| 研究課題/領域番号 |
22310120
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| 研究機関 | 甲南大学 |
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研究代表者 |
日下部 岳広 甲南大学, 理工学部, 教授 (40280862)
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| 研究分担者 |
中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
鈴木 穣 東京大学, 新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
將口 栄一 独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構, 研究員 (90378563)
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| キーワード | 遺伝子 / ゲノム / 転写調節 / 発生・分化 / ホヤ |
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| 研究概要 |
1. ホヤゲノム中の転写開始点の決定:カタユウレイボヤCiona intestinalisの諸器官および各発生段階の試料を調製し、オリゴキャッピング法により完全な5'端をもつcDNAを合成し、大量の5'端EST配列を次世代型超並列シークエンサーで決定した。幼生と成体の心臓、体壁筋、神経複合体、卵巣、エラについて、大量の5'端ESTデータを得た。
2. 比較ゲノム解析と共有モチーフ発見によるシス調節配列の推定と実験検証:同定済みの神経系特異的遺伝子について、遺伝子近傍のゲノム領域の塩基配列を比較し、同じ発現調節を受けると予測される遺伝子間で共有される配列を検索するとともに、既知の転写因子の結合コンセンサス配列を検索した。近縁種との比較ゲノム解析により、シス調節領域を推定した。遺伝子の近傍領域を蛍光レポーターに連結したDNAコンストラクトを構築し、胚に導入して発現を調べることで、転写調節領域の機能解析を行った。グルタミン作動性神経細胞、GABA/グリシン作動性神経細胞、ドーパミン神経細胞について、シス調節配列を推測し、実験により確かめた。グルタミン作動性神経細胞については、正の調節と負の調節のそれぞれに関わるシス調節配列を同定した。
3. 転写因子の機能解析:転写制御への関与の可能性が考えられる転写因子について、アンチセンス・モルフォリノオリゴを用いたノックダウンと特異的プロモーターを利用した強制発現実験を行った。ドーパミン神経細胞の分化およびグルタミン作動性神経細胞の分化を制御する転写因子をそれぞれ同定した。
4. 転写因子、共発現遺伝子群、シス制御DNAの核内動態の解析:ChIP-Seq、Chromatin conformation capture(3C)法および3D-FISH法に必要なツールの開発と試料調製法の検討を行った。
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