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2022 年度 実施状況報告書

腸内細菌による薬物代謝活性化の分子基盤の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K18246
研究機関東京大学

研究代表者

阿部 郁朗  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (40305496)

研究分担者 森 貴裕  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (60734564)
研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2024-03-31
キーワード腸内細菌 / 薬物代謝酵素活性化 / 立体構造基盤 / プロドラッグ
研究実績の概要

本研究では、ヒト腸内細菌による天然薬物プロドラッグの代謝活性化機構を取り上げた。近年のメタゲノム、メタボローム解析技術の進歩と相まって、マイクロバイオーム研究の進展は目覚ましいものがある。本研究では、ヒト腸内細菌メタゲノムライブラリーのスクリーニングにより、還元的なC-C 結合開裂により、アンスロン二量体から単量体への変換を触媒する酵素を同定し、基質特異性など、酵素の精密機能解析により、その性状と反応機構を明らかにし分子基盤を解明することを目的とした。また、漢薬葛根の有効成分イソフラボンC-配糖体のC-C 結合の開裂については、ヒト腸内嫌気性菌PUE株のDgpB-C複合体によって触媒されることが報告されている。これまでに我々は、この酵素複合体の結晶構造解析を行い、その結果、C-配糖体のC-C 結合開裂反応のメカニズムとその立体構造基盤を解明することに成功し、研究成果をNature Communications誌に印刷公表した。昨年度より、上記メタゲノムライブラリーより、これらホモログ酵素のスクリーニングを行い、その性状を明らかにすべく、生体触媒としての検討に取り組んでいる。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

これまでに我々は、この酵素複合体の結晶構造解析を行い、その結果、C-配糖体のC-C 結合開裂反応のメカニズムとその立体構造基盤を解明することに成功し、研究成果をNature Communications誌に印刷公表した。昨年度より、上記メタゲノムライブラリーより、これらホモログ酵素のスクリーニングを行い、その性状を明らかにすべく、生体触媒としての検討に取り組んでいる。

今後の研究の推進方策

昨年度に引き続き、漢薬大黄の有効成分アンスロン二量体から単量体への変換酵素については、ヒト糞便より腸内細菌メタゲノムを採集し、DNAライブラリーを構築する。これを、常法に従い、大腸菌を宿主として異種発現し、sennidin A を基質として、還元的なC-C 結合開裂により、アンスロン二量体から単量体への変換触媒活性を指標として、スクリーニングを行い、酵素遺伝子を同定する。関連する腸内細菌の代謝産物と生合成酵素についても検討する。

次年度使用額が生じた理由

新型コロナウイルス感染症拡大が本年も終息することなく、入国制限によりポスドクや留学生の来日が困難になり来年度にずれこんだ。結果として研究の進捗が遅れ、試薬・ガラス器具などの購入に充てる物品費、また、研究成果発表を予定していた国際学会が延期になったため旅費、など次年度に繰り越した。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 1件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Noncanonical Functions of Enzyme Cofactors as Building Blocks in Natural Product Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Barra Lena、Awakawa Takayoshi、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: 2 ページ: 1950~1963

    • DOI

      10.1021/jacsau.2c00391

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Discovery of non-squalene triterpenes2022

    • 著者名/発表者名
      Tao Hui、Lauterbach Lukas、Bian Guangkai、Chen Rong、Hou Anwei、Mori Takahiro、Cheng Shu、Hu Ben、Lu Li、Mu Xin、Li Min、Adachi Naruhiko、Kawasaki Masato、Moriya Toshio、Senda Toshiya、Wang Xinghuan、Deng Zixin、Abe Ikuro、Dickschat Jeroen S.、Liu Tiangang
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 606 ページ: 414~419

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04773-3

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Stereoselectivity and Substrate Specificity of the Fe(II)/α-Ketoglutarate-Dependent Oxygenase TqaL2022

    • 著者名/発表者名
      Tao Hui、Ushimaru Richiro、Awakawa Takayoshi、Mori Takahiro、Uchiyama Masanobu、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 144 ページ: 21512~21520

    • DOI

      10.1021/jacs.2c08116

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular insights into the unusually promiscuous and catalytically versatile Fe(II)/α-ketoglutarate-dependent oxygenase SptF2022

    • 著者名/発表者名
      Tao Hui、Mori Takahiro、Chen Heping、Lyu Shuang、Nonoyama Akihito、Lee Shoukou、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 13-13

    • DOI

      10.1038/s41467-021-27636-3

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of a diarylpentanoid-producing polyketide synthase revealing an unusual biosynthetic pathway of 2-(2-phenylethyl)chromones in agarwood2022

    • 著者名/発表者名
      Wang Xiao-Hui、Gao Bo-Wen、Nakashima Yu、Mori Takahiro、Zhang Zhong-Xiu、Kodama Takeshi、Lee Yuan-E、Zhang Ze-Kun、Wong Chin-Piow、Liu Qian-Qian、Qi Bo-Wen、Wang Juan、Li Jun、Liu Xiao、Abe Ikuro、Morita Hiroyuki、Tu Peng-Fei、Shi She-Po
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 348-348

    • DOI

      10.1038/s41467-022-27971-z

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Characterization of Enzymes Catalyzing the Initial Steps of the β-Lactam Tabtoxin Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Lyu Jiaqi、Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 24 ページ: 3337~3341

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c00878

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure-based redesign of Fe(<scp>ii</scp>)/2-oxoglutarate-dependent oxygenase AndA to catalyze spiro-ring formation2022

    • 著者名/発表者名
      Mori Takahiro、Nakashima Yu、Chen Heping、Hoshino Shotaro、Mitsuhashi Takaaki、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 58 ページ: 5510~5513

    • DOI

      10.1039/D2CC00736C

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rational Engineering of the Nonheme Iron- and 2-Oxoglutarate-Dependent Oxygenase SptF2022

    • 著者名/発表者名
      Mori Takahiro、Yu Ziheng、Tao Hui、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 24 ページ: 1737~1741

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c00409

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis for endoperoxide-forming oxygenases2022

    • 著者名/発表者名
      Mori Takahiro、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Beilstein Journal of Organic Chemistry

      巻: 18 ページ: 707~721

    • DOI

      10.3762/bjoc.18.71

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      4th International Conference on Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era, San Diego, USA
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      PSJ-PSK Joint Symposium: Natural Products in Drug Discovery, the 143rd Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan, Sapporo, Japan
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      Gordon Research Conference, Natural Products and Bioactive Compounds, Proctor Academy, NH, USA
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      4th Lijiang International Forum on Pharmaceutical Sciences, Guiling (Online), China
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Ikuro Abe
    • 学会等名
      Conference on Synthetic Biology Approaches and its Applications, Osaka (Online), Japan
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 東京大学大学院薬学系研究科天然物化学教室

    • URL

      https://tennen.f.u-tokyo.ac.jp/head.htm

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公開日: 2023-12-25  

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