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2011 年度 実績報告書

ナイロンオリゴマー分解酵素(NylABC)の分子設計と物質生産への応用

研究課題

研究課題/領域番号 22360350
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

根来 誠司  兵庫県立大学, 大学院・工学研究科, 教授 (90156159)

研究分担者 武尾 正弘  兵庫県立大学, 大学院・工学研究科, 准教授 (40236443)
加藤 太一郎  兵庫県立大学, 大学院・工学研究科, 助教 (60423901)
キーワードナイロンオリゴマー / 6-アミノカプロン酸 / 6-Aminohexanoate oligomer / 加水分解酵素 / X線結晶構造解析 / Arthrobacter / ω-ラウロラクタム / ε-カプロラクタム
研究概要

ナイロンの再資源化においては、副産物の原料への変換が重要な検討課題である。ナイロンオリゴマー分解菌Arthrobacter sp.KI72株が生産する6-アミノカプロン酸環状2量体(Acd)加水分解酵素(NylA)は、Acdに極めて特異性が高く、ε-カプロラクタム、6-アミノカプロン酸直鎖状2量体(Ald)には殆ど活性を示さない。これまでの研究により、Ser174,cisSer150,Lys72が触媒残基であることが分かっている。本年度はAcdの2カ所のアミド結合の内、加水分解を受けない側のアミド結合近傍に位置するAsn125,Cys316の変異体を用いて、Ald及び炭素数の異なる環状アミド(ω-ラウロラクタム,ω-オクタラクタム,ε-カプロラクタム)に対する分解機能を検討した。
変異型NylA発現株から粗酵素液を調製し、陰イオンクロマトグラフィーで精製後、Aldと各ラクタムの分解活性を測定した。その結果、Ald分解活性は、N125D,C316Dの2酵素では親型NylAに比べて40~60倍上昇することを見いだした。また、触媒効率(kcat/km)は60~70倍上昇し、125位、316位のAsp置換は新たにNylB機能を付与すると推定した。ε-カプロラクタム、ω-オクタラクタム分解活性は微弱であるものの、316位がPhe,Leu型の変異酵素で活性の付与・強化が示された。
一方、ω-ラウロラクタムに対する活性はC316L変異により、親型酵素の3倍に上昇したが、C316F変異により3%まで低下した。酵素・基質複合体の立体構造から、本酵素の基質認識について考察した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

NylAの基質認識部位を構造から同定後、アミノ酸置換を行った。その結果、これまで活性が検出されなかった、6アミノ酸直鎖2量体、εカプロラクタム、ωラウロラクタムなどの新たな基質に対する活性を、計画的に増強することができた。

今後の研究の推進方策

平成22~23年度は、主としてNylA、NylB酵素の検討を行った。そこで、今後はNylCについての解析を実施する。特に、酵素・基質複合体の構造解析は、酵素高機能化のために重要である。しかし、NylCは自己分断とその後のタンパク質構造変化により活性酵素型酵素を生じるという特徴を有する。従って、酵素・基質複合体の調製には、1)自己分断が起こり、且つ基質を分解しない変異酵素の取得、2)基質アナログの合成、3)結晶へのパルス的な基質ソーキング操作が必要である。これらの問題を解決後、複合体の構造解析を行い、得られた知見をもとに、酵素機能を改良する。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (9件)

  • [雑誌論文] Three-dimensional structure of nylon hydrolase and mechanism of nylon-6 Hydrolysis2012

    • 著者名/発表者名
      S.Negoro, N.Shibata, Y.Tanaka K.Yasuhira, H.Shibata, H.Hashimoto, Y.-H Lee, S.Oshima, R.Santa, S.Oshima, K.Mochiji, Y.Goto, T.Ikegami, K.Nagai, D.Kato, M.Takeo, Y.Higuchi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 287 ページ: 5079-5090

    • DOI

      doi:10.1074/jbc.M111.321992

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and X-ray diffraction analysis of nylon oligomer hydrolase (NylC) from Agromyces sp.KY5R2011

    • 著者名/発表者名
      K.Yasuhira, N.Shibata, Y.Tanaka, N.Kumagai, Y.Tanaka, K.Nagai, D.Kato, M.Takeo, S.Negoro, Y.Higuchi
    • 雑誌名

