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2011 年度 実績報告書

比較メタゲノミクスによる土壌微生物性解析の基盤構築

研究課題

研究課題/領域番号 22248038
研究機関東京大学

研究代表者

妹尾 啓史  東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (40206652)

研究分担者 太田 寛行  茨城大学, 農学部, 教授 (80168947)
キーワード土壌メタゲノミクス / 水田土壌 / 畑土壌 / 細菌群集構造 / 糸状菌群集構造 / 窒素循環 / 一酸化二窒素
研究概要

メタゲノム解析より、水田土壌にはDeltaproteobacteria綱細菌、特にGeobacter属やAnaeromyxobacter属細菌が優占していること、また他環境と比較してもそれら分類群の優先率が高いことを明らかにした。また、水田土壌において進行する各還元反応に関与する鍵酵素の遺伝子群の構造を明らかにし、各機能微生物群集の構造を明らかにした。硝酸還元を触媒する酵素の遺伝子、アンモニア生成型の亜硝酸還元を触媒する酵素の遺伝子、脱窒反応の一部の一酸化窒素還元を触媒する酵素の遺伝子、および一酸化二窒素還元還元を触媒する酵素の遺伝子は、Deltaproteobacteria綱由来のものが多く検出された。これまでDeltaproteobacteria綱細菌について鉄還元や硫酸還元を担うことが明らかにされてきたが、本研究により水田土壌において窒素循環にも深く関与している可能性が示唆された。
九州沖縄農業研究センター都城研究拠点試験区内の牛糞液状きゅう肥連用畑地土壌を供試して,メタ16S rRNA遺伝子解析とメタ18S rRNA遺伝子解析を行い,液状きゅう肥連用が細菌と糸状菌群集構造に及ぼす影響を調査した.その結果,きゅう肥施用量にともなって,細菌ではAcidobacteria門とBetaproteobacteria綱の割合の減少に対して,Alphaproteobacteria綱,Gemmatiomonadates門とBacteroidetes門の割合の増加が示唆された.糸状菌では,Ascomycota門の優占度がきゅう肥連用量にともなって上昇し,そのなかでも Pezizomycetes綱が施用量に応じて増加した.また,土壌からのN2O生成についてin vitro活性測定系を開発し,糸状菌のN2O生成ポテンシャルが細菌のポテンシャルに匹敵することを明らかにした.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

水田土壌のメタゲノム解析ならびに畑地土壌のメタゲノム解析を計画通り実施した。

今後の研究の推進方策

これまでの成果に基づき、水田土壌のメタトランスクリプトーム解析、畑地土壌のメタゲノムデータを用いた微生物機能遺伝子解析、三宅島土壌のメタ16S rRNA遺伝子解析を実施する。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (14件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Analysis of early bacterial communities on volcanic deposits on the Island of Miyake (Miyake-jima), Japan: a 6-year study at a fixed site2012

    • 著者名/発表者名
      Reiko Fujimura, Yoshinori Sato, Tomoyasu Nishizawa, Kenji Nanba, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Takashi Kamijo, Hiroyuki Ohta
    • 雑誌名

      Microbes and Environments

      巻: 27 ページ: 19-29

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME11207

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 農業環境分野へのメタゲノム解析の展開2011

    • 著者名/発表者名
      伊藤英臣、石井聡、妹尾啓史
    • 雑誌名

      日本水産学会誌

      巻: 77巻 ページ: 254

    • DOI

      DOI:10.2331/suisan.77.254

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 初成土壌環境における微生物-三宅島土壌生態系再生のメカニズムを探る-2011

    • 著者名/発表者名
      藤村玲子,佐藤嘉則,難波謙二,太田寛行
    • 雑誌名

      日本生態学会誌

      巻: 61 ページ: 211-218

    • 査読あり
  • [学会発表] 水田土壌微生物群集のメタトランスクリプトーム解析2012

    • 著者名/発表者名
      伊藤英臣、石井聡、大島健志朗、白鳥豊、大塚重人、服部正平、妹尾啓史
    • 学会等名
      第6回日本ゲノム微生物学会年会(東京)
    • 発表場所
      立教大学、東京
    • 年月日
      20120310-20120312
  • [学会発表] Metagenomic and metatranscriptomic analysis of microbial communities in rice paddy soil2011

    • 著者名/発表者名
      Hideomi Itoh, Satoshi Ishii, Kenshiro Oshima, Yutaka Shiratori, Shigeto Otsuka, Masahira Hattori, and Keishi Senoo
    • 学会等名
      The first International EMP (Earth Microbiome Project) Conference
    • 発表場所
      Shenzhen, 中国
    • 年月日
      20110613-20110615
  • [学会発表] Seasonal transition of active microbial communities in rice paddy soil, as revealed by metatranscriptomic approach2011

