バクテリア細胞定常状態における細胞死に機能する遺伝子ネットワーク解析

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22241050
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 奈良先端科学技術大学院大学
• 研究代表者: 森 浩禎 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (90182203)
• 研究分担者: 山田 守 山口大学, 医学研究科, 教授 (30174741) ; 松野 博嗣 山口大学, 理工学研究科, 教授 (10181744) ; 牧 泰史 大阪医科大学, 医学部, 講師 (60401733)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• キーワード: molecular bar-code / single gene deletion library / stationary phase / population dynamics / cell death

研究概要

自然界のバクテリアは、その生育の大半は定常期である。定常期の細胞代謝は対数増殖期とは大きく異なり、対数増殖期に蓄積した増殖阻害物質や栄養源枯渇などのストレスに対処し、生存を可能にしていると考えられる。分子bar-codeを導入した欠失株ライブラリーを構築し、全て株の混合培養液での競合培養中の各遺伝子欠失株のpopulation変動を次世代型シーケンサーで定量解析を可能にした。

研究成果

• [雑誌論文] The tRNA Thiolation Pathway Modulates the Intracellular Redox State in Escherichia coli. (2013)
  • 著者名/発表者名: NakayashikiT., Saito N., Takeuchi R., Kadokura H., Nakahigashi K., Wanner B. L., & Mori H.
  • 雑誌名: J Bacteriol 巻: 195 ページ: 2039-2049
  • DOI: DOI:10.1128/JB.02180-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide screening with hydroxyurea reveals a link between nonessential ribosomal proteins and reactive oxygen species production (2013)
  • 著者名/発表者名: NakayashikiT. & Mori H
  • 雑誌名: J Bacteriol 巻: 195 ページ: 1226-1235
  • DOI: DOI:10.1128/JB.02145-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crucial Roles of MicA and RybB as Vital Factors for sigma-Dependent Cell Lysis in Escherichia coli Long-Term Stationary Phase (2013)
  • 著者名/発表者名: Nagamitsu H., Murata M., Kosaka T., Kawaguchi J., Mori H., & Yamada M
  • 雑誌名: J Mol Microbiol Biotechnol 巻: 23 ページ: 227-232
  • DOI: DOI:10.1159/000350370
  • 査読あり
• [雑誌論文] Glycogen is the primary source of glucose during the lag phase of E. coli proliferation (2012)
  • 著者名/発表者名: Yamamotoya T., Dose H., Tian Z., Faure A., Toya Y., Honma M., Igarashi K., Nakahigashi K., Soga T., Mori H., & Matsuno H
  • 雑誌名: Biochim Biophys Acta 巻: 1824 ページ: 1442-1448
  • DOI: DOI:10.1016/j.bbapap.2012.06.010
  • 査読あり
• [雑誌論文] Investigating the effects of perturbations to pgi and enogene expression on central carbon metabolism in Escherichia coli using (13)C metabolic flux analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Usui Y., Hirasawa T., Furusawa C., Shirai T., Yamamoto N., Mori H., & Shimizu H
  • 雑誌名: Microb Cell Fact 巻: 11:87 ページ: 1475-2859-11-87
  • DOI: DOI:10.1186/1475-2859-11-87
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel pathway directed by sigma E to cause cell lysis in Escherichia coli (2012)
  • 著者名/発表者名: Murata M., Noor R., Nagamitsu H., Tanaka S., & Yamada M
  • 雑誌名: Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 巻: 17 ページ: 234-247
  • DOI: DOI:10.1111/j.1365-2443.2012.01585.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Deep sequencing reveals as-yet-undiscovered small RNAs in Escherichia coli (2011)
  • 著者名/発表者名: Shinhara A., Matsui M., Hiraoka K., Nomura W., Hirano R., Nakahigashi K., Tomita M., Mori H., & Kanai A
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 12 ページ: 428
  • DOI: DOI:10.1186/1471-2164-12-428
  • 査読あり
• [雑誌論文] Environmental dependency of gene knockouts on phenotype microarray analysis in Escherichia coli (2010)
  • 著者名/発表者名: Tohsato Y., Baba T., Mazaki Y., Ito M., Wanner B. L., & Mori H.
  • 雑誌名: J Bioinform Comput Biol 8 Suppl 巻: 1 ページ: 83-99
  • DOI: DOI:S021972001000521X
  • 査読あり
• [学会発表] FunctionalProfiling of the E. coli Genes in Long-Term Stationary Phase (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Otsuka, R. Takeuchi, H. Dose, H-C. Huang, H-F. Juan, M. Yamada, H. Matsuno, B. L. Wanner, H. Mori1
  • 学会等名: ASM meeting San Francisco
  • 発表場所: CA
  • 年月日: 20120616-19
• [学会発表] Keio collectionを使ったHydroxyurea感受性株の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 中屋敷徹、森浩禎
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 立教大学池袋キャンパス
  • 年月日: 20120310-12
• [学会発表] Functional Profiling of the E. coli (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Otsuka1, R. Takeuchi1, H. Dose1, H-C. Huang2, H-F. Juan3, M. Yamada4, H. Matsuno5, B. L. Wanner6, H. Mori1.
  • 学会等名: Genes in Long-Term Stationary Phase 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 立教大学池袋キャンパス.
  • 年月日: 20120310-12
• [学会発表] Keio collection を使ったHydroxyurea 感受性株の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 中屋敷徹、森浩禎
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20120000