      Acta Cryst

      巻: F67 ページ: 892-895

    • DOI

      doi:10.1107/S1744309111022858

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular dynamics studies on the mutational structures of a nylon-6 byproduct-degrading enzyme2011

    • 著者名/発表者名
      T.Baba, K.Kamiya, T.Matsui, N.Shibata, Y.Higuchi, T.Kobayashi, S.Negoro, Y.Shigeta
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 507 ページ: 157-161

    • DOI

      doi:10.1016/j.cplett.2011.03.046

    • 査読あり
  • [学会発表] ナイロンオリゴマー加水分解酵素(NylC)の自己分断機構2011

    • 著者名/発表者名
      大島祥平, 田中優佑, 永井圭介, 柴田浩, 柴田直樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 根来誠司
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東京農工大学小金井キャンパス(東京都)(2Dp13(口頭発表))
    • 年月日
      20110926-20110928
  • [学会発表] ナイロンオリゴマー分解酵素(NylC)の高度耐熱化2011

    • 著者名/発表者名
      三田隆二, 田中優佑, 永井圭介, 柴田直樹, 李映昊, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 後藤祐児, 根来誠司
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東京農工大学小金井キャンパス(東京都)(2Dp14(口頭発表))
    • 年月日
      20110926-20110928
  • [学会発表] 耐熱化NylCによる6ナイロンの酵素分解2011

    • 著者名/発表者名
      永井圭介, 田中優佑, 三田隆二, 大嶋渉平, 井内健輔, 加藤太一郎, 武尾正弘, 持地広造, 根来誠司
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東京農工大学小金井キャンパス(東京都)(2Dp15(口頭発表))
    • 年月日
      20110926-20110928
  • [学会発表] アミド化合物の酵素合成:高効率触媒の形成要件2011

    • 著者名/発表者名
      小林達也, 中田悠介, 馬場剛史, 河島康之, 柴田直樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 重田育照, 松井亨, 神谷克政, 根来誠司
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東京農工大学小金井キャンパス(東京都)(3Da01(口頭発表))
    • 年月日
      20110926-20110928
  • [学会発表] ナイロンオリゴマー分解酵素NylBの基質認識機構2011

    • 著者名/発表者名
      西口拓紀, 中田悠介, 小林達也, 河島康之, 重田育照, 馬場剛史, 神谷克政, 武尾正弘, 加藤太一郎, 根来誠司
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東京農工大学小金井キャンパス(東京都)(3Da02(口頭発表))
    • 年月日
      20110926-20110928
  • [学会発表] 6-アミノヘキサン酸環状二量体加水分解酵素(NylA)の基質結合部位の解析2011

    • 著者名/発表者名
      日比野敦, 柴田直樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 根来誠司
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東京農工大学小金井キャンパス(東京都)(3Da12(口頭発表))
    • 年月日
      20110926-20110928
  • [学会発表] ナイロンオリゴマー加水分解酵素(NylC)の自己分断機構2011

    • 著者名/発表者名
      大島祥平, 田中優佑, 永井圭介, 柴田浩, 柴田直樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 根来誠司
    • 学会等名
      第66回酵素工学研究会講演会
    • 発表場所
      東京大学山上会館本郷キャンパス(東京都)(P01(ポスター発表))
    • 年月日
      2011-09-29
  • [学会発表] X線結晶構造解析によるNylCの耐熱化機構の解明2011

    • 著者名/発表者名
      三田隆二, 田中優佑, 永井圭介, 柴田直樹, 李映昊, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 後藤祐児, 根来誠司
    • 学会等名
      第66回酵素工学研究会講演会
    • 発表場所
      東京大学山上会館本郷キャンパス(東京都)(P02(ポスター発表))
    • 年月日
      2011-09-29
  • [学会発表] ガスクラスター二次イオン質量分析法を用いたナイロン6の酵素分解測定2011

    • 著者名/発表者名
      永井圭介, 田中優佑, 三田隆二, 大嶋渉平, 井内健輔, 加藤太一郎, 武尾正弘, 持地広造, 根来誠司
    • 学会等名
      第66回酵素工学研究会講演会
    • 発表場所
      東京大学山上会館本郷キャンパス(東京都)(P03(ポスター発表))
    • 年月日
      2011-09-29

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公開日: 2013-06-26  

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