    • 著者名/発表者名
      Hideomi Itoh, Satoshi Ishii, Kenshiro Oshima, Yutaka Shiratori, Shigeto Otsuka, Masahira Hattori, and Keishi Senoo
    • 学会等名
      11th Conference on Bacterial Genetics and Ecology
    • 発表場所
      Corfu, ギリシャ
    • 年月日
      2011-06-01
  • [学会発表] メタゲノム解析による水田脱窒機構の解明

    • 著者名/発表者名
      妹尾啓史、吉田愛美、伊藤英臣
    • 学会等名
      農業環境技術研究所公開セミナー 微生物ゲノム情報の活用による温室効果ガス研究の新展開
    • 発表場所
      つくば国際会議場、つくば市
    • 招待講演
  • [学会発表] ACTIVE BACTERIAL AND ARCHAEAL COMMUNITIES RESPONDED TO WATERLOGGING OR DRAINAGE IN RICE PADDY SOIL, AS REVEALED BY COMPARATIVE LARGE-SCALE CLONE LIBRARY ANALYSIS

    • 著者名/発表者名
      Hideomi Itoh, Satoshi Ishii, Yutaka Shiratori, Kenshiro Oshima, Shigeto Otuka, Masahira Hattori, and Keishi Senoo
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
    • 発表場所
      札幌国際会議場、札幌
    • 招待講演
  • [学会発表] Relationship between development of bacterial community and vegetation succession on early soil ecosystem in the Island of Miyake, Japan

    • 著者名/発表者名
      郭永,藤村玲子,細川研,佐藤嘉則,西澤智康,上條隆志,太田寛行
    • 学会等名
      日本土壌肥料学会2011年度つくば大会
    • 発表場所
      茨城大学、つくば市
  • [学会発表] Metagenomic analysis of microbial succession on fresh volcanic ash deposits in the Island of Miyake, Japan

    • 著者名/発表者名
      Reiko Fujimura, Seokwon Kim, Yong Guo, Yoshinori Sato, Ken Hosokawa, Wataru Suda, Erika Iioka, Kenshiro Ohshima, Masahira Hattori, Takashi Kamijo and Hiroyuki Ohta
    • 学会等名
      20th International Symposium on Environmental Biogeochemistry
    • 発表場所
      イスタンブール工科大学,イスタンブール
  • [学会発表] Continuous in vitro measurement of soil N2O production in a headspace gas-circulating jar system connected to an infrared gas analyzer

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Naraoka, Yoshinori Sato, Megumi Akaike, Hiroyuki Ohta
    • 学会等名
      20th International Symposium on Environmental Biogeochemistry
    • 発表場所
      イスタンブール工科大学,イスタンブール
  • [学会発表] 三宅島2000年噴火火山灰堆積物における初成土壌微生物生態系のメタゲノム解析

    • 著者名/発表者名
      藤村玲子,金錫元,郭永,佐藤嘉則,細川研,須田亙,大島健志朗,服部正平,上條隆志,太田寛行
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第27回大会
    • 発表場所
      京都大学,京都市
  • [学会発表] 微生物多様性研究の現状と可能性:土壌微生物研究からの考察

    • 著者名/発表者名
      太田寛行,藤村玲子
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第27回大会
    • 発表場所
      京都大学,京都市
  • [学会発表] 基質誘導呼吸阻害法を用いた土壌モデル系での細菌と糸状菌の亜酸化窒素生成活性の解析

    • 著者名/発表者名
      奈良岡雅大,佐藤嘉則,赤池恵,太田寛行
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第27回大会
    • 発表場所
      京都大学,京都市
  • [学会発表] 三宅島2000年噴火堆積物から分離された鉄酸化細菌Leptospirillum ferrooxidans C2-3株のゲノム解析

    • 著者名/発表者名
      藤村玲子,佐藤嘉則,細川研,西澤智康,大島健志朗,服部正平,上條隆志,太田寛行
    • 学会等名
      日本土壌微生物学会2011年度大会
    • 発表場所
      鳴子公民館,大崎市
  • [学会発表] 土壌モデルを利用した畑地土壌における糸状菌の亜酸化窒素生成の解析

    • 著者名/発表者名
      奈良岡雅大,佐藤嘉則,赤池恵,太田寛行
    • 学会等名
      日本土壌微生物学会2011年度大会
    • 発表場所
      鳴子公民館,大崎市
  • [学会発表] 不耕起畑地土壌より分離した糸状菌株の亜酸化窒素生成活性

    • 著者名/発表者名
      赤池恵,鶴田和人,佐藤嘉則,西村歩,小松崎将一,太田寛行
    • 学会等名
      日本土壌微生物学会2011年度大会
    • 発表場所
      鳴子公民館,大崎市

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公開日: 2014-07-24  

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