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2021 年度 実施状況報告書

オルガネラ膜コンタクトを介したセラミド輸送の分子機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K20572
研究機関広島大学

研究代表者

池田 敦子  広島大学, 統合生命科学研究科(生), 助教 (70909093)

研究期間 (年度) 2021-08-30 – 2023-03-31
キーワード出芽酵母 / Tricalbin / セラミド / 非小胞輸送
研究実績の概要

真核細胞において、セラミドはその代謝過程で小胞体からゴルジ体へ運ばれる。セラミドのオルガネラ間輸送には、小胞輸送に加えて非小胞輸送が存在する。これまでの解析から私たちは、真核細胞で保存されたTricalbinタンパク質ファミリー (Tcb1, 2, 3) が、セラミドの非小胞輸送に必要であることを発見した。しかしながら、Tricalbinが直接結合するターゲットについて、実験的エビデンスは示されていない。本研究は、Tricalbinを介したセラミド非小胞輸送メカニズムとその生理的意義の解明を目指す。この目的を達成するために、本年度は先ず、Tcb3の結合ターゲットおよび結合に寄与するアミノ酸残基の特定を試みた。研究実績の概要は、以下の3点である。(1)Tcb3のSMPドメインまたはC2ドメインと結合している脂質の解析を行った。その結果、SMPドメインがセラミドと結合していることが示された。(2)次に、結合分子メカニズムの解明に迫るため、Tcb3タンパク質の立体構造モデルの構築を試みた。その結果、Tcb3のSMPドメイン内において疎水性アミノ酸から成る脂質結合ポケットと推定される構造を確認することに成功した。(3)立体構造モデルから得られた推定脂質結合ポケットの疎水性アミノ酸について、アミノ酸置換変異体を発現するプラスミドの作製を行った。また、立体構造モデルのシミュレーションにより、アミノ酸置換後もポケット構造は維持されることが確認された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度は、研究実施計画で提案していたTcb3とターゲット脂質との結合性についての解析を実施し、ポジティブな結果を得ることが出来た。なかでも特筆すべき点は、Tcb3とセラミドとの結合が、Tcb3のタンパク質ドメインのうちSMPドメイン特異的であることが示されたことである。これは、本研究の目的であるTricalbinを介したセラミド非小胞輸送メカニズムの解明において、大きな成果であると言える。

今後の研究の推進方策

今後は、作製したアミノ酸置換変異体を用いて、脂質との結合性への影響を調べる。また当初の計画通り、非小胞輸送における脂肪滴の関与についての解析を行う。ひとつは、Tcb3が小胞体と脂肪滴間やゴルジ体と脂肪滴間の膜接触領域に局在している可能性を、蛍光顕微鏡観察により検証する。もうひとつは、脂肪滴が形成されない細胞でセラミドの輸送が影響を受けるか、脂質代謝ラベリングにより解析する。これらの解析を行うために必要な株の一部は既に所持しており、残りについても順調に作製が進んでいる。

  • 研究成果

    (21件)

すべて 2022 2021

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Protocol for measuring sphingolipid metabolism in budding yeast2021

    • 著者名/発表者名
      Ikeda Atsuko、Hanaoka Kazuki、Funato Kouichi
    • 雑誌名

      STAR Protocols

      巻: 2 ページ: 100412

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2021.100412

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural analysis of the GPI glycan2021

    • 著者名/発表者名
      Nakano Miyako、Sabido-Bozo Susana、Okazaki Kouta、Aguilera-Romero Auxiliadora、Rodriguez-Gallardo Sofia、Cortes-Gomez Alejandro、Lopez Sergio、Ikeda Atsuko、Funato Kouichi、Muniz Manuel
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 16 ページ: e0257435

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0257435

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The Ceramide Synthase Subunit Lac1 Regulates Cell Growth and Size in Fission Yeast2021

    • 著者名/発表者名
      Flor-Parra Ignacio、Sabido-Bozo Susana、Ikeda Atsuko、Hanaoka Kazuki、Aguilera-Romero Auxiliadora、Funato Kouichi、Muniz Manuel、Lucena Rafael
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 23 ページ: 303

    • DOI

      10.3390/ijms23010303

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] リピドーム解析から見えてきた小胞輸送の脂質代謝制御2022