• [学会発表] Functional Profiling of the E. coli Genes in Long-Term Stationary Phase (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Otsuka1, R. Takeuchi1, H.Dose1, H-C. Huang2,H-F. Juan3, M. Yamada4, H. Matsuno5, B. L. Wanner6, H.Mori1
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20120000
• [学会発表] Towards complete understanding of cellularnetwork in Escherichia coli K-12 (2012)
  • 著者名/発表者名: Hirotada Mori
  • 学会等名: School of Biological Science
  • 発表場所: University of Reading, UK
  • 年月日: 20120000
• [学会発表] バクテリア接合伝達のゲノム操作への可能性 (2012)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: 農芸化学会シンポジウム
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 20120000
• [学会発表] 次世代型シーケンサーがもたらす大腸菌像;「大量シーケンスと網羅解析から、モデル生物大腸菌を見直す」 (2012)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会ワークショップ
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20120000
• [学会発表] Towards complete understanding of cellular network in Escherichia coli K-12 (2011)
  • 著者名/発表者名: Hirotada Mori
  • 学会等名: School of Biological Science
  • 発表場所: University of Cambridge, UK
  • 年月日: 20110000
• [学会発表] ゲノム微生物学から遺伝学へのインパクト (2011)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: 日本遺伝学会
  • 発表場所: 京都大学, 京都
  • 年月日: 20110000
• [学会発表] Perspective of network biology in Escherichia coli (2011)
  • 著者名/発表者名: Hirotada Mori
  • 学会等名: UK-JP systems biology symposium
  • 発表場所: University of Surrey, UK
  • 年月日: 20110000
• [学会発表] Towards complete understanding of cellular systems (2011)
  • 著者名/発表者名: Hirotada Mori
  • 学会等名: 5th International IECAconference
  • 発表場所: Mexico
  • 年月日: 20110000
• [学会発表] Towards complete understanding of cellular systems (2011)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: モデル生物丸ごと一匹シンポジウム
  • 発表場所: 兵庫
  • 年月日: 20110000
• [学会発表] Genetic network in Escherichia coli K-12 (2011)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: KEGG シンポジウム
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 20110000
• [学会発表] Towards complete understanding of cellular network in E. coli (2011)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: International E.coli Alliance (IECA)
  • 発表場所: Sapporo
  • 年月日: 20110000
• [学会発表] Towards complete elucidation of genetic interaction of E. coli and its application (2010)
  • 著者名/発表者名: Hirotada Mori, Tkeuchi, R., and Wanner, B. L
  • 学会等名: 5th International Conference on Microbiology of Food, Health and Environment:Problems and Prospects in Developing Countries
  • 発表場所: Dhaka, Bagladesh
  • 年月日: 20100000
• [学会発表] New era for network analysis of Escherichia coli. (2010)
  • 著者名/発表者名: Mori, H
  • 学会等名: International E.coli Alliance (IECA)
  • 発表場所: West Lafeyette, USA.
  • 年月日: 20100000
• [学会発表] Keio collectionを使ったHydroxyurea感受性株の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 中屋敷徹
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 宮城
  • 年月日: 20100000
• [学会発表] Keio collectionを使ったHydroxyurea感受性株のスクリーニング (2010)
  • 著者名/発表者名: 中屋敷徹
  • 学会等名: 第7回21世紀大腸菌研究会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 20100000
• [学会発表] Towards complete understanding of cellular system (2010)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: 日印転写シンポジウム
  • 発表場所: 沖縄
  • 年月日: 20100000
• [学会発表] New era for network biology of Escherichia coli. (2010)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: Spring8
  • 発表場所: 兵庫
  • 年月日: 20100000
• [学会発表] Elucidation of physiological cellular network and potentialities towards genomic design (2010)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: 第62回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 宮崎
  • 年月日: 20100000
• [学会発表] 細胞内ネットワークの全体像解明に向けて (2010)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: 岡山大学・理学部
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 20100000
• [学会発表] Systems biology resources and their applications. (2010)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 学会等名: National Cheng Kung University
  • 発表場所: Taiwan
  • 年月日: 20100000
• [図書] In Escherichia coli and Bacillus subtilis; The Frontiers of Molecular Microbiology Revisited (2012)
  • 著者名/発表者名: Masayuki Murata
  • 出版者: Research Signpost
• [図書] INTECH (2012)
  • 著者名/発表者名: Naoko Fujimoto
  • 出版者: Naoko Fujimoto, Chemical Biology
• [図書] 生命誌年間号遊ぶ (2012)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 出版者: 新曜社
• [図書] 微生物を活用した新世代の有用物質生産技術 (2012)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 出版者: シーエムシー出版
• [図書] システム生物学におけるリソースの重要性 (2012)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 出版者: シーエムシー出版
• [図書] 大腸菌網羅的変異株ライブラリーの創成と活用 (2012)
  • 著者名/発表者名: 森浩禎
  • 出版者: シーエムシー出版