| 研究課題/領域番号 |
21K19675
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| 研究機関 | 日本大学 |
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研究代表者 |
奥田 貴久 日本大学, 医学部, 教授 (20620305)
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| 研究分担者 |
鉄 堅 日本大学, 医学部, 講師 (40277439)
近藤 真啓 日本大学, 歯学部, 准教授 (50312294)
橋本 悟 大分大学, 理工学部, 客員研究員 (60352150)
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| 研究期間 (年度) |
2021-07-09 – 2024-03-31
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| キーワード | ロングリードシークエンサー / ナノポアテクノロジー / 個人識別 |
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| 研究実績の概要 |
本研究は、犯罪捜査や多数死体、遺骨鑑定で問題となる「混合試料からの個人識別」におけるロングリードシークエンサーの有効性を探索的に研究することを目的とする。法医学における個人識別ではキャピラリー電気泳動によるＳＴＲ型検査が主流であるが、労力、情報量、正確性などに課題が多い。近年、精神神経学領域で全ゲノムＤＮＡを用いたロングリードシークエンスによるＤＮＡ配列の解析が病態解明に実用化されている。本研究では、ＰＣＲによる増幅バイアスのない全ゲノムＤＮＡの直接ロングリードシークエンスを実施し、ショートリードと比べて遙かに長い（１０ｋｂ以上）シークエンスデータを得ることで、ショートリードでは予測精度が低かったハプロタイプ解析の正確性向上に挑戦する。そして、簡便ながら多量の情報を得ることができる第３世代シークエンス技術であるナノポアテクノロジーの個人識別への応用の可能性を探る。本研究では、混合全ゲノムＤＮＡを用いたロングリードシークエンスを実施し、ミトコンドリアＤＮＡ配列の解析を行う。２０２１年度は、１２月にロングリードＤＮＡシーケンスを行うためにナノポア社の第３世代ＤＮＡシーケンサーＭｉｎＩＯＮ Ｍｋ１Ｃを購入した。また、新しいデバイスの使用法についての説明会への参加、解析のためのパソコン環境の構築などを行い、２０２２年度から本格的に開始する実験に備えた。医学部倫理委員会に実験計画を申請し、承諾を得ることができた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
DNAシーケンサーの購入と説明会への参加、新デバイスの取り扱い、人員の配置、医学部倫理委員会の承認など実験開始のための施策を講じた。2022年度からの研究開始が可能となった。
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| 今後の研究の推進方策 |
2022年4月27日に新しいデバイスの使用法についてのデモを行う。デバイスの操作に慣れたのちは、５種類の癌細胞（HeLa, Caco2, A549, MCF7, HepG2）由来の全ゲノムDNAを用い、それぞれについてロングリードシークエンスを実施、サンガーシークエンスにて正確性を確認する。抽出した全ゲノムDNAを希釈し、シークエンス精度の限界点を探る。各細胞のハプロタイプを公開ゲノム情報と比較することで、使用している癌細胞におけるミトコンドリアDNAの解析を併せて検証する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
新型コロナウィルスにより学会がWEB参加に変更になったため、旅費の執行がなかった。プラスチック製品などの消耗品も新規購入せずに既存のもので実験を遂行したため。繰越金はDNAシーケンスのための試薬の購入に充てる。
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