| 研究課題/領域番号 |
21K19119
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| 研究機関 | 愛媛大学 |
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研究代表者 |
鈴木 康嗣 愛媛大学, 沿岸環境科学研究センター, 特定准教授 (00896087)
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| 研究分担者 |
堀江 真行 大阪公立大学, 大学院獣医学研究科, 教授 (20725981)
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| 研究期間 (年度) |
2021-07-09 – 2024-03-31
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| キーワード | 内在性ウイルス配列 / 媒介蚊 |
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| 研究実績の概要 |
本研究は、多くのヒト病原性ウイルスを媒介するシマカに高い病原性を示すウイルスを蚊の内在性ウイルス配列（EVE）から探索し、その復元を目的とするものである。
本年度は、複数のバイオデータベースとバイオインフォマティクスデータベースを用いて、シマカのEVE探索を行った。まず、新たに高品質のゲノム配列情報が公開されたネッタイシマカゲノム（CU_AaegROCK_1.0）に対して、BLASTnとtBLASTnにより、フラビウイルス属ウイルスに類似する配列の検索を行った。その結果、リファレンスゲノムとして用いられているAaegL5.0では8遺伝子座のEVEが検出されたのに対し、CU_AaegROCK_1.0では14遺伝子座のEVEが検出された。現在、詳細な解析を行っている。また、同様にTFASTX、TFASTYを用いたEVE探索も実施した結果、tBLASTnよりヒット数が多いものの、ヒットした配列のうち、FASTAでのみヒットしてきた配列の多くは単純リピート様配列であったため、False positiveである可能性が高い。False positiveと真のEVE配列を適切に選別するには、大規模検索後に手動での精査が必要であったため、その使用には方法の改善や使用場面を限定することが不可欠であることが分かった。
さらに公共のデータベースであるSequence Read Archive (SRA)に登録されているシマカ由来の4233ハイスループットシークエンスデータ（DNAライブラリ）に対して、Magic-BLASTによりフラビウイルス属ウイルスの類似配列の検出を行った。フラビウイルス属ウイルスのうち、73種のウイルスに類似した配列が検出された。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
本研究において重要な位置を占める次世代シーケンスデータベースからのEVE探索において、複数のデータベースとバイオインフォマティクスツールを用いて実施し、シマカの新規EVE候補が見つかった。詳細な解析は必要であるが、本年度試みたEVE探索をさらに拡大することで、さらなるEVEが同定できることが期待され、おおむね順調に進展していると考えられる。
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| 今後の研究の推進方策 |
これまでにヒットしたシマカのEVE候補について、さらなる解析を行う。また、tBLASTn、TFASTX/TFATSY、そしてMagic-BLASTなどを用いた探索を改良しながら、検索対象とするデータベースを拡大していく。また、バイオインフォマティクスにより同定されたEVEは、保持しているシマカ系統などのDNAを用いてPCRにより検出を試みる。また、必要に応じて、人工的に合成し、その発現によるタンパク構造や機能の解析を行う。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
遺伝子解析に必要な試薬等の使用期限を考慮して、購入を次年度に見送ったものがあったため。
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