| 研究分担者 |
三田 和英 独立行政法人農業生物資源研究所, 昆虫科学研究領域, 特任上級研究員 (30159165)
末次 克行 独立行政法人農業生物資源研究所, 昆虫ゲノム研究・情報解析ユニット, 主任研究員 (80533471)
宮本 和久 独立行政法人農業生物資源研究所, 昆虫・微生物間相互作用研究ユニット, 上級研究員 (10370686)
野田 博明 独立行政法人農業生物資源研究所, 昆虫・微生物間相互作用研究ユニット, ユニット長 (40343991)
上樂 明也 独立行政法人農業生物資源研究所, 昆虫・微生物間相互作用研究ユニット, 任期付研究員 (60542115)
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| 研究概要 |
コナガの卵(初期胚)および幼虫の中腸からtotal RNAを精製し、cDNAライブラリーを作成した。中腸cDNAライブラリーから約10,000クローンを選び、DNAを抽出し、5'および3'ESTを決め、8,705クローンの配列データを得た。
作出した近交系コナガ系統からゲノムDNAを抽出し、Roche 454 GS FLX Titanium等の次世代シーケンサーを利用して、コナガゲノムの概要塩基配列情報954Mbpを得た。
分子遺伝子地図作成とCry1Ac毒素抵抗性遺伝子解析の両方を同時に実施するための系統を定めた。Cry1Ac毒素抵抗性系統としては、新潟大学の堀教授より分譲を受けたPxR系統を用いた。感受性系統としては、日本植物防疫協会より分譲を受けたPxNS系統を用いた。そして、両系統を交配してF1およびBF1を作成した。
シーケンサーから得られた配列について前処理を行い、高品質な12,524(約6Mbp)のコナガ中腸由来EST配列および約200万(約780Mbp)のWGSリード配列を生成した。WGSリード配列からリピート配列を抽出して、各配列のリピート領域のマスキングを行い、マスク済のEST配列から非冗長な3,845のアセンブリ配列を生成し、BLAST,InterProScan等による自動アノテーションを行った。更に全配列について、カイコゲノム上へのマッピングを行った。これらの配列データおよび解析結果をデータベース化し、Webサーバを介して閲覧可能とした。また、解析用ツールとして、キーワード検索フォーム、BLAST検索フォーム、マッピング結果閲覧用ゲノムブラウザ等をWebサーバ上に構築した。
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