データ駆動アプローチによる肺がん予後規定因子と治療標的の探索

2021 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 21K17856
• 研究機関: 東京医科歯科大学
• 研究代表者: 清水 秀幸 東京医科歯科大学, M&Dデータ科学センター, 教授 (70826263)
• 研究期間 (年度): 2021-03-01 – 2023-03-31
• キーワード: 肺がん / 層別化

研究実績の概要

様々な文献より肺がんデータセットをダウンロードし、独自に開発したパイプラインによりデータの整形、および臨床データと遺伝子発現等の各モダリティデータの紐付けを行った。また、機械学習および深層学習を行うための計算リソースを整備した。これらの準備を踏まえて2022年度に本解析を行う予定である。

現在までの達成度 (区分)

4: 遅れている

理由

研究計画は2021年度の初頭からのものであったが、申請者の海外留学により研究計画を留保し、2022 年2月に帰国後に本格的に本課題に取り組み始めた。そのため10ヶ月分遅れが生じている。

今後の研究の推進方策

2021年度内にデータの収集・前処理、そして計算資源の確保等の本課題に取り組むための下準備を完了したため、2022年度はこれらを用いて本格的な解析を行う。機械学習によりバイオマーカー遺伝子を探索していきたい。

次年度使用額が生じた理由

本年度の大部分はアメリカ留学中にあり本課題は留保状態だった。研究に打ち込んだ期間は実質1ヶ月しかなかったこと、および新規研究室立ち上げに伴い所属機関からの支援金があったことが理由として挙げられる。若手研究は基金であり次年度繰越が可能である。2022年度に行う本格的な研究フェーズで助成金を使用する予定である。

研究成果

• [雑誌論文] Kastor and Polluks polypeptides encoded by a single gene locus cooperatively regulate VDAC and spermatogenesis (2022)
  • 著者名/発表者名: Mise S, Matsumoto A, Shimada K, Hosaka T, Takahashi M, Ichihara K, Shimizu H, Shiraishi C, Saito D, Suyama M, Yasuda T, Ide T, Izumi Y, Bamba T, Kimura-Someya T, Shirouzu T, Miyata H, Ikawa M, Nakayama KI
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 13 ページ: 1071
  • DOI: 10.1038/s41467-022-28677-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Combinatorial analysis of translation dynamics reveals eIF2 dependence of translation initiation at near-cognate codons (2021)
  • 著者名/発表者名: Ichihara K, Matsumoto A, Nishida H, Kito Y, Shimizu H, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ishihama Y, Nakayama KI
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 49 ページ: 7298-7317
  • DOI: 10.1093/nar/gkab549
  • 査読あり