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2022 年度 実施状況報告書

細胞の自己複製能と制御法則の理解

研究課題

研究課題/領域番号 21K21308
研究機関東京大学

研究代表者

上村 淳  東京大学, 生産技術研究所, 特任助教 (50582847)

研究期間 (年度) 2021-08-30 – 2024-03-31
キーワード自己複製 / 細胞分裂
研究実績の概要

本年度は、昨年度に投稿した複数の原著論文を出版し、またこれまで構築した理論をさらに発展させる研究を主に行った。昨年度まで、化学反応ネットワークのヘッセ幾何学構造を考えることで、質量作用の法則や理想気体などを仮定しない一般的な形で化学熱力学の構築を行った。その結果、まずは体積が一定である定積過程においてどのように平衡状態が決まるのかを定式化した。また、その理論的枠組みを体積が可変な定圧過程に応用することで、化学反応ネットワークが増殖あるいは減衰し続けるのか、平衡状態に至るのかを判別する外部環境の熱力学的条件を明らかにした。
本年度は、そのような熱力学な拘束に加え、化学反応によって変化できる化学分子の分子数に代数的な拘束(化学量論的拘束)がある場合について数理的な解析と数値計算を行った。このような化学量論的拘束は細胞内の代謝反応ではしばしば見られるものである。その結果、同一の外部環境に置かれても、初期条件に依存して系がとりうる状態が制限されることに起因して、化学反応ネットワークが辿る運命(増殖・減衰・平衡化)が変化することを示した。この結果は、定圧過程における化学反応ネットワークの平衡状態がどのように決まるかを定式化し、また複数の拘束がある中でどのように細胞成長が実現するのかを理解する上でも重要な理論的知見を与えるものと考えている。以上の結果を現在原著論文としてまとめるため、投稿準備中である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初予定通りの計画で進行しており、本年度中に原著論文が複数受理され出版された。

今後の研究の推進方策

本年度までに行ってきた研究の方向性を継続し、これまで構築した理論的枠組みを、細胞内と環境を隔てる膜分子を陽に組み込んだ場合など、より複雑な細胞モデルに応用することで理論を発展・展開させる。

次年度使用額が生じた理由

研究実績の概要に記したとおり、本年度は数理解析による研究にさらなる進捗があり、その結果を今後原著論文として出版するための費用を考慮し、次年度に使用する計画である。また、これまで感染症蔓延などにより出張が想定よりも行えなかったため、学会発表等のための旅費として使用する予定である。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2022 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Hessian geometric structure of chemical thermodynamic systems with stoichiometric constraints2022

    • 著者名/発表者名
      Sughiyama Yuki、Loutchko Dimitri、Kamimura Atsushi、Kobayashi Tetsuya J.
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 4 ページ: -

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.4.033065

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Kinetic derivation of the Hessian geometric structure in chemical reaction networks2022

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Tetsuya J.、Loutchko Dimitri、Kamimura Atsushi、Sughiyama Yuki
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 4 ページ: -

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.4.033066

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemical thermodynamics for growing systems2022

    • 著者名/発表者名
      Sughiyama Yuki、Kamimura Atsushi、Loutchko Dimitri、Kobayashi Tetsuya J.
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 4 ページ: -

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.4.033191

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Hessian geometry of nonequilibrium chemical reaction networks and entropy production decompositions2022

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Tetsuya J.、Loutchko Dimitri、Kamimura Atsushi、Sughiyama Yuki
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 4 ページ: -

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.4.033208

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] A general approach to chemical thermodynamics and constraints for growing systems2022

    • 著者名/発表者名
      上村 淳
    • 学会等名
      日本生物物理学会第60回年次大会
  • [学会発表] 細胞成長の化学熱力学的な制限2022

    • 著者名/発表者名
      上村 淳
    • 学会等名
      新学術領域「情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理」領域会議
  • [備考] 【記者発表】細胞の自己複製と成長に必要な物理条件はなにか?―成長する細胞系の熱力学理論の構築―

    • URL

      https://www.iis.u-tokyo.ac.jp/ja/news/3972/

  • [備考] 【記者発表】平衡・非平衡の化学反応システムを統一する新理論―化学反応システムの持つ幾何学構造の解明―

    • URL

      https://www.iis.u-tokyo.ac.jp/ja/news/3976/

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公開日: 2023-12-25  

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