研究課題/領域番号 |
21K16481
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研究機関 | 横浜市立大学 |
研究代表者 |
本間 祐樹 横浜市立大学, 医学部, 講師 (60567618)
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研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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キーワード | 胆嚢癌 / エンハンサー解析 / CAGE法 |
研究実績の概要 |
研究の目的は膵胆管合流異常症から胆嚢癌の発癌メカニズムを明らかにすることである。 このメカニズムを解明するにエンハンサー部をCAGE法を用いて解析する。 横浜市立大学で採取された手術検体は臨床情報と紐づいた臨床検体(癌部と、その隣接する非癌部)を確保、RNAを抽出し、RNAシークエンスおよびCAGE法にて解析を行う胆嚢癌に関しては癌部と正常粘膜部の解析を行い、その他の癌腫の検体も比較するために行う。具体的な内訳としては、食道癌(6症例、11サンプル)、胃癌(30症例、57サンプル)、肝臓癌(27症例、51サンプル)、胆嚢癌(22症例、39サンプル)、膵臓癌(33症例、55サンプル)、大腸癌(68症例、129サンプル)であり、癌186サンプル、隣接した正常部位156サンプルで合計186症例342サンプルである。これらのサンプルを全てRNA抽出を行なった。臓器や保存時期によるばらつきはあるものの、RIN値による評価では概ね今後の実験で使用できると予想される品質が得られた。RNA抽出を終えたサンプルで、CAGEで使用するサンプルは、癌部148サンプル、非癌部118サンプル、合計で266サンプルとなった。また、RNA-seqでは質の高いサンプルが必要であるため、使用するサンプルは、癌部35サンプル、非癌部19サンプル、合計54サンプルでした。 これらのサンプルを使用して、今後CAGE、RNA-seqを行う予定である。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
胆嚢癌に関しては癌部と正常粘膜部の解析を行い、その他の癌腫の検体も比較するために行う。具体的な内訳としては、食道癌(6症例、11サンプル)、胃癌(30症例、57サンプル)、肝臓癌(27症例、51サンプル)、胆嚢癌(22症例、39サンプル)、膵臓癌(33症例、55サンプル)、大腸癌(68症例、129サンプル)であり、癌186サンプル、隣接した正常部位156サンプルで合計186症例342サンプルである。 これらのサンプルを全てRNA抽出を行なった。臓器や保存時期によるばらつきはあるものの、RIN値による評価では概ね今後の実験で使用できると予想される品質が得られた。
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今後の研究の推進方策 |
RNA抽出を終えたサンプルで、CAGEで使用するサンプルは、癌部148サンプル、非癌部118サンプル、合計で266サンプルとなった。また、RNA-seqでは質の高いサンプルが必要であるため、使用するサンプルは、癌部35サンプル、非癌部19サンプル、合計54サンプルでした。 これらのサンプルを使用して、今後CAGE、RNA-seqを行う予定である。
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