| 研究実績の概要 |
1) Hi-Cライブラリの作成とシークエンスの実施
異質4倍体スミレの葉300 μgを試料として、Dovetail Omni-C Kit (Dovetail Genomics, Scotts Valley, CA, USA) を用いてHi-Cライブラリを作成した。取得したHi-CライブラリはNovaSeq 6000によってシーケンスを実施した。最終的に、73 GbのHi-Cリードデータを取得した。
2) ゲノムアセンブルとHi-Cスキャフォールディングの実施による染色体スケールのゲノム配列の構築
まず初めに、昨年度に取得したPacbio CCSリードのアセンブルを実施した。Pacbio CCSリード (21.7 GB)を入力データとしてhifiasmによるアセンブルを実施したところ、691.9 Mbのコンティグ配列が得られた。連続性の指標となるN50（配列を長い方から順に足していき、全体の半分の長さに達した時の配列の長さ）は29.6 Mbpであり、連続性の高いコンティグ配列を構築することができた。続いて、今年度に取得したHi-Cリードデータを活用したコンティグ配列のスキャフォールディングを実施した。Hi-Cリード (73 Gb)を入力データとしてYahsによってHi-Cスキャフォールディングを実行し、その後Juceboxによってリードマッピング情報を可視化し、ミスアセンブル、ミススキャフォールディングのマニュアル修正を実施した。最終的に単相(n)の染色体数と同一である10本の配列を構築した。
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