L858Rでは5症例中3症例(1症例では検出感度以下での検出),KRAS G12Cでは2症例中1症例で検出された。MINtS法は検出限界アレル頻度は0.5%であるので,PLDP法はMINtS法より高い検出感度を確認した。ただし,PLDP法は特定のDNA領域遺伝子変異を対象とし高感度化した手法であり,MINtS法はDNA/RNA領域の多遺伝子変異を包括的に検出する手法であるので,厳密には検査目的が異なり,また,この差は一連の設計・スキームから推測される範囲である。
また,細胞検体から抽出した核酸と,PLDP法の1st amplicon(PNAにより変異のない遺伝子の増幅が抑制され,変異のある遺伝子変異のみ増幅されたPCR産物)を精製したものを,NGS-C法で解析した比較を,前回に続き37症例においておこなった。もともとのDNAの鋳型に数%,または,より微小の遺伝子変異しか含まれない場合は,PLDP法でもwild typeの増幅の抑制や遺伝子変異の増幅が弱いことが示唆された。

  • 研究成果

    (2件)

すべて 2023 2022

すべて 学会発表 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [学会発表] 気管支洗浄液を用いたPNA-LNA dual PCR 法によるEGFR 遺伝子変異検索2022

    • 著者名/発表者名
      中山雅之, 藤田一喬
    • 学会等名
      第45回日本呼吸器内視鏡学会学術集会
  • [産業財産権] 検体から試料を調製する方法2023

    • 発明者名
      藤田 一喬,萩原 弘一
    • 権利者名
      藤田 一喬,萩原 弘一
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      P-840

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公開日: 2024-12-25  

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