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本研究では、複数の腫瘍を対象とし、長鎖シークエンス法を用いた癌と非癌部の転写産物の全長解析から、非コード領域に存在する新規タンパク質コード遺伝子候補を同定し機能を解明することを目的とする。申請者のチームでは、ロングリードシークエンサーを用いて複数の腫瘍の転写産物全長解析をおこなっている。
これにより、癌部で発現量が上昇している転写産物を複数同定した。さらに詳細な解析を目的とし、転写産物のアミノ酸配列を正確に予測するために、エラーの多いロングリードデータをアセンブルして、精度の高い配列を再構築する手法を開発している。また、アミノ酸配列からタンパク質のドメイン構造を予測するプログラムを自動化とin houseのプログラムを組み合わせて、発現差がある転写産物に存在するドメインを抽出するプログラムを開発した。さらに、アミノ酸配列から細胞内局在の予測を行うプログラムを用いて、同一遺伝子の転写産物間の細胞内局在の違いが生じるアイソフォームを推定するパイプラインを開発した。これらの解析から、重要な転写産物を同定し機能解析を行う予定である。また、機能解析実験も行なっておりがん組織で過剰発現している転写産物を細胞株で発現させ、細胞増殖を促進する転写産物を見出している。これらについて、さらに詳細な解析を行うとともに、新しい候補についても実験を行う予定である。
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