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2022 年度 実績報告書

非コードRNA転写領域のクロマチンを開くパイオニアポリメラーゼ複合体の探索

研究課題

研究課題/領域番号 21K19235
研究機関東京都立大学

研究代表者

廣田 耕志  東京都立大学, 理学研究科, 教授 (00342840)

研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2023-03-31
キーワード非コードRNA / 組換え / クロマチン / 転写 / 相同組換え
研究実績の概要

ヒトゲノムのわずか約2%にのみ蛋白質コード領域が存在する一方、ヒトゲノムの50%以上から転写物が見られ、蛋白質をコードしない転写物は総称して非コードRNAと呼ばれている。非コードRNAの中には、サイレンシング、転写活性化などの遺伝子発現の各段階に影響を与える分子が知られているが、ほとんどのゲノム領域に見られる非コードRNAの機能は不明のままであった。また、非コードRNA発現領域と減数分裂期組換え部位の相関が指摘されるなど、非コードRNA転写と染色体機能調節の関係性が議論されている。本研究では、非コードRNA自身の機能ではなく、転写するポリメラーゼの通過に伴う染色体機能制御の可能性を示唆するパイオニアポリメラーゼ仮説「非コードRNAを転写するポリメラーゼがパイオニアとしてその通過領域のクロマチン構造を緩め、転写や組換えなどのDNAを基質とする反応の制御に寄与する」を立証し、そのメカニズムを解明する。この機構は転写物の配列に依存しない普遍的な機構である点で新規のメカニズムであると言える。
今年度には、分裂酵母のfbp1遺伝子座において、代謝ストレスにより活性化する非コードRNAのmlonRNA転写により減数分裂期DNA2本鎖切断が新規に導入される現象を発見し、その形成機構を報告した(投稿中)。また、mlonRNAと同じ転写開始配列から同様の遺伝子間領域を転写する非コードRNAを発見し、この部位に減数分裂期組換えホットスポットが出現することを同定した。このことから、非コードRNAを転写しゲノム上を移行するパイオニアポリメラーゼにより、通過領域のクロマチンが開いた構造となり、近傍遺伝子の転写のみならず、その領域の組換え反応も活性化されることが示唆された。これらの事実は、配偶子形成時の環境影響による転写変動が、配偶子の多様性創出につながる組換えの可塑性につながる可能性を示している。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] ボストン大学(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      ボストン大学
  • [雑誌論文] Application of neural network-based image analysis to detect sister chromatid cohesion defects2023

    • 著者名/発表者名
      Ikemoto Daiki、Taniguchi Tomoya、Hirota Kouji、Nishikawa Kiyoshi、Okubo Kan、Abe Takuya
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 ページ: 2133-2135

    • DOI

      10.1038/s41598-023-28742-6

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Lestaurtinib induces DNA damage that is related to estrogen receptor activation2023

    • 著者名/発表者名
      Ooka Masato、Yang Shu、Zhang Li、Kojima Kota、Huang Ruili、Hirota Kouji、Takeda Shunichi、Xia Menghang
    • 雑誌名

      Current Research in Toxicology

      巻: 4 ページ: 100102~100104

    • DOI

      10.1016/j.crtox.2022.100102

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Multi-Layered Regulations on the Chromatin Architectures: Establishing the Tight and Specific Responses of Fission Yeast fbp1 Gene Transcription2022

    • 著者名/発表者名
      Asada Ryuta、Hirota Kouji
    • 雑誌名

      Biomolecules

      巻: 12 ページ: 1642~1645

    • DOI

      10.3390/biom12111642

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Regulation Mechanisms of Meiotic Recombination Revealed from the Analysis of a Fission Yeast Recombination Hotspot ade6-M262022

    • 著者名/発表者名
      Hirota Kouji
    • 雑誌名

      Biomolecules

      巻: 12 ページ: 1716~1726

    • DOI

      10.3390/biom12121761

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] XRCC1 counteracts poly(ADP ribose)polymerase (PARP) poisons, olaparib and talazoparib, and a clinical alkylating agent, temozolomide, by promoting the removal of trapped PARP1 from broken DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Hirota Kouji、Ooka Masato、Shimizu Naoto、Yamada Kousei、Tsuda Masataka、Ibrahim Mahmoud Abdelghany、Yamada Shintaro、Sasanuma Hiroyuki、Masutani Mitsuko、Takeda Shunichi
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 27 ページ: 331~344

    • DOI

      10.1111/gtc.12929

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A high-throughput 384-well CometChip platform reveals a role for 3-methyladenine in the cellular response to etoposide-induced DNA damage.2022

    • 著者名/発表者名
      Li, J., A. Beiser, N. B. Dey, S. Takeda, L. K. Saha, K. Hirota, L. L. Parker, M. Carter, M. I. Arrieta, and R. W. Sobol
    • 雑誌名

      NAR Genom Bioinform

      巻: 4 ページ: qac065

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] SPRTN and TDP1/TDP2 Independently Suppress 5-Aza-2′-deoxycytidine-Induced Genomic Instability in Human TK6 Cell Line2022

    • 著者名/発表者名
      Nakano Toshiaki、Moriwaki Takahito、Tsuda Masataka、Miyakawa Misa、Hanaichi Yuto、Sasanuma Hiroyuki、Hirota Kouji、Kawanishi Masanobu、Ide Hiroshi、Tano Keizo、Bessho Tadayoshi
    • 雑誌名

      Chemical Research in Toxicology

      巻: 35 ページ: 2059~2067

    • DOI

      10.1021/acs.chemrestox.2c00213

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 複製ポリメラーゼεの校正活性は断裂した鋳型における安全なフォーク停止に寄与する2022

    • 著者名/発表者名
      廣田耕志
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 国際学会
  • [学会発表] 複製ポリメラーゼεの校正活性は断裂した鋳型における安全なフォーク停止に寄与する2022

    • 著者名/発表者名
      廣田耕志
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 招待講演
  • [学会発表] 複製とコヒージョン形成の連動によるゲノム安定性の維持2022

    • 著者名/発表者名
      川澄遼太郎 廣田耕志
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2023-12-25  

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