| 研究課題/領域番号 |
21K19286
|
|---|
| 研究機関 | 筑波大学 |
|---|
研究代表者 |
岡根 泉 筑波大学, 生命環境系, 准教授 (60260171)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2021-07-09 – 2024-03-31
|
| キーワード | 植物絶対寄生菌 / サビキン / DNA塩基配列 / MIG-seq法 / 分子系統解析 |
|---|
| 研究実績の概要 |
筑波大学菌類標本庫（TSH）および茨城大学菌類標本庫（IBA；一部はTSHに移管済み）に収蔵されている植物絶対寄生菌であるさび病菌（サビキン）の乾燥標本合計約36,000点のうち、分類群を考慮して選抜した約650標本についてDNAサンプルの準備を行った。そして、それらのうちの108サンプルについて、MIG-seq法（Suyama & Matsuki, 2015）用にゲノム中のマイクロサテライト領域を標的として設計された16種のプライマー（フォワードおよびリバーズプライマー各8プライマー）で第1次ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を実施した。
その結果、42サンプルにおいて分子量の異なる複数のPCR産物の増幅が確認された。これらについては、今後MIG-seq法を適用し、ゲノムワイドなDNAシーケンス情報が取得できると判断された。
なお、供試した108サンプル以外に、48サンプルを供試したが、その成否については再確認の必要性がある。今後、その他のDNAサンプルについても第1次PCRを実施しMIG-seq法適用の可否を判断する必要がある。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
採集年代の古いものも含むサビキンの多数の収蔵乾燥標本から、分類群を考慮して選抜した標本のDNAサンプル約650サンプルを準備することが出来た。また、その一部についてはMIG-seq法の適用の可否を判断するため、本法専用の16プライマーを用いた第1次PCRを実施することができ、約40%で本法の適用が可能であることが確認された。これらの成果は、今後の作業スケジュールを策定する上で重要である。
|
| 今後の研究の推進方策 |
さらにDNAサンプルの追加を行いつつ、それらのDNAサンプルの第1次PCRを実施すると同時に、MIG-seq法適用が可能と判断されたサンプルについては、研究協力者に解析を依頼する。そして、得られたDNAシーケンス情報の解析作業を順次進めて行く。
|
