| 研究課題/領域番号 |
21K17852
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| 研究機関 | 名古屋大学 |
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研究代表者 |
宇野 光平 名古屋大学, 医学系研究科, 特任助教 (50873585)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | プロテオミクス解析 / 欠損値補完 / 統計的バイアス |
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| 研究実績の概要 |
プロテオミクス解析は、LC-MS/MSを用いた存在量推定技術によって網羅的な解析が可能となった。しかし測定限界などの要因から、これらの測定技術によって推定された存在量データには多くの欠損値が生じることがわかってきた。そのため、発言差異解析などをはじめとする統計的手法を適用する前に、欠損値に対する補完を含めた前処理が必要となっており、どのような欠損値補完手法が適切かという議論が盛んに行われている。ところが欠損値補完後のデータにバイアスが生じ、2標本検定などの統計的検定の結果がバイアスの影響を受けることが明らかとなった。そのため、欠損値補完によって具体的にどのような影響が統計的手法に与えられるのかをまず検証する必要がある。さらに、明らかとなった問題を克服したよりバイアスの少ない欠損値補完手法が求められる。
そこで本研究では、欠損値補完によって発現差異解析にどのような影響が生じるかをシミュレーションデータを中心に検証する。また発現差異解析などへの影響がなるべく少ない欠損値補完手法を提案するために、従来の欠損値補完手法の評価などに用いられてきた指標とは異なり、データの再現ではなく統計量などの再現を評価する指標を提案し、それらの指標を用いた欠損値補完手法を開発する。
本年度は、まずシミュレーションに基づいた既存手法の問題点を検証した。その結果、広く用いられている手法の多くで、検定に影響をおよぼすバイアスが存在することがわかった。さらにデータの再現ではなく統計量などの再現を評価する指標を開発した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
欠損値補完によるバイアスが明らかとなったものの、それらの問題を解決する新たな手法の開発に時間を要したため、論文投稿までにやや時間が必要となった。
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| 今後の研究の推進方策 |
今後は新たに開発した再現指標を最適化するアルゴリズムを開発し、シミュレーションおよび実データ解析において既存手法よりも有用であることを示す。また、広く用いられるようにソフトウェアを実装し一般に公開する。
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