研究課題/領域番号 |
21K20786
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研究機関 | 国立感染症研究所 |
研究代表者 |
飯田 俊 国立感染症研究所, 感染病理部, 研究員 (50785996)
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研究期間 (年度) |
2021-08-30 – 2024-03-31
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キーワード | ウイルス / ポリオーマウイルス / JCポリオーマウイルス / トランスクリプトーム解析 |
研究実績の概要 |
ヘルペスウイルスやポリオーマウイルスなどのDNAウイルスは,感染細胞内において様々な種類のnon-coding RNAを発現する.これらのnon-coding RNAは,ウイルスや宿主の遺伝子発現を制御することにより,ウイルス感染症の病態形成に関与すると考えられている.これまでに,ヘルペスウイルスやポリオーマウイルスがmicroRNAやlong non-coding RNAといったnon-coding RNAを発現することが明らかにされてきたが,近年では環状1本鎖RNAであるcircular RNA (circRNA) を発現することが報告されている.本研究では,JCポリオーマウイルスをはじめとしたポリオーマウイルスが発現するcircRNAを同定し,ウイルス関連疾患の病理検体におけるcircRNAの発現量や局在の解明,培養細胞を用いたcircRNAの機能解析を目指している. 前年度は培養細胞内で効率良くJCポリオーマウイルスを複製させる実験系を確立した後,次世代シーケンシングおよびRT-PCR法による解析を実施した.その結果,JCポリオーマウイルスが感染細胞内において少なくとも1種類のcircRNAを発現する可能性が示唆されたことから,今年度はウイルスcircRNAの検出系の確立や機能解析を試みた.この過程において,当初circRNAと考えられたRNAは既知のトランススプライシング産物 (Saribas et al., J Cell Physiol, 2018) である可能性が高いと考えられた.また,この他にも多様なトランスクリプトが検出され,JCポリオーマウイルスの遺伝子発現機構が予想以上に複雑である可能性が示唆された.
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
JCポリオーマウイルスにおいて,当初予想されたcircRNAの発現については確証を得られなかった.一方で,JCポリオーマウイルスの遺伝子発現機構が当初の予想以上に複雑である可能性を示すデータが得られたため,ウイルスが発現するmRNAの全容について明らかにすることを目的に,次世代シーケンサーを用いたトランスクリプトーム解析を実施中である.
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今後の研究の推進方策 |
既に実施済みの次世代シーケンシングについてデータをより詳細に解析することにより,JCポリオーマウイルスのトランスクリプトームの描出を目指す.必要に応じ,個別の転写産物についてPCR法やSanger法による検出・同定を実施する.
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次年度使用額が生じた理由 |
次世代シーケンシングのデータについて詳細に解析したところ,JCポリオーマウイルスの発現するトランスクリプトが当初の予想以上に多様である可能性が考えられた.その結果,このデータについて検証するための追加実験を実施する必要が生じ,今年度に計画していた実験の一部が次年度に持ち越された.これらの実験を次年度に実施し,その費用として使用する.
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