    • 著者名/発表者名
      中里光希、池田敦子、Isabelle Riezman、Howard Riezman、船戸耕一
    • 学会等名
      日本農芸化学会中四国支部第61回講演会
  • [学会発表] 出芽酵母におけるスフィンゴ脂質による液胞の形態制御機構2022

    • 著者名/発表者名
      花岡和樹、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      日本農芸化学会中四国支部第61回講演会
  • [学会発表] COPII小胞輸送を制御する遺伝子の探索と機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      中里光希、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      日本農芸化学会中四国支部第62回講演会
  • [学会発表] 分裂酵母におけるセラミド合成酵素Lag1とLac1の機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      花岡和樹、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      日本農芸化学会中四国支部第62回講演会
  • [学会発表] 転写制御因子によるCOPⅡ小胞輸送の制御機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      中里光希、加藤萌伊、金井宗良、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      日本農芸化学会中四国支部第59回講演会
  • [学会発表] Screening for kinase genes regulating COPII vesicle trafficking in Saccharomyces cerevisiae2021

    • 著者名/発表者名
      Mitsuki Nakazato, Yuga Sono, Atsuko Ikeda, Kouichi Funato
    • 学会等名
      ICY15 meets ICYGMB30
    • 国際学会
  • [学会発表] Membrane contact sites regulate vacuole morphology via sphingolipid metabolism2021

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Hanaoka, Kensuke Nishikawa,Sayumi Yamashita, Aya Nakaji, Atsuko Ikeda, Kouichi Funato
    • 学会等名
      ICY15 meets ICYGMB30
    • 国際学会
  • [学会発表] 小胞体での脂質代謝変動の核による感知が小胞輸送を調節する2021

    • 著者名/発表者名
      中里光希、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      日本農芸化学会西日本・中四国・関西支部合同大会(中四国支部第 60 回講演会)
  • [学会発表] オルガネラの構造における GPI 脂質リモデリングの役割2021

    • 著者名/発表者名
      西井日向子、荒木美彩子、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      日本農芸化学会西日本・中四国・関西支部合同大会(中四国支部第 60 回講演会)
  • [学会発表] セラミドの長さが脂質ドメインを介した TORC1 の活性に重要である2021

    • 著者名/発表者名
      櫻木桂子、關川裕一郎、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      日本農芸化学会西日本・中四国・関西支部合同大会(中四国支部第 60 回講演会)
  • [学会発表] 小胞体での脂質代謝変動の核による感知が小胞輸送を調節する2021

    • 著者名/発表者名
      中里光希、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      第38回 YEAST WORKSHOP
  • [学会発表] Nnk1 キナーゼは小胞輸送を介したスフィンゴ脂質の合成に関与する2021

    • 著者名/発表者名
      佐野美咲、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      第38回 YEAST WORKSHOP
  • [学会発表] TORC2 の下流で働く新規キナーゼの探索2021

    • 著者名/発表者名
      後田梨緒、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      第38回 YEAST WORKSHOP
  • [学会発表] メチオニン代謝がCOPⅡ小胞輸送を調節する可能性の発見2021

    • 著者名/発表者名
      藤内孝樹、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      第38回 YEAST WORKSHOP
  • [学会発表] 液胞膜ドメインの形成におけるスフィンゴ脂質とMCS の役割に関する研究2021

    • 著者名/発表者名
      櫻木桂子、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      第38回 YEAST WORKSHOP
  • [学会発表] オルガネラの形態維持におけるGPI 脂質リモデリングの役割2021

    • 著者名/発表者名
      西井日向子、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      第38回 YEAST WORKSHOP
  • [学会発表] 分裂酵母のセラミド合成酵素Lag1 とLac1 の機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      花岡和樹、池田敦子、船戸耕一
    • 学会等名
      第38回 YEAST WORKSHOP
  • [図書] SDGsに向けた生物生産学入門2021

    • 著者名/発表者名
      三本木 至宏監修・上田 晃弘・杉野 利久・鈴木 卓弥・冨山 毅・船戸 耕一編・池田敦子ほか54名執筆
    • 総ページ数
      256ページ
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      978-4-320-05831-6

URL: 

公開日: 2022-12-28  